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- EMDB-0262: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0262
タイトルIII2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae
マップデータThe sharpened map of the III2IV2 supercomplex
試料
  • 複合体: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex
    • 複合体: 10-subunit yeast cytochrome bc1
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase ...matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase / : / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / enzyme regulator activity / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / nuclear periphery / mitochondrial membrane / aerobic respiration / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hartley AM / Lukoyanova N / Pinotsis N / Marechal A
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of yeast cytochrome c oxidase in a supercomplex with cytochrome bc.
著者: Andrew M Hartley / Natalya Lukoyanova / Yunyi Zhang / Alfredo Cabrera-Orefice / Susanne Arnold / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is ...Cytochrome c oxidase (complex IV, CIV) is known in mammals to exist independently or in association with other respiratory proteins to form supercomplexes (SCs). In Saccharomyces cerevisiae, CIV is found solely in an SC with cytochrome bc (complex III, CIII). Here, we present the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of S. cerevisiae CIV in a IIIIV SC at 3.3 Å resolution. While overall similarity to mammalian homologs is high, we found notable differences in the supernumerary subunits Cox26 and Cox13; the latter exhibits a unique arrangement that precludes CIV dimerization as seen in bovine. A conformational shift in the matrix domain of Cox5A-involved in allosteric inhibition by ATP-may arise from its association with CIII. The CIII-CIV arrangement highlights a conserved interaction interface of CIII, albeit one occupied by complex I in mammalian respirasomes. We discuss our findings in the context of the potential impact of SC formation on CIV regulation.
履歴
登録2018年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年12月26日-
更新2019年2月27日-
現状2019年2月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hu9
  • 表面レベル: 0.0263
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0262.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The sharpened map of the III2IV2 supercomplex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3861 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0263 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.14692926 - 0.2550798
平均 (標準偏差)0.0005225369 (±0.009231779)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 429.691 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.38611.38611.3861
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.691429.691429.691
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-0.1470.2550.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex

全体名称: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex
要素
  • 複合体: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex
    • 複合体: 10-subunit yeast cytochrome bc1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • 複合体: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A
      • タンパク質・ペプチド: Cox1
      • タンパク質・ペプチド: Cox2
      • タンパク質・ペプチド: Cox3
      • タンパク質・ペプチド: Cox4
      • タンパク質・ペプチド: Cox5A
      • タンパク質・ペプチド: Cox6
      • タンパク質・ペプチド: Cox7
      • タンパク質・ペプチド: Cox8
      • タンパク質・ペプチド: Cox9
      • タンパク質・ペプチド: Cox12
      • タンパク質・ペプチド: Cox13
      • タンパク質・ペプチド: Cox26

+
超分子 #1: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex

超分子名称: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1B

+
超分子 #2: 10-subunit yeast cytochrome bc1

超分子名称: 10-subunit yeast cytochrome bc1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1B

+
超分子 #3: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A

超分子名称: 12-subunit cytochrome c oxidase with isoform Cox5A / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#22

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDKS LDFLNQSFIQ QKANLLSSSN FEATKKSVLK QVQDFEENDH PNRVLEHLHS TAFQNTPLSL PTRGTLESLE NLVVADLESF ...文字列:
AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDKS LDFLNQSFIQ QKANLLSSSN FEATKKSVLK QVQDFEENDH PNRVLEHLHS TAFQNTPLSL PTRGTLESLE NLVVADLESF ANNHFLNSNA VVVGTGNIKH EDLVNSIESK NLSLQTGTKP VLKKKAAFLG SEVRLRDDTL PKAWISLAVE GEPVNSPNYF VAKLAAQIFG SYNAFEPASR LQGIKLLDNI QEYQLCDNFN HFSLSYKDSG LWGFSTATRN VTMIDDLIHF TLKQWNRLTI SVTDTEVERA KSLLKLQLGQ LYESGNPVND ANLLGAEVLI KGSKLSLGEA FKKIDAITVK DVKAWAGKRL WDQDIAIAGT GQIEGLLDYM RIRSDMSMMR W

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: LTVSARDAPT KISTLAVKVH GGSRYATKDG VAHLLNRFNF QNTNTRSALK LVRESELLGG TFKSTLDREY ITLKATFLKD DLPYYVNALA DVLYKTAFKP HELTESVLPA ARYDYAVAEQ CPVKSAEDQL YAITFRKGLG NPLLYDGVER VSLQDIKDFA DKVYTKENLE ...文字列:
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+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFFF MVMFMHMAKG LYYGSYRSPR VTLWNVGVII FILTIATAFL GYCCVYGQMS HWGATVITNL FSAIPFVGND IVSWLWGGFS ...文字列:
MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFFF MVMFMHMAKG LYYGSYRSPR VTLWNVGVII FILTIATAFL GYCCVYGQMS HWGATVITNL FSAIPFVGND IVSWLWGGFS VSNPTIQRFF ALHYLVPFII AAMVIMHLMA LHIHGSSNPL GITGNLDRIP MHSYFIFKDL VTVFLFMLIL ALFVFYSPNT LGHPDNYIPG NPLVTPASIV PEWYLLPFYA ILRSIPDKLL GVITMFAAIL VLLVLPFTDR SVVRGNTFKV LSKFFFFIFV FNFVLLGQIG ACHVEVPYVL MGQIATFIYF AYFLIIVPVI STIENVLFYI GRVNK

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGKL SDYIPGPYPN EQAARAANQG ALPPDLSLIV KARHGGCDYI FSLLTGYPDE PPAGVALPPG SNYNPYFPGG SIAMARVLFD ...文字列:
MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGKL SDYIPGPYPN EQAARAANQG ALPPDLSLIV KARHGGCDYI FSLLTGYPDE PPAGVALPPG SNYNPYFPGG SIAMARVLFD DMVEYEDGTP ATTSQMAKDV TTFLNWCAEP EHDERKRLGL KTVIILSSLY LLSIWVKKFK WAGIKTRKFV FNPPKPRK

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVLA MAKVEVNLAA IPLGKNVVVK WQGKPVFIRH RTPHEIQEAN SVDMSALKDP QTDADRVKDP QWLIMLGICT HLGCVPIGEA GDFGGWFCPC HGSHYDISGR IRKGPAPLNL EIPAYEFDGD KVIVG

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MGMLELVGEY WEQLKITVVP VVAAAEDDDN EQHEEKAAEG EEKEEENGDE DEDEDEDEDD DDDDDEDEEE EEEVTDQLED LREHFKNTEE GKALVHHYEE CAERVKIQQQ QPGYADLEHK EDCVEEFFHL QHYLDTATAP RLFDKLK

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MPQSFTSIAR IGDYILKSPV LSKLCVPVAN QFINLAGYKK LGLKFDDLIA EENPIMQTAL RRLPEDESYA RAYRIIRAHQ TELTHHLLPR NEWIKAQEDV PYLLPYILEA EAAAKEKDEL DNIEVSK

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MGPPSGKTYM GWWGHMGGPK QKGITSYAVS PYAQKPLQGI FHNAVFNSFR RFKSQFLYVL IPAGIYWYWW KNGNEYNEFL YSKAGREELE RVNV

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
SFSSLYKTFF KRNAVFVGTI FAGAFVFQTV FDTAITSWYE NHNKGKLWKD VKARIAAGDG DDDDE

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
AYTSHLSSKT GLHFGRLSLR SLTAYAPNLM LWGGASMLGL FVFTEGWPKF QDTLYKKIPL LGPTLEDHTP PEDKPN

+
分子 #11: Cox1

分子名称: Cox1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFFL VMPALIGGFG NYLLPLMIGA TDTAFPRINN IAFWVLPMGL VCLVTSTLVE SGAGTGWTVY PPLSSIQAHS GPSVDLAIFA LHLTSISSLL GAINFIVTTL NMRTNGMTMH KLPLFVWSIF ITAFLLLLSL PVLSAGITML LLDRNFNTSF FEVSGGGDPI LYEHLFWFFG HPEVYILIIP GFGIISHVVS TYSKKPVFGE ISMVYAMASI GLLGFLVWSH HMYIVGLDAD TRAYFTSATM IIAIPTGIKI FSWLATIHGG SIRLATPMLY AIAFLFLFTM GGLTGVALAN ASLDVAFHDT YYVVGHFHYV LSMGAIFSLF AGYYYWSPQI LGLNYNEKLA QIQFWLIFIG ANVIFFPMHF LGINGMPRRI PDYPDAFAGW NYVASIGSFI ATLSLFLFIY ILYDQLVNGL NNKVNNKSVI YNKAPDFVES NTIFNLNTVK SSSIEFLLTS PPAVHSFNTP AVQS

+
分子 #12: Cox2

分子名称: Cox2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILLY LCDEVISPAM TIKAIGYQWY WKYEYSDFIN DSGETVEFES YVIPDELLEE GQLRLLDTDT SMVVPVDTHI RFVVTAADVI ...文字列:
DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILLY LCDEVISPAM TIKAIGYQWY WKYEYSDFIN DSGETVEFES YVIPDELLEE GQLRLLDTDT SMVVPVDTHI RFVVTAADVI HDFAIPSLGI KVDATPGRLN QVSALIQREG VFYGACSELC GTGHANMPIK IEAVSLPKFL EWLNEQ

+
分子 #13: Cox3

分子名称: Cox3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDIV AEATYLGDHT MAVRKGINLG FLMFVLSEVL IFAGLFWAYF HSAMSPDVTL GACWPPVGIE AVQPTELPLL NTIILLSSGA TVTYSHHALI AGNRNKALSG LLITFWLIVI FVTCQYIEYT NAAFTISDGV YGSVFYAGTG LHFLHMVMLA AMLGVNYWRM RNYHLTAGHH VGYETTIIYT HVLDVIWLFL YVVFYWWGV

+
分子 #14: Cox4

分子名称: Cox4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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QQKPVVKTAQ NLAEVNGPET LIGPGAKEGT VPTDLDQETG LARLELLGKL EGIDVFDTKP LDSSRKGTMK DPIIIESYDD YRYVGCTGSP AGSHTIMWLK PTVNEVARCW ECGSVYKLNP VGVPNDDHHH

+
分子 #15: Cox5A

分子名称: Cox5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
AQTHALSNAA VMDLQSRWEN MPSTEQQDIV SKLSERQKLP WAQLTEPEKQ AVWYISYGEW GPRRPVLNKG DSSFIAKGVA AGLLFSVGLF AVVRMAGGQD AKTMNKEWQL KSDEYLKSKN ANPWGGYSQV QSK

+
分子 #16: Cox6

分子名称: Cox6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEVQ RVLNNCFSYD LVPAPAVIEK ALRAARRVND LPTAIRVFEA LKYKVENEDQ YKAYLDELKD VRQELGVPLK EELFPSSS

+
分子 #17: Cox7

分子名称: Cox7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
ANKVIQLQKI FQSSTKPLWW RHPRSALYLY PFYAIFAVAV VTPLLYIPNA IRGIKAKKA

+
分子 #18: Cox8

分子名称: Cox8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
VHFKDGVYEN IPFKVKGRKT PYALSHFGFF AIGFAVPFVA CYVQLKK

+
分子 #19: Cox9

分子名称: Cox9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TIAPITGTIK RRVIMDIVLG FSLGGVMASY WWWGFHMDKI NKREKFYAEL AERKK

+
分子 #20: Cox12

分子名称: Cox12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
ADQENSPLHT VGFDARFPQQ NQTKHCWQSY VDYHKCVNMK GEDFAPCKVF WKTYNALCPL DWIEKWDDQR EKGIFAGDIN SD

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分子 #21: Cox13

分子名称: Cox13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
ASSLPPNALK PAFGPPDKVA AQKFKESLMA TEKHAKDTSN MWVKISVWVA LPAIALTAVN TYFVEKEHAE HREHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP VVNRHIEHDD GARGSHHHHH H

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分子 #22: Cox26

分子名称: Cox26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MFFSQVLRSS ARAAPIKRYT GGRIGESWVI TEGRRLIPEI FQWSAVLSVC LGWPGAVYFF SKARKA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.645 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 44915
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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