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- EMDB-0139: Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conf... -

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データベース: EMDB / ID: 0139
タイトルStructure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - Full 100S Hibernating E. coli Ribosome
マップデータ
試料Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1:
(50S ribosomal protein ...) x 29 / (nucleic-acid核酸) x 4 / (30S ribosomal protein ...) x 21 / Ribosome modulation factor / Ribosome hibernation promoting factor
機能・相同性Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / L21-like superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L36 superfamily / L28p-like ...Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / L21-like superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L36 superfamily / L28p-like / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L21-like / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosome hibernation promotion factor-like / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25, short-form / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosome modulation factor domain superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / RNA-binding domain, S1 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosome modulation factor / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / KH domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal L32p protein family
機能・相同性情報
由来Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 7.9Å分解能
データ登録者Beckert B / Turk M / Czech A / Berninghausen O / Beckmann R / Ignatova Z / Plitzko J / Wilson DN
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2018
タイトル: Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1.
著者: Bertrand Beckert / Martin Turk / Andreas Czech / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Zoya Ignatova / Jürgen M Plitzko / Daniel N Wilson
構造検証レポートPDB-ID: 6h58

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年7月24日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年9月5日 / マップ公開: 2018年9月5日 / 最新の更新: 2018年10月24日

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構造の表示

ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

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マップデータ

ファイルemd_0139.map.gz (map file in CCP4 format, 47410 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
228 pix
2.7 Å/pix.
= 615.6 Å
228 pix
2.7 Å/pix.
= 615.6 Å
228 pix
2.7 Å/pix.
= 615.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度
表面のレベル:0.075 (by author), 0.075 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.09665876 - 0.31201142
平均 (標準偏差)0.0033455554 (0.019324372)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions228228228
Origin0.00.00.0
Limit227.0227.0227.0
Spacing228228228
セルA=B=C: 615.60004 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z228228228
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z615.600615.600615.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS228228228
D min/max/mean-0.0970.3120.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conf...

全体名称: Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1
詳細: single particle cryo-electron microscopy structures of hibernating 100S particles isolated from stationary phase E. coli cells
構成要素数: 57

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構成要素 #1: タンパク質, Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inacti...

タンパク質名称: Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1
詳細: single particle cryo-electron microscopy structures of hibernating 100S particles isolated from stationary phase E. coli cells
組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #2: タンパク質, 50S ribosomal protein L32

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L32 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.332249 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, 50S ribosomal protein L33

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L33 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 5.814842 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, 50S ribosomal protein L34

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L34 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 5.397463 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, 50S ribosomal protein L35

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L35 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.181835 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, 50S ribosomal protein L36

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L36 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 4.37739 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, 50S ribosomal protein L31

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L31 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.516693 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

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構成要素 #8: 核酸, 23S ribosomal RNA

核酸名称: 23S ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGAU AUGAACCGUU AUAACCGGCG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGUGUGUUUC GACACACUAU CAUUAACUGA AUCCAUAGGU UAAUGAGGCG AACCGGGGGA ACUGAAACAU CUAAGUACCC CGAGGAAAAG AAAUCAACCG AGAUUCCCCC AGUAGCGGCG AGCGAACGGG GAGCAGCCCA GAGCCUGAAU CAGUGUGUGU GUUAGUGGAA GCGUCUGGAA AGGCGCGCGA UACAGGGUGA CAGCCCCGUA CACAAAAAUG CACAUGCUGU GAGCUCGAUG AGUAGGGCGG GACACGUGGU AUCCUGUCUG AAUAUGGGGG GACCAUCCUC CAAGGCUAAA UACUCCUGAC UGACCGAUAG UGAACCAGUA CCGUGAGGGA AAGGCGAAAA GAACCCCGGC GAGGGGAGUG AAAAAGAACC UGAAACCGUG UACGUACAAG CAGUGGGAGC ACGCUUAGGC GUGUGACUGC GUACCUUUUG UAUAAUGGGU CAGCGACUUA UAUUCUGUAG CAAGGUUAAC CGAAUAGGGG AGCCGAAGGG AAACCGAGUC UUAACUGGGC GUUAAGUUGC AGGGUAUAGA CCCGAAACCC GGUGAUCUAG CCAUGGGCAG GUUGAAGGUU GGGUAACACU AACUGGAGGA CCGAACCGAC UAAUGUCGAA AAAUUAGCGG AUGACUUGUG GCUGGGGGUG AAAGGCCAAU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCCC GACUUACCAA CCCGAUGCAA ACUGCGAAUA CCGGAGAAUG UUAUCACGGG AGACACACGG CGGGUGCUAA CGUCCGUCGU GAAGAGGGAA ACAACCCAGA CCGCCAGCUA AGGUCCCAAA GUCAUGGUUA AGUGGGAAAC GAUGUGGGAA GGCCCAGACA GCCAGGAUGU UGGCUUAGAA GCAGCCAUCA UUUAAAGAAA GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUCGGCCUG CGCGGAAGAU GUAACGGGGC UAAACCAUGC ACCGAAGCUG CGGCAGCGAC GCUUAUGCGU UGUUGGGUAG GGGAGCGUUC UGUAAGCCUG CGAAGGUGUG CUGUGAGGCA UGCUGGAGGU AUCAGAAGUG CGAAUGCUGA CAUAAGUAAC GAUAAAGCGG GUGAAAAGCC CGCUCGCCGG AAGACCAAGG GUUCCUGUCC AACGUUAAUC GGGGCAGGGU GAGUCGACCC CUAAGGCGAG GCCGAAAGGC GUAGUCGAUG GGAAACAGGU UAAUAUUCCU GUACUUGGUG UUACUGCGAA GGGGGGACGG AGAAGGCUAU GUUGGCCGGG CGACGGUUGU CCCGGUUUAA GCGUGUAGGC UGGUUUUCCA GGCAAAUCCG GAAAAUCAAG GCUGAGGCGU GAUGACGAGG CACUACGGUG CUGAAGCAAC AAAUGCCCUG CUUCCAGGAA AAGCCUCUAA GCAUCAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACACAGG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUAA CUUCGGGAGA AGGCACGCUG AUAUGUAGGU GAGGUCCCUC GCGGAUGGAG CUGAAAUCAG UCGAAGAUAC CAGCUGGCUG CAACUGUUUA UUAAAAACAC AGCACUGUGC AAACACGAAA GUGGACGUAU ACGGUGUGAC GCCUGCCCGG UGCCGGGAGG UUAAUUGAUG GGGUUAGCGC AAGCGAAGCU CUUGAUCGAA GCCCCGGUAA ACGGCGGCCG UAACUAUAAC GGUCCUAAGG UAGCGAAAUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAAUG AUGGCCAGGC UGUCUCCACC CGAGACUCAG UGAAAUUGAA CUCGCUGUGA AGAUGCAGUG UACCCGCGGC AAGACGGAAA GACCCCGUAA ACCUUUACUA UAGCUUGACA CUGAACAUUG AGCCUUGAUG UGUAGGAUAG GUGGGAGGCU UUGAAGUGUG GACGCCAGUC UGCAUGGAGC CGACCUUGAA AUACCACCCU UUAAUGUUUG AUGUUCUAAC GUUGACCCGU AAUCCGGGUU GCGGACAGUG UCUGGUGGGU AGUUUGACUG GGGCGGUCUC CUCCUAAAGA GUAACGGAGG AGCACGAAGG UUGGCUAAUC CUGGUCGGAC AUCAGGAGGU UAGUGCAAUG GCAUAAGCCA GCUUGACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC UCCGGGGAUA ACAGGCUGAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGCGGUG UUUGGCACCU CGAUGUCGGC UCAUCACAUC CUGGGGCUGA AGUAGGUCCC AAGGGUAUGG CUGUUCGCCA UUUAAAGUGG UACGCGAGCU GGGUUUAGAA CGUCGUGAGA CAGUUCGGUC CCUAUCUGCC GUGGGCGCUG GAGAACUGAG GGGGGCUGCU CCUAGUACGA GAGGACCGGA GUGGACGCAU CACUGGUGUU CGGGUUGUCA UGCCAAUGGC ACUGCCCGGU AGCUAAAUGC GGAAGAGAUA AGUGCUGAAA GCAUCUAAGC ACGAAACUUG CCCCGAGAUG AGUUCUCCCU GACCCUUUAA GGGUCCUGAA GGAACGUUGA AGACGACGAC GUUGAUAGGC CGGGUGUGUA AGCGCAGCGA UGCGUUGAGC UAACCGGUAC UAAUGAACCG UGAGGCUUAA CCU
分子量理論値: 941.30525 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #9: 核酸, 5S ribosomal RNA

核酸名称: 5S ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCUC CCCAUGCGAG AGUAGGGAAC UGCCAGGCAA
分子量理論値: 38.813133 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, 50S ribosomal protein L2

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.663244 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #11: タンパク質, 50S ribosomal protein L3

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.277535 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #12: タンパク質, 50S ribosomal protein L4

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.121566 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #13: タンパク質, 50S ribosomal protein L5

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.073234 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #14: タンパク質, 50S ribosomal protein L6

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L6 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.801598 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #15: タンパク質, 50S ribosomal protein L9

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L9 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.78902 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #16: タンパク質, 50S ribosomal protein L13

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L13 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.050606 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #17: タンパク質, 50S ribosomal protein L14

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L14 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.45191 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #18: タンパク質, 50S ribosomal protein L15

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L15 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.877273 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #19: タンパク質, 50S ribosomal protein L16

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L16 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.312269 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #20: タンパク質, 50S ribosomal protein L17

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L17 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.721938 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #21: タンパク質, 50S ribosomal protein L18

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L18 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.663471 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #22: タンパク質, 50S ribosomal protein L19

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L19 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.028082 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #23: タンパク質, 50S ribosomal protein L20

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L20 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.396828 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #24: タンパク質, 50S ribosomal protein L21

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L21 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.586374 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #25: タンパク質, 50S ribosomal protein L22

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L22 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.253359 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #26: タンパク質, 50S ribosomal protein L23

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L23 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.546472 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #27: タンパク質, 50S ribosomal protein L24

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L24 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.078874 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #28: タンパク質, 50S ribosomal protein L25

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L25 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.713465 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #29: タンパク質, 50S ribosomal protein L27

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L27 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.174394 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #30: タンパク質, 50S ribosomal protein L28

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L28 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.896354 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #31: タンパク質, 50S ribosomal protein L29

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L29 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.286464 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #32: タンパク質, 50S ribosomal protein L30

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L30 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.423625 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #33: 核酸, 16S ribosomal RNA

核酸名称: 16S ribosomal RNA16S rRNA系統解析 / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUCU UUGCUGACGA GUGGCGGACG GGUGAGUAAU GUCUGGGAAA CUGCCUGAUG GAGGGGGAUA ACUACUGGAA ACGGUAGCUA AUACCGCAUA ACGUCGCAAG ACCAAAGAGG GGGACCUUCG GGCCUCUUGC CAUCGGAUGU GCCCAGAUGG GAUUAGCUAG UAGGUGGGGU AACGGCUCAC CUAGGCGACG AUCCCUAGCU GGUCUGAGAG GAUGACCAGC CACACUGGAA CUGAGACACG GUCCAGACUC CUACGGGAGG CAGCAGUGGG GAAUAUUGCA CAAUGGGCGC AAGCCUGAUG CAGCCAUGCC GCGUGUAUGA AGAAGGCCUU CGGGUUGUAA AGUACUUUCA GCGGGGAGGA AGGGAGUAAA GUUAAUACCU UUGCUCAUUG ACGUUACCCG CAGAAGAAGC ACCGGCUAAC UCCGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGGAGG GUGCAAGCGU UAAUCGGAAU UACUGGGCGU AAAGCGCACG CAGGCGGUUU GUUAAGUCAG AUGUGAAAUC CCCGGGCUCA ACCUGGGAAC UGCAUCUGAU ACUGGCAAGC UUGAGUCUCG UAGAGGGGGG UAGAAUUCCA GGUGUAGCGG UGAAAUGCGU AGAGAUCUGG AGGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG AUACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGAUG UCGACUUGGA GGUUGUGCCC UUGAGGCGUG GCUUCCGGAG CUAACGCGUU AAGUCGACCG CCUGGGGAGU ACGGCCGCAA GGUUAAAACU CAAAUGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGCG GUGGAGCAUG UGGUUUAAUU CGAUGCAACG CGAAGAACCU UACCUGGUCU UGACAUCCAC GGAAGUUUUC AGAGAUGAGA AUGUGCCUUC GGGAACCGUG AGACAGGUGC UGCAUGGCUG UCGUCAGCUC GUGUUGUGAA AUGUUGGGUU AAGUCCCGCA ACGAGCGCAA CCCUUAUCCU UUGUUGCCAG CGGUCCGGCC GGGAACUCAA AGGAGACUGC CAGUGAUAAA CUGGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUCAAGUCA UCAUGGCCCU UACGACCAGG GCUACACACG UGCUACAAUG GCGCAUACAA AGAGAAGCGA CCUCGCGAGA GCAAGCGGAC CUCAUAAAGU GCGUCGUAGU CCGGAUUGGA GUCUGCAACU CGACUCCAUG AAGUCGGAAU CGCUAGUAAU CGUGGAUCAG AAUGCCACGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACACCG CCCGUCACAC CAUGGGAGUG GGUUGCAAAA GAAGUAGGUA GCUUAACCUU CGGGAGGGCG CUUACCACUU UGUGAUUCAU GACUGGGGUG AAGUCGUAAC AAGGUAACCG UAGGGGAACC UGCGGUUGGA UCACCUCCU
分子量理論値: 498.725406 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #34: タンパク質, 30S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.096799 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #35: タンパク質, 30S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.078785 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #36: タンパク質, 30S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.383002 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #37: タンパク質, 30S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.532088 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #38: タンパク質, 30S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S6 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.669371 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #39: タンパク質, 30S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S7 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.048879 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #40: タンパク質, 30S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S8 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.015361 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #41: タンパク質, 30S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S9 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.554882 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #42: タンパク質, 30S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S10 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.196988 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #43: タンパク質, 30S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S11 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.388068 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #44: タンパク質, 30S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S12 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.636961 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #45: タンパク質, 30S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S13 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.625753 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #46: タンパク質, 30S ribosomal protein S14

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S14 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.546442 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #47: タンパク質, 30S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S15 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.159621 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #48: タンパク質, 30S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S16 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.207572 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #49: タンパク質, 30S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S17 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.263946 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #50: タンパク質, 30S ribosomal protein S18

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S18 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.606768 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #51: タンパク質, 30S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S19 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.057626 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #52: タンパク質, 30S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S20 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.50619 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #53: タンパク質, 30S ribosomal protein S21

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S21 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.763073 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #54: タンパク質, Ribosome modulation factor

タンパク質名称: Ribosome modulation factor / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.520523 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #55: タンパク質, Ribosome hibernation promoting factor

タンパク質名称: Ribosome hibernation promoting factor / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.76823 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #56: タンパク質, 30S ribosomal protein S1

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 61.238887 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

+
構成要素 #57: 核酸, tRNA Mixture

核酸名称: tRNA Mixture / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCU GGCUCAUAAC CAGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA
分子量理論値: 24.77177 kDa
由来生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.15 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C2 (2回回転対称) / 投影像の数: 18000
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 7.9 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body
利用したPDBモデル: 6H4N
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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