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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0055 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin): SSU-focused map | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Pellegrino S / Yusupov M / Yusupova G / Hashem Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structural Insights into the Role of Diphthamide on Elongation Factor 2 in mRNA Reading-Frame Maintenance. 著者: Simone Pellegrino / Natalia Demeshkina / Eder Mancera-Martinez / Sergey Melnikov / Angelita Simonetti / Alexander Myasnikov / Marat Yusupov / Gulnara Yusupova / Yaser Hashem / 要旨: One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a ...One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a conserved G-protein, the elongation factor 2 (eEF2), which carries a unique post-translational modification, called diphthamide, found in all eukaryotic species. Here we present near-atomic resolution cryo-electron microscopy structures of yeast 80S ribosome complexes containing mRNA, tRNA and eEF2 trapped in different GTP-hydrolysis states which provide further structural insights into the role of diphthamide in the mechanism of translation fidelity in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0055.map.gz | 12.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0055-v30.xml emd-0055.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0055.png | 194.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0055 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0055_validation.pdf.gz | 233.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0055_full_validation.pdf.gz | 232.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0055_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of G...
全体 | 名称: 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of GDP, AlF4 and anti-fungal drug (sordarin) |
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要素 |
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-超分子 #1: 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of G...
超分子 | 名称: 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of GDP, AlF4 and anti-fungal drug (sordarin) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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分子量 | 理論値: 3.4 MDa |
-超分子 #2: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#81, #83-#84 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-超分子 #3: mRNA
超分子 | 名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #82 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 4, blot waiting time 30 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 77200 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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