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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fdg | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of coagulation factor V short | ||||||||||||
要素 | Coagulation factor V凝固・線溶系 | ||||||||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to vitamin K / Α顆粒 / Cargo concentration in the ER / 循環器 / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation ...response to vitamin K / Α顆粒 / Cargo concentration in the ER / 循環器 / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / copper ion binding / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mohammed, B.M. / Pelc, L.A. / Rau, M.J. / Di Cera, E. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of coagulation factor V short. 著者: Bassem M Mohammed / Leslie A Pelc / Michael J Rau / Enrico Di Cera / 要旨: Coagulation factor V (fV) is the precursor of activated fV (fVa), an essential component of the prothrombinase complex required for the rapid activation of prothrombin in the penultimate step of the ...Coagulation factor V (fV) is the precursor of activated fV (fVa), an essential component of the prothrombinase complex required for the rapid activation of prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In addition, fV regulates the tissue factor pathway inhibitor α (TFPIα) and protein C pathways that inhibit the coagulation response. A recent cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of fV has revealed the architecture of its A1-A2-B-A3-C1-C2 assembly but left the mechanism that keeps fV in its inactive state unresolved because of an intrinsic disorder in the B domain. A splice variant of fV, fV short, carries a large deletion of the B domain that produces constitutive fVa-like activity and unmasks epitopes for the binding of TFPIα. The cryo-EM structure of fV short was solved at 3.2 Å resolution and revealed the arrangement of the entire A1-A2-B-A3-C1-C2 assembly. The shorter B domain stretches across the entire width of the protein, making contacts with the A1, A2, and A3 domains but suspended over the C1 and C2 domains. In the portion distal to the splice site, several hydrophobic clusters and acidic residues provide a potential binding site for the basic C-terminal end of TFPIα. In fV, these epitopes may bind intramolecularly to the basic region of the B domain. The cryo-EM structure reported in this study advances our understanding of the mechanism that keeps fV in its inactive state, provides new targets for mutagenesis and facilitates future structural analysis of fV short in complex with TFPIα, protein S, and fXa. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fdg.cif.gz | 375.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fdg.ent.gz | 246.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 172748.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood血液 / 遺伝子: F5 / 器官: Liver肝臓 / プラスミド: pDest40 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12259 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Recombinantly expressed coagulation factor V short full length with a c-terminus HPC4 tag タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Blood | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293 cells / プラスミド: pDest40 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: 2 second blot 20 second wait time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.36 sec. / 電子線照射量: 55.09 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3316 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Cs corrector |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 46 / 利用したフレーム数/画像: 1-46 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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