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万見
- PDB-7blx: Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas rei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7blx
タイトルPhotosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...Light-harvesting complexes of green plants) x 7
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 7
  • PSI subunit V
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / chlamydomonas (クラミドモナス) / photosystem I (光化学系I) / temperature sensitive / water molecules (水の性質)
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Β-カロテン / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / ラウリン酸 / ジアシルグリセロール / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Β-カロテン / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / ラウリン酸 / ジアシルグリセロール / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LPX / Chem-LUT / Chem-NKP / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / パルミチン酸 / フィロキノン / Chem-QTB / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / 鉄・硫黄クラスター / スフィンゴシン / Chem-SQD / Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Caspy, I. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Dimeric and high-resolution structures of Chlamydomonas Photosystem I from a temperature-sensitive Photosystem II mutant.
著者: Ido Caspy / Tom Schwartz / Vinzenz Bayro-Kaiser / Mariia Fadeeva / Amit Kessel / Nir Ben-Tal / Nathan Nelson /
要旨: Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity ...Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity remains obscure. Using a high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) PSI structure from a Chlamydomonas reinhardtii temperature-sensitive photoautotrophic PSII mutant (TSP4), a conserved network of water molecules - dating back to cyanobacteria - was uncovered, mainly in the vicinity of the electron transport chain (ETC). The high-resolution structure illustrated that the water molecules served as a ligand in every chlorophyll that was missing a fifth magnesium coordination in the PSI core and in the light-harvesting complexes (LHC). The asymmetric distribution of the water molecules near the ETC branches modulated their electrostatic landscape, distinctly in the space between the quinones and FX. The data also disclosed the first observation of eukaryotic PSI oligomerisation through a low-resolution PSI dimer that was comprised of PSI-10LHC and PSI-8LHC.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
L: PSI subunit V
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)686,854336
ポリマ－437,24119
非ポリマー249,613317
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 82121.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12154, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 81996.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09144, 光化学系I

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タンパク質 , 2種, 2分子 CL

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8738.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q00914, 光化学系I
#11: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 12944.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IL32

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 7種, 7分子 DEFGIJK

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / 光化学系I / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 16152.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39615
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / 光化学系I / PSI-E / P30 protein / Photosystem I 8.1 kDa protein


分子量: 7021.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12352
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / P21 protein / PSI-F


分子量: 17957.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12356
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 10 kDa protein / P35 protein / PSI-G


分子量: 9572.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14224
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I


分子量: 3970.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IFG7
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4516.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59777
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 8146.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14225

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 7種, 8分子 1Z378456

#12: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 20368.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7DM26
#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23689.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY9
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23304.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84Y02
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23293.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY7
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23018.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VZ0
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25122.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY8
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24937.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY6

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糖 , 2種, 8分子

#26: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#31: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 23種, 640分子

#19: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#21: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#22: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#23: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#24: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物 ChemComp-NKP / (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 18:1 LPA / oleoyl lysophosphatidic acid / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸


分子量: 436.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41O7P
#27: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸 / カプリル酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#28: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#29: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#30: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル / ジアシルグリセロール


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#32: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#33: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン / Β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#34: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#35: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE / スフィンゴシン


分子量: 299.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#36: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#37: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#38: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#39: 化合物 ChemComp-QTB / (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one


分子量: 260.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O
#40: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#41: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#42: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#43: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii光化学系I
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.89 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 46.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 12418

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0.7初期オイラー角割当
11RELION3.0.7最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION3.0.7３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1208518
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17311 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6JO5

6jo5

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006649938
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.96870738
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.10145983
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00913153
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.241313657

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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