+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31351 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of apo GPR158 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled glycine receptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of synapse organization / enzyme activator activity / protein localization to plasma membrane / cell projection / brain development / transmembrane signaling receptor activity / cognition ...G protein-coupled glycine receptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of synapse organization / enzyme activator activity / protein localization to plasma membrane / cell projection / brain development / transmembrane signaling receptor activity / cognition / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jeong E / Kim Y / Jeong J / Cho Y | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of the class C orphan GPCR GPR158 in complex with RGS7-Gβ5. 著者: Eunyoung Jeong / Yoojoong Kim / Jihong Jeong / Yunje Cho / 要旨: GPR158, a class C orphan GPCR, functions in cognition, stress-induced mood control, and synaptic development. Among class C GPCRs, GPR158 is unique as it lacks a Venus flytrap-fold ligand-binding ...GPR158, a class C orphan GPCR, functions in cognition, stress-induced mood control, and synaptic development. Among class C GPCRs, GPR158 is unique as it lacks a Venus flytrap-fold ligand-binding domain and terminates Gαi/o protein signaling through the RGS7-Gβ5 heterodimer. Here, we report the cryo-EM structures of GPR158 alone and in complex with one or two RGS7-Gβ5 heterodimers. GPR158 dimerizes through Per-Arnt-Sim-fold extracellular and transmembrane (TM) domains connected by an epidermal growth factor-like linker. The TM domain (TMD) reflects both inactive and active states of other class C GPCRs: a compact intracellular TMD, conformations of the two intracellular loops (ICLs) and the TMD interface formed by TM4/5. The ICL2, ICL3, TM3, and first helix of the cytoplasmic coiled-coil provide a platform for the DHEX domain of one RGS7 and the second helix recruits another RGS7. The unique features of the RGS7-binding site underlie the selectivity of GPR158 for RGS7. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31351.map.gz | 8.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31351-v30.xml emd-31351.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31351.png | 99.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31351 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31351_validation.pdf.gz | 320.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31351_full_validation.pdf.gz | 319.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31351_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31351_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31351 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GPR158
全体 | 名称: GPR158 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: GPR158
超分子 | 名称: GPR158 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
分子量 | 理論値: 200 kDa/nm |
-分子 #1: Probable G-protein coupled receptor 158
分子 | 名称: Probable G-protein coupled receptor 158 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 77.462703 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ASRDPQGRPD SPRERTPKGK PHAQQPGRAS ASDSSAPWSR STDGTILAQK LAEEVPMDVA SYLYTGDSHQ LKRANCSGRY ELAGLPGKW PALASAHPSL HRALDTLTHA TNFLNVMLQS NKSREQNLQD DLDWYQALVW SLLEGEPSIS RAAITFSTDS L SAPAPQVF ...文字列: ASRDPQGRPD SPRERTPKGK PHAQQPGRAS ASDSSAPWSR STDGTILAQK LAEEVPMDVA SYLYTGDSHQ LKRANCSGRY ELAGLPGKW PALASAHPSL HRALDTLTHA TNFLNVMLQS NKSREQNLQD DLDWYQALVW SLLEGEPSIS RAAITFSTDS L SAPAPQVF LQATREESRI LLQDLSSSAP HLANATLETE WFHGLRRKWR PHLHRRGPNQ GPRGLGHSWR RKDGLGGDKS HF KWSPPYL ECENGSYKPG WLVTLSSAIY GLQPNLVPEF RGVMKVDINL QKVDIDQCSS DGWFSGTHKC HLNNSECMPI KGL GFVLGA YECICKAGFY HPGVLPVNNF RRRGPDQHIS GSTKDVSEEA YVCLPCREGC PFCADDSPCF VQEDKYLRLA IISF QALCM LLDFVSMLVV YHFRKAKSIR ASGLILLETI LFGSLLLYFP VVILYFEPST FRCILLRWAR LLGFATVYGT VTLKL HRVL KVFLSRTAQR IPYMTGGRVM RMLAVILLVV FWFLIGWTSS VCQNLEKQIS LIGQGKTSDH LIFNMCLIDR WDYMTA VAE FLFLLWGVYL CYAVRTVPSA FHEPRYMAVA VHNELIISAI FHTIRFVLAS RLQSDWMLML YFAHTHLTVT VTIGLLL IP KFSHSSNNPR DDIATEAYED ELDMGRSGSY LNSSINSAWS EHSLD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 12.7 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 425819 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |