+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29011 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of coagulation factor V short | ||||||||||||
マップデータ | composite map used for model building | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to vitamin K / Α顆粒 / Cargo concentration in the ER / 循環器 / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation ...response to vitamin K / Α顆粒 / Cargo concentration in the ER / 循環器 / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / copper ion binding / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mohammed BM / Pelc LA / Rau MJ / Di Cera E | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of coagulation factor V short. 著者: Bassem M Mohammed / Leslie A Pelc / Michael J Rau / Enrico Di Cera / 要旨: Coagulation factor V (fV) is the precursor of activated fV (fVa), an essential component of the prothrombinase complex required for the rapid activation of prothrombin in the penultimate step of the ...Coagulation factor V (fV) is the precursor of activated fV (fVa), an essential component of the prothrombinase complex required for the rapid activation of prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In addition, fV regulates the tissue factor pathway inhibitor α (TFPIα) and protein C pathways that inhibit the coagulation response. A recent cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of fV has revealed the architecture of its A1-A2-B-A3-C1-C2 assembly but left the mechanism that keeps fV in its inactive state unresolved because of an intrinsic disorder in the B domain. A splice variant of fV, fV short, carries a large deletion of the B domain that produces constitutive fVa-like activity and unmasks epitopes for the binding of TFPIα. The cryo-EM structure of fV short was solved at 3.2 Å resolution and revealed the arrangement of the entire A1-A2-B-A3-C1-C2 assembly. The shorter B domain stretches across the entire width of the protein, making contacts with the A1, A2, and A3 domains but suspended over the C1 and C2 domains. In the portion distal to the splice site, several hydrophobic clusters and acidic residues provide a potential binding site for the basic C-terminal end of TFPIα. In fV, these epitopes may bind intramolecularly to the basic region of the B domain. The cryo-EM structure reported in this study advances our understanding of the mechanism that keeps fV in its inactive state, provides new targets for mutagenesis and facilitates future structural analysis of fV short in complex with TFPIα, protein S, and fXa. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29011.map.gz | 125.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29011-v30.xml emd-29011.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29011.png | 115.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29011 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | composite map used for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Recombinantly expressed coagulation factor V short full length wi...
全体 | 名称: Recombinantly expressed coagulation factor V short full length with a c-terminus HPC4 tag |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Recombinantly expressed coagulation factor V short full length wi...
超分子 | 名称: Recombinantly expressed coagulation factor V short full length with a c-terminus HPC4 tag タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Blood |
-分子 #1: Coagulation factor V
分子 | 名称: Coagulation factor V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Liver / 組織: Blood |
分子量 | 理論値: 172.748234 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AQLRQFYVAA QGISWSYRPE PTNSSLNLSV TSFKKIVYRE YEPYFKKEKP QSTISGLLGP TLYAEVGDII KVHFKNKADK PLSIHPQGI RYSKLSEGAS YLDHTFPAEK MDDAVAPGRE YTYEWSISED SGPTHDDPPC LTHIYYSHEN LIEDFNSGLI G PLLICKKG ...文字列: AQLRQFYVAA QGISWSYRPE PTNSSLNLSV TSFKKIVYRE YEPYFKKEKP QSTISGLLGP TLYAEVGDII KVHFKNKADK PLSIHPQGI RYSKLSEGAS YLDHTFPAEK MDDAVAPGRE YTYEWSISED SGPTHDDPPC LTHIYYSHEN LIEDFNSGLI G PLLICKKG TLTEGGTQKT FDKQIVLLFA VFDESKSWSQ SSSLMYTVNG YVNGTMPDIT VCAHDHISWH LLGMSSGPEL FS IHFNGQV LEQNHHKVSA ITLVSATSTT ANMTVGPEGK WIISSLTPKH LQAGMQAYID IKNCPKKTRN LKKITREQRR HMK RWEYFI AAEEVIWDYA PVIPANMDKK YRSQHLDNFS NQIGKHYKKV MYTQYEDESF TKHTVNPNMK EDGILGPIIR AQVR DTLKI VFKNMASRPY SIYPHGVTFS PYEDEVNSSF TSGRNNTMIR AVQPGETYTY KWNILEFDEP TENDAQCLTR PYYSD VDIM RDIASGLIGL LLICKSRSLD RRGIQRAADI EQQAVFAVFD ENKSWYLEDN INKFCENPDE VKRDDPKFYE SNIMST ING YVPESITTLG FCFDDTVQWH FCSVGTQNEI LTIHFTGHSF IYGKRHEDTL TLFPMRGESV TVTMDNVGTW MLTSMNS SP RSKKLRLKFR DVKCIPDDDE DSYEIFEPPE STVMATRKMH DRLEPEDEES DADYDYQNRL AAALGIRSFR NSSLNQEE E EFNLTALALE NGTEFVSSNT DIIVGSNYSS PSNILGQMPS PSSPTLNDTF LSKEFNPLVI VGLSKDGTDY IEIIPKEEV QSSEDDYAEI DYVPYDDPYK TDVRTNINSS RDPDNIAAWY LRSNNGNRRN YYIAAEEISW DYSEFVQRET DIEDSDDIPE DTTYKKVVF RKYLDSTFTK RDPRGEYEEH LGILGPIIRA EVDDVIQVRF KNLASRPYSL HAHGLSYEKS SEGKTYEDDS P EWFKEDNA VQPNSSYTYV WHATERSGPE SPGSACRAWA YYSAVNPEKD IHSGLIGPLL ICQKGILHKD SNMPVDMREF VL LFMTFDE KKSWYYEKKS RSSWRLTSSE MKKSHEFHAI NGMIYSLPGL KMYEQEWVRL HLLNIGGSQD IHVVHFHGQT LLE NGNKQH QLGVWPLLPG SFKTLEMKAS KPGWWLLNTE VGENQRAGMQ TPFLIMDRDC RMPMGLSTGI ISDSQIKASE FLGY WEPRL ARLNNGGSYN AWSVEKLAAE FASKPWIQVD MQKEVIITGI QTQGAKHYLK SCYTTEFYVA YSSNQINWQI FKGNS TRNV MYFNGNSDAS TIKENQFDPP IVARYIRISP TRAYNRPTLR LELQGCEVNG CSTPLGMENG KIENKQITAS SFKKSW WGD YWEPFRARLN AQGRVNAWQA KANNNKQWLE IDLLKIKKIT AIITQGCKSL SSEMYVKSYT IHYSEQGVEW KPYRLKS SM VDKIFEGNTN TKGHVKNFFN PPIISRFIRV IPKTWNQSIA LRLELFGCDI YEDQVDPRLI DGK UniProtKB: Coagulation factor V, Coagulation factor V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blot 20 second wait time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrector |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-46 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3316 / 平均露光時間: 9.36 sec. / 平均電子線量: 55.09 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4.0.3) / 使用した粒子像数: 147000 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | PDB-8fdg: |