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- EMDB-29488: Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29488
タイトルHuman APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
マップデータ
試料
  • 複合体: Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H
    • RNA: RNA(5'-R(AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
    • RNA: RNA(5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cullin 5
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水
キーワードvirus-host protein complex / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / negative regulation by host of viral genome replication / : / lymphocyte differentiation / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / cullin-RING ubiquitin ligase complex / retrotransposon silencing / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / target-directed miRNA degradation / elongin complex / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / VCB complex / definitive hemopoiesis / : / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / cell maturation / ウイルスのライフサイクル / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / virion component / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / osteoblast differentiation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein polyubiquitination / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Regulation of RUNX2 expression and activity / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / host cell cytoplasm / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
APOBEC3H / APOBEC3G / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain ...APOBEC3H / APOBEC3G / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin / Elongin-C / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cytidine deaminase-like / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cullin 5 / Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Elongin-C / Elongin-B / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Ito F / Alvarez-Cabrera AL / Zhou ZH / Chen XS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150524 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of HIV-1 Vif-mediated E3 ligase targeting of host APOBEC3H.
著者: Fumiaki Ito / Ana L Alvarez-Cabrera / Kyumin Kim / Z Hong Zhou / Xiaojiang S Chen /
要旨: Human APOBEC3 (A3) cytidine deaminases are antiviral factors that are particularly potent against retroviruses. As a countermeasure, HIV-1 uses a viral infectivity factor (Vif) to target specific ...Human APOBEC3 (A3) cytidine deaminases are antiviral factors that are particularly potent against retroviruses. As a countermeasure, HIV-1 uses a viral infectivity factor (Vif) to target specific human A3s for proteasomal degradation. Vif recruits cellular transcription cofactor CBF-β and Cullin-5 (CUL5) RING E3 ubiquitin ligase to bind different A3s distinctively, but how this is accomplished remains unclear in the absence of the atomic structure of the complex. Here, we present the cryo-EM structures of HIV-1 Vif in complex with human A3H, CBF-β and components of CUL5 ubiquitin ligase (CUL5, ELOB, and ELOC). Vif nucleates the entire complex by directly binding four human proteins, A3H, CBF-β, CUL5, and ELOC. The structures reveal a large interface area between A3H and Vif, primarily mediated by an α-helical side of A3H and a five-stranded β-sheet of Vif. This A3H-Vif interface unveils the basis for sensitivity-modulating polymorphism of both proteins, including a previously reported gain-of-function mutation in Vif isolated from HIV/AIDS patients. Our structural and functional results provide insights into the remarkable interplay between HIV and humans and would inform development efforts for anti-HIV therapeutics.
履歴
登録2023年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.51 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.32533467 - 0.4400099
平均 (標準偏差)-0.00009275554 (±0.004770378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 367.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29488_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29488_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-bet...

全体名称: Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
要素
  • 複合体: Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H
    • RNA: RNA(5'-R(AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
    • RNA: RNA(5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Cullin 5
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-bet...

超分子名称: Hetero-hexameric complex of HIV-1 Vif and human APOBEC3H, CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Core-binding factor subunit beta

分子名称: Core-binding factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.643814 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPRVVPDQRS KFENEEFFRK LSRECEIKYT GFRDRPHEER QARFQNACRD GRSEIAFVAT GTNLSLQFFP ASWQGEQRQT PSREYVDLE REAGKVYLKA PMILNGVCVI WKGWIDLQRL DGMGCLEFDE ERAQQEDALA QQAFEEARRR TREFEDRD

UniProtKB: Core-binding factor subunit beta

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分子 #2: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: pNL4-3
分子量理論値: 21.160451 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPMENRWQVM IVWQVDRMRI NTWKRLVKHH MYISRKAKDW FYRHHYESTH PKISSEVHIP LGDAKLVITT YWGLHTGERD WHLGQGVSI EWRKKRYSTQ VDPDLADQLI HLHYFDCFSE SAIRNTILGR IVSPRCEYQA GHNKVGSLQY LALAALIKPK Q IKPPLPSV RKLTEDRWNK

UniProtKB: Virion infectivity factor

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分子 #3: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H

分子名称: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 活性化誘導シチジンデアミナーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.10341 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGGSGGMAL LTAETFRLQF NNKRRLRRPY YPRKALLCYQ LTPQNGSTPT RGYFENKKKC HAEICFINEI KSMGLDETQC YQVTCYLTW SPCSSCAWEL VDFIQAHDHL NLRIFASRLY YHWCKPQQDG LRLLCGSQVP VEVMGFPEFA DCWENFVDHE K PLSFNPYK ...文字列:
GPGGSGGMAL LTAETFRLQF NNKRRLRRPY YPRKALLCYQ LTPQNGSTPT RGYFENKKKC HAEICFINEI KSMGLDETQC YQVTCYLTW SPCSSCAWEL VDFIQAHDHL NLRIFASRLY YHWCKPQQDG LRLLCGSQVP VEVMGFPEFA DCWENFVDHE K PLSFNPYK MLEELDKNSR AIKRRLDRIK S

UniProtKB: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H

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分子 #6: Cullin 5

分子名称: Cullin 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.61398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPAGSSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA QARVLSHQDD TALLKAYIV EWRKFFTQCD ILPKPFCQLE ITLMGKQGSN KKSNVEDSIV RKLMLDTWNE SIFSNIKNRL QDSAMKLVHA E RLGEAFDS ...文字列:
GPAGSSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA QARVLSHQDD TALLKAYIV EWRKFFTQCD ILPKPFCQLE ITLMGKQGSN KKSNVEDSIV RKLMLDTWNE SIFSNIKNRL QDSAMKLVHA E RLGEAFDS QLVIGVRESY VNLCSNPEDK LQIYRDNFEK AYLDSTERFY RTQAPSYLQQ NGVQNYMKYA DAKLKEEEKR AL RYLETRR ECNSVEALME CCVNALVTSF KETILAECQG MIKRNETEKL HLMFSLMDKV PNGIEPMLKD LEEHIIS

UniProtKB: Cullin 5

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分子 #7: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.48803 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDV

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #8: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: RNA(5'-R(AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA(5'-R(AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 3.03974 KDa
配列文字列:
AUUUUUUUUU

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分子 #5: RNA(5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA(5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.917895 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAA

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14725 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3637921
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by stochastic gradient descent using ab intio reconstruction in cryoSPARC.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 89986
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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