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- EMDB-9397: F-pilus/MS2 Maturation protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9397
タイトルF-pilus/MS2 Maturation protein complex
マップデータFocused refinement of Escherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 maturation protein.
試料
  • 複合体: F-pilus/MS2 maturation protein complex
    • 複合体: Enterobacteria phage MS2 maturation protein
      • タンパク質・ペプチド: Maturation protein
    • 複合体: F-pilus
      • タンパク質・ペプチド: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate
キーワードMS2 maturation protein / F-pilus / adsorption complex / PROTEIN BINDING (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome circularization / : / virion attachment to host cell pilus / virion component / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TraA / TraA / Assembly protein / Phage maturation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV conjugative transfer system pilin TraA / Maturation protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Meng R / Jiang M / Zhang J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24GM1167 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the adsorption of a single-stranded RNA bacteriophage.
著者: Ran Meng / Mengqiu Jiang / Zhicheng Cui / Jeng-Yih Chang / Kailu Yang / Joanita Jakana / Xinzhe Yu / Zhao Wang / Bo Hu / Junjie Zhang /
要旨: Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of ...Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of the ssRNA phage MS2 in complex with the Escherichia coli F-pilus, showing a network of hydrophobic and electrostatic interactions at the Mat-pilus interface. Moreover, binding of the pilus induces slight orientational variations of the Mat relative to the rest of the phage capsid, priming the Mat-connected genomic RNA (gRNA) for its release from the virions. The exposed tip of the attached Mat points opposite to the direction of the pilus retraction, which may facilitate the translocation of the gRNA from the capsid into the host cytosol. In addition, our structures determine the orientation of the assembled F-pilin subunits relative to the cell envelope, providing insights into the F-like type IV secretion systems.
履歴
登録2019年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月6日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nm5
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nm5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement of Escherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 maturation protein.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.18585995 - 0.31311306
平均 (標準偏差)0.00022885329 (±0.0054002595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 531.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.462.462.46
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z531.360531.360531.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.1860.3130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : F-pilus/MS2 maturation protein complex

全体名称: F-pilus/MS2 maturation protein complex
要素
  • 複合体: F-pilus/MS2 maturation protein complex
    • 複合体: Enterobacteria phage MS2 maturation protein
      • タンパク質・ペプチド: Maturation protein
    • 複合体: F-pilus
      • タンパク質・ペプチド: Type IV conjugative transfer system pilin TraA
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate

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超分子 #1: F-pilus/MS2 maturation protein complex

超分子名称: F-pilus/MS2 maturation protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: F-pilus/MS2 Maturation protein complex

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超分子 #2: Enterobacteria phage MS2 maturation protein

超分子名称: Enterobacteria phage MS2 maturation protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: F-pilus

超分子名称: F-pilus / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)

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分子 #1: Type IV conjugative transfer system pilin TraA

分子名称: Type IV conjugative transfer system pilin TraA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 75 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.831216 KDa
配列文字列:
QDLMASGNTT VKATFGKDSS VVKWVVLAEV LVGAVMYMMT KNVKFLAGFA IISVFIAVGM AVVGL

UniProtKB: Type IV conjugative transfer system pilin TraA

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分子 #2: Maturation protein

分子名称: Maturation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
分子量理論値: 44.030934 KDa
配列文字列: MRAFSTLDRE NETFVPSVRV YADGETEDNS FSLKYRSNWT PGRFNSTGAK TKQWHYPSPY SRGALSVTSI DQGAYKRSGS SWGRPYEEK AGFGFSLDAR SCYSLFPVSQ NLTYIEVPQN VANRASTEVL QKVTQGNFNL GVALAEARST ASQLATQTIA L VKAYTAAR ...文字列:
MRAFSTLDRE NETFVPSVRV YADGETEDNS FSLKYRSNWT PGRFNSTGAK TKQWHYPSPY SRGALSVTSI DQGAYKRSGS SWGRPYEEK AGFGFSLDAR SCYSLFPVSQ NLTYIEVPQN VANRASTEVL QKVTQGNFNL GVALAEARST ASQLATQTIA L VKAYTAAR RGNWRQALRY LALNEDRKFR SKHVAGRWLE LQFGWLPLMS DIQGAYEMLT KVHLQEFLPM RAVRQVGTNI KL DGRLSYP AANFQTTCNI SRRIVIWFYI NDARLAWLSS LGILNPLGIV WEKVPFSFVV DWLLPVGNML EGLTAPVGCS YMS GTVTDV ITGESIISVD APYGWTVERQ GTAKAQISAM HRGVQSVWPT TGAYVKSPFS MVHTLDALAL IRQRLSR

UniProtKB: Maturation protein A

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分子 #3: (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate

分子名称: (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 70 / 式: KSV
分子量理論値: 200.127 Da
Chemical component information

ChemComp-KSV:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate / O-(L-グリセロ-3-ホスホ)エタノ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 168989
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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