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- EMDB-8777: Pol I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold at 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8777
タイトルPol I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold at 6.9 angstrom
マップデータRNA polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
試料
  • 複合体: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
    • RNA: x 1種
    • DNA: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / regulation of cell size / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain ...Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain / Rrn6, helical bundle domain / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Han Y / He Y
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Northwestern UniversityCornew Innovation Award 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI 5K22CA184235 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS GM110387 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I.
著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He /
要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC.
履歴
登録2017年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月5日-
マップ公開2017年7月5日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.10179037 - 0.23072258
平均 (標準偏差)0.0028788708 (±0.015079218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 302.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.362.362.36
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.080302.080302.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1020.2310.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated sc...

全体名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
要素
  • 複合体: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
    • RNA: RNAリボ核酸
    • DNA: template strand DNA
    • DNA: upstream non-template strand DNA
    • DNA: downstream non-template strand DNA

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超分子 #1: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated sc...

超分子名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDE KFCPGHQGHI ELPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA C KLRLLQYG LIDESYKLDE ITLGSLNSSM YTDDEAIEDN EDEMDGEGSK ...文字列:
MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDE KFCPGHQGHI ELPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA C KLRLLQYG LIDESYKLDE ITLGSLNSSM YTDDEAIEDN EDEMDGEGSK QSKDISSTLL NE LKSKRSE YVDMAIAKAL SDGRTTERGS FTATVNDERK KLVHEFHKKL LSRGKCDNCG MFS PKFRKD GFTKIFETAL NEKQITNNRV KGFIRQDMIK KQKQAKKLDG SNEASANDEE SFDV GRNPT TRPKTGSTYI LSTEVKNILD TVFRKEQCVL QYVFHSRPNL SRKLVKADSF FMDVL VVPP TRFRLPSKLG EEVHENSQNQ LLSKVLTTSL LIRDLNDDLS KLQKDKVSLE DRRVIF SRL MNAFVTIQND VNAFIDSTKA QGRTSGKVPI PGVKQALEKK EGLFRKHMMG KRVNYAA RS VISPDPNIET NEIGVPPVFA VKLTYPEPVT AYNIAELRQA VINGPDKWPG ATQIQNED G SLVSLIGMSV EQRKALANQL LTPSSNVSTH TLNKKVYRHI KNRDVVLMNR QPTLHKASM MGHKVRVLPN EKTLRLHYAN TGAYNADFDG DEMNMHFPQN ENARAEALNL ANTDSQYLTP TSGSPVRGL IQDHISAGVW LTSKDSFFTR EQYQQYIYGC IRPEDGHTTR SKIVTLPPTI F KPYPLWTG KQIITTVLLN VTPPDMPGIN LISKNKIKNE YWGKGSLENE VLFKDGALLC GI LDKSQYG ASKYGIVHSL HEVYGPEVAA KVLSVLGRLF TNYITATAFT CGMDDLRLTA EGN KWRTDI LKTSVDTGRE AAAEVTNLDK DTPADDPELL KRLQEILRDN NKSGILDAVT SSKV NAITS QVVSKCVPDG TMKKFPCNSM QAMALSGAKG SNVNVSQIMC LLGQQALEGR RVPVM VSGK TLPSFKPYET DAMAGGYVKG RFYSGIKPQE YYFHCMAGRE GLIDTAVKTS RSGYLQ RCL TKQLEGVHVS YDNSIRDADG TLVQFMYGGD AIDITKESHM TQFEFCLDNY YALLKKY NP SALIEHLDVE SALKYSKKTL KYRKKHSKEP HYKQSVKYDP VLAKYNPAKY LGSVSENF Q DKLESFLDKN SKLFKSSDGV NEKKFRALMQ LKYMRSLINP GEAVGIIASQ SVGEPSTQM TLNTFHFAGH GAANVTLGIP RLREIVMTAS AAIKTPQMTL PIWNDVSDEQ ADTFCKSISK VLLSEVIDK VIVTETTGTS NTAGGNAARS YVIHMRFFDN NEYSEEYDVS KEELQNVISN Q FIHLLEAA IVKEIKKQKR TTGPDIGVAV PRLQTDVANS SSNSKRLEED NDEEQSHKKT KQ AVSYDEP DEDEIETMRE AEKSSDEEGI DSDKESDSDS EDEDVDMNEQ INKSIVEANN NMN KVQRDR QSAIISHHRF ITKYNFDDES GKWCEFKLEL AADTEKLLMV NIVEEICRKS IIRQ IPHID RCVHPEPENG KRVLVTEGVN FQAMWDQEAF IDVDGITSND VAAVLKTYGV EAARN TIVN EINNVFSRYA ISVSFRHLDL IADMMTRQGT YLAFNRQGME TSTSSFMKMS YETTCQ FLT KAVLDNEREQ LDSPSARIVV GKLNNVGTGS FDVLAKVPNA A

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIG EKVIFDGKPL NSEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER K VYPSESRQ RLTSYRGKLL LKLKWSVNNG EENLFEVRDC GGLPVMLQSN RCHLNKMSPY EL VQHKEES DEIGGYFIVN GIEKLIRMLI VQRRNHPMAI IRPSFANRGA SYSHYGIQIR SVR PDQTSQ TNVLHYLNDG QVTFRFSWRK NEYLVPVVMI LKALCHTSDR EIFDGIIGND VKDS FLTDR LELLLRGFKK RYPHLQNRTQ VLQYLGDKFR VVFQASPDQS DLEVGQEVLD RIVLV HLGK DGSQDKFRML LFMIRKLYSL VAGECSPDNP DATQHQEVLL GGFLYGMILK EKIDEY LQN IIAQVRMDIN RGMAINFKDK RYMSRVLMRV NENIGSKMQY FLSTGNLVSQ SGLDLQQ VS GYTVVAEKIN FYRFISHFRM VHRGSFFAQL KTTTVRKLLP ESWGFLCPVH TPDGSPCG L LNHFAHKCRI STQQSDVSRI PSILYSLGVA PASHTFAAGP SLCCVQIDGK IIGWVSHEQ GKIIADTLRY WKVEGKTPGL PIDLEIGYVP PSTRGQYPGL YLFGGHSRML RPVRYLPLDK EDIVGPFEQ VYMNIAVTPQ EIQNNVHTHV EFTPTNILSI LANLTPFSDF NQSPRNMYQC Q MGKQTMGT PGVALCHRSD NKLYRLQTGQ TPIVKANLYD DYGMDNFPNG FNAVVAVISY TG YDMDDAM IINKSADERG FGYGTMYKTE KVDLALNRNR GDPITQHFGF GNDEWPKEWL EKL DEDGLP YIGTYVEEGD PICAYFDDTL NKTKIKTYHS SEPAYIEEVN LIGDESNKFQ ELQT VSIKY RIRRTPQIGD KFSSRHGQKG VCSRKWPTID MPFSETGIQP DIIINPHAFP SRMTI GMFV ESLAGKAGAL HGIAQDSTPW IFNEDDTPAD YFGEQLAKAG YNYHGNEPMY SGATGE ELR ADIYVGVVYY QRLRHMVNDK FQVRSTGPVN SLTMQPVKGR KRHGGIRVGE MERDALI GH GTSFLLQDRL LNSSDYTQAS VCRECGSILT TQQSVPRIGS ISTVCCRRCS MRFEDAKK L LTKSEDGEKI FIDDSQIWED GQGNKFVGGN ETTTVAIPFV LKYLDSELSA MGIRLRYNV EPK

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRR IMISEVPSVA AEYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN L PDDEKFTD ENTIVLSLNV KCTRNPDAPK GSTDPKELYN NAHVYARDLK FEPQGRQSTT FA DCPVVPA DPDILLAKLR PGQEISLKAH CILGIGGDHA KFSPVSTASY RLLPQINILQ PIK GESARR FQKCFPPGVI GIDEGSDEAY VKDARKDTVS REVLRYEEFA DKVKLGRVRN HFIF NVESA GAMTPEEIFF KSVRILKNKA EYLKNCPITQ

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MMKGSRRTGN NTATTLNTPV VIHATQLPQH VSTDEVLQFL ESFIDEKENI IDSTTMNTIS GNAADADAA AVANTSLNID TNLSSSISQL KRIQRDFKGL PPAQDFSAAP IQVSTTEKKE T SIGVSATG GKKTTFADE

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESI SKFPDMGSLW VEFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS A MKLVPSIP PATIETFNEA ALVVNITHHE LVPKHIRLSS DEKRELLKRY RLKESQLPRI QR ADPVALY LGLKRGEVVK IIRKSETSGR YASYRICM

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分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTL KEKAIPKDQR ATTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR I AMKELAEK KIPLVIRRYL PDGSFEDWSV EELIVDL

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分子 #7: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MSQVKRANEN RETARFIKKH KKQVTNPIDE KNGTSNCIVR VPIALYVSLA PMYLENPLQG VMKQHLNPL VMKYNNKVGG VVLGYEGLKI LDADPLSKED TSEKLIKITP DTPFGFTWCH V NLYVWQPQ VGDVLEGYIF IQSASHIGLL IHDAFNASIK KNNIPVDWTF VHNDVEEDAD VI NTDENNG NNNNEDNKDS NGGSNSLGKF SFGNRSLGHW VDSNGEPIDG KLRFTVRNVH TTG RVVSVD GTLISDADEE GNGYNSSRSQ AESLPIVSNK KIVFDDEVSI ENKESHKELD LPEV KEDNG SEIVYEENTS ESNDGESSDS D

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分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
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MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTP ANDSSATRSW RPPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG G LLMRLEGN YRNLNNLKQE NAYLLIRR

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分子 #9: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MSVVGSLIFC LDCGDLLENP NAVLGSNVEC SQCKAIYPKS QFSNLKVVTT TADDAFPSSL RAKKSVVKT SLKKNELKDG ATIKEKCPQC GNEEMNYHTL QLRSADEGAT VFYTCTSCGY K FRTNN

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分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKR D

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MTEDIEQKKT ATEVTPQEPK HIQEEEEQDV DMTGDEEQEE EPDREKIKLL TQATSEDGTS ASFQIVEED HTLGNALRYV IMKNPDVEFC GYSIPHPSEN LLNIRIQTYG ETTAVDALQK G LKDLMDLC DVVESKFTEK IKSM

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEA R

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSS SQASNQYVVG LFNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT R PSALRNAL GEAFGTKKAK KAIADLERNR IDSDKLTDSA IDIVDSVRTA ...文字列:
MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSS SQASNQYVVG LFNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT R PSALRNAL GEAFGTKKAK KAIADLERNR IDSDKLTDSA IDIVDSVRTA SKDLPTRAQL DE ITSNDRP TPLANIDATD VEQIYPIESI IPKKELQFIR VSSILKEADK EKKLELFPYQ NNS KYVAKK LDSLTQPSQM TKLQLLYYLS LLLGVYENRR VNNKTKLLER LNSPPEILVD GILS RFTVI KPGQFGRSKD RSYFIDPQNE DKILCYILAI IMHLDNFIVE ITPLAHELNL KPSKV VSLF RVLGAIVKGA TVAQAEAFGI PKSTAASYKI ATMKVPFKLP EMTRRGRGPR R

+
分子 #14: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKS LPVDFESSTT MTIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL K IASTAKDN APLQFDKVFS VSETAKIPAI DYSKVRVPRK DVPKVEGLKL ...文字列:
MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKS LPVDFESSTT MTIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL K IASTAKDN APLQFDKVFS VSETAKIPAI DYSKVRVPRK DVPKVEGLKL EHFATGYDAE DF HVAEEVK ENKKEPKKRS HHDDEEESSE KKKKKKEKRE KREKKDKKDK KKKHRD

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分子 #15: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM ...文字列:
MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM QDAFFWDPTV AN RLDSQYI QTASDLRNYR DGTEIIAYAS GKTGSVLNIA VLTRQNTLHL NRHNNVTSIE LHS PIKSIK IPGASESIGR RSNLVGIITE NSFQIFRIES VHSRSCDVMV SSSEPLYFVE IDDL QVVDF AFNPWDLQQF AIIDIKGNWS IGRIPKNFNN NNKRKLQLID NLHGTIFDPE ELSSW KRIE WFSHFQKILV FDRSKMIEID FMNNWQTEVV QAKAWSNIRD YKRIDDKNGI LLTSRE III VGASESNDPV RRISWKHDLD PDDTTLRITV QKVKKPDHIL LVAFVYSMRH KRIYMHV FS HRKANLFQSL GCSTVLEIPG GTPTGIETIL TLDHIDDESR REEDADENFE LVVDFLVK L RNSSEVYYYA LSNTQNSEPN KQETPIIVDH PEWASLFNNA DEREKESIGA LVSQIKLKE RERISRVQNL IEHENSHDED KYLQDLGYRL SIATNELLES WQKTKDESIL SGSLSHSKLK NLLENSDSF ASIPEFSSLL DQFFQYYQDQ DVTFIGFEKL LHLFLHEDVP GLDIFYNKLL Q CWVLVSPQ AELLTKEIVK DIIWSLARLE KPSLFEPIQN EISRSLSGPY QDIISSWDMD DI NEEDESN EFNFDSQFSA PFNGRPPFNL NSQSQIPTIK SSQSSGLARR KRILKTQSQK ATP LSQSTQ NLSVLPDSMT PAFTLMQPPS SQISFVNDSQ PRNSQKAKKK KKRIRGFG

+
分子 #16: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA ...文字列:
MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA STHLSLPVYT CD YIKWICT AKMPYFQASE ILPKSWRIQL PNYYVSILEG SISPFNGQLY NKIALTCGMI HFK EFFNSE ISCQGLLLKL VMQCALPPEF YFYTKQVIEF EETDIRNLTL WERTDERHTG RVSN HAELR VLSYFMLTIN WMLSFDRDRQ YPLKWILSLT ESLTQRTTTS ESIGRNIVKV VYPDK PTSS DYFQWSEEET LEFLKWMEKQ FLPTQTKSLH NENGSMEMTI DQKIARRKLY KIFPLD REA NHDGEFNDST HQLTFIEDLQ ERYAKQTPFF ESNKIRDSLN YQEANPPARK EAIGRLL TH IASQLLVDFA ISKEQLKDCI SRIKNACLHR MN

+
分子 #17: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI ...文字列:
MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI PLRKMEIPLL HC TKENKLY FQSISRGLEP LKTSTSEVRN YRTRHIVTLT DLLHLNVSRH NWSLAYKIFA TLI RIPGVQ IKSLWGIGVE ILDNLSNSSS GLDFLQWMCQ IYSSKSRFVQ NINYRSIVPP FQTG SRTHT AKFAITYLWS SLINCQKSME PSSNIIDKPF DTENDLLQEL IDKISEWVLT PPFME DAEV WFIYASCHLL KADTLSRQFV NDNKNNDLIG LDRDIKINQV IKHIHYVRTF LKICLD KGG FAVPSRLIEN QLKSFESRLY GEAQDIQERD VANVYDSIDN SSVENSFGDV YETNAEF LD TQLMDLSPED NGLDEMHYSD EDSSE

+
分子 #18: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
AUGCGA

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分子 #19: template strand DNA

分子名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 19 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
TGTCTTCAAC TGCTTTCGCA TGAAGTACCT CCCAACTACT TTTCCTCACA CTTG

+
分子 #20: upstream non-template strand DNA

分子名称: upstream non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 20 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
TGAGGAAAAG TAGTTGGG

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分子 #21: downstream non-template strand DNA

分子名称: downstream non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 21 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列:
GCAGTTGAAG ACA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil S7/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 17.2 e/Å2

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.5)
詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4c3i

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 43843
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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