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万見
- EMDB-8777: Pol I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold at 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8777
タイトルPol I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold at 6.9 angstrom
マップデータ
試料RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
  • (DNA-directed RNA polymerase I subunit ...ポリメラーゼ) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 5
  • (RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ...) x 3
  • (nucleic-acid核酸) x 4
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration ...RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration / transcription elongation from RNA polymerase I promoter / termination of RNA polymerase I transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / regulation of cell size / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / mRNA cleavage / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / TBP-class protein binding / ribonucleoside binding / promoter-specific chromatin binding / ポリメラーゼ / transcription by RNA polymerase II / transcription, RNA-templated / リボソーム生合成 / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion ...RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / Nucleic acid-binding, OB-fold / RNA polymerase, subunit omega/K/RPB6 / Archaeal RpoH /eukaryotic RPB5 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / RNA polymerase subunit RPB10 / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / DNA-directed RNA polymerase RPB5 subunit, eukaryote/virus / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / Archaeal RpoK/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpb5-like / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, Rpb8 / Zinc finger, TFIIS-type / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit N/Rpb10 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 ...RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Han Y / He Y
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Northwestern UniversityCornew Innovation Award 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI 5K22CA184235 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS GM110387 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I.
著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He /
要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2017年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月5日-
マップ公開2017年7月5日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 302.08 Å		2.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 302.08 Å		2.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 302.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.10179037 - 0.23072258
平均 (標準偏差)0.0028788708 (±0.015079218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 302.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.362.362.36
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.080302.080302.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1020.2310.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated sc...

全体名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
構成要素数: 22

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構成要素 #1: タンパク質, RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a trunc...

タンパク質名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex with a truncated scaffold
組換発現: No
分子量理論値: 900 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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構成要素 #2: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #3: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #4: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #5: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #6: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #7: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2RNAポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #8: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #9: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #10: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #11: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #12: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #13: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #14: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #15: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34ポリメラーゼ
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #16: タンパク質, RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

タンパク質名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #17: タンパク質, RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

タンパク質名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #18: タンパク質, RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

タンパク質名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #19: nucleic-acid, RNA

核酸名称: RNAリボ核酸 / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AUGCGA
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #20: nucleic-acid, template strand DNA

核酸名称: template strand DNA / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
TGTCTTCAAC TGCTTTCGCA TGAAGTACCT CCCAACTACT TTTCCTCACA CTTG
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #21: nucleic-acid, upstream non-template strand DNA

核酸名称: upstream non-template strand DNA / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
TGAGGAAAAG TAGTTGGG
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #22: nucleic-acid, downstream non-template strand DNA

核酸名称: downstream non-template strand DNA / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
GCAGTTGAAG ACA
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: JEOL 3200FS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 17.2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 15000.0 X (nominal) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 43843
３次元再構成ソフトウェア: RELION
CTF補正: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion.
解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible / 精密化に使用した空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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