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万見
- PDB-6ncv: Cryo-EM structure of NLRP6 PYD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncv
タイトルCryo-EM structure of NLRP6 PYD filament
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN FIBRIL / death domain fold / helical assembly / inflammasome (インフラマソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


non-membrane-bounded organelle / regulation of mucus secretion / NLRP6 inflammasome complex assembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / NLRP6 inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / lipoteichoic acid binding / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / vasopressin receptor activity / acute inflammatory response to antigenic stimulus ...non-membrane-bounded organelle / regulation of mucus secretion / NLRP6 inflammasome complex assembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / NLRP6 inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / lipoteichoic acid binding / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / vasopressin receptor activity / acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / canonical inflammasome complex / acute inflammatory response / pattern recognition receptor activity / pyroptosis / antiviral innate immune response / necroptotic process / negative regulation of type II interferon production / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / molecular condensate scaffold activity / regulation of autophagy / lipopolysaccharide binding / response to bacterium / peptide binding / wound healing / protein homooligomerization / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / 核膜 / defense response to Gram-positive bacterium / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain ...NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Shen, C. / Fu, T.M. / Wu, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al124491 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD087988 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Molecular mechanism for NLRP6 inflammasome assembly and activation.
著者: Chen Shen / Alvin Lu / Wen Jun Xie / Jianbin Ruan / Roberto Negro / Edward H Egelman / Tian-Min Fu / Hao Wu /
要旨: Inflammasomes are large protein complexes that trigger host defense in cells by activating inflammatory caspases for cytokine maturation and pyroptosis. NLRP6 is a sensor protein in the nucleotide- ...Inflammasomes are large protein complexes that trigger host defense in cells by activating inflammatory caspases for cytokine maturation and pyroptosis. NLRP6 is a sensor protein in the nucleotide-binding domain (NBD) and leucine-rich repeat (LRR)-containing (NLR) inflammasome family that has been shown to play multiple roles in regulating inflammation and host defenses. Despite the significance of the NLRP6 inflammasome, little is known about the molecular mechanism behind its assembly and activation. Here we present cryo-EM and crystal structures of NLRP6 pyrin domain (PYD). We show that NLRP6 PYD alone is able to self-assemble into filamentous structures accompanied by large conformational changes and can recruit the ASC adaptor using PYD-PYD interactions. Using molecular dynamics simulations, we identify the surface that the NLRP6 PYD filament uses to recruit ASC PYD. We further find that full-length NLRP6 assembles in a concentration-dependent manner into wider filaments with a PYD core surrounded by the NBD and the LRR domain. These findings provide a structural understanding of inflammasome assembly by NLRP6 and other members of the NLR family.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0438
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0438
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
C: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
D: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
E: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
F: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
G: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
H: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
I: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
J: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
K: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
L: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
M: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
N: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
O: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
P: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
Q: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
R: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
S: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
T: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6
V: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,56321
ポリマ－250,56321
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35720 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area85000 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 21 / Rise per n subunits: 13.8 Å / Rotation per n subunits: 56.8 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 6 / Angiotensin II/vasopressin receptor / PYRIN-containing APAF1-like protein 5 / NLRP6


分子量: 11931.579 Da / 分子数: 21 / 断片: PYD domain (UNP residues 1-106) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP6, NALP6, PYPAF5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59044

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: NLRP6 PYD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 56.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 13.8 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181477 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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