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データベース: PDB / ID: 6mdp
タイトルThe D1 and D2 domain rings of NSF engaging the SNAP-25 N-terminus within the 20S supercomplex (focused refinement on D1/D2 rings, class 2)
構成要素
  • Synaptosomal-associated protein 25SNAP25
  • Vesicle-fusing ATPase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SNARE / NSF / SNAP / ATPase (ATPアーゼ) / AAA / disassembly (逆アセンブラ) / synapse (シナプス) / membrane fusion / exocytosis (エキソサイトーシス)
機能・相同性AAA+ lid domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Target SNARE coiled-coil homology domain / SNAP-25 / CDC48, N-terminal subdomain / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, conserved site / CDC48, domain 2 / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA+ ATPase domain ...AAA+ lid domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Target SNARE coiled-coil homology domain / SNAP-25 / CDC48, N-terminal subdomain / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, conserved site / CDC48, domain 2 / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA+ ATPase domain / CDC48 domain 2-like superfamily / Vesicle-fusing ATPase / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / SNAP-25 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / AAA-protein family signature. / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Synaptosomal-associated protein 25 / SNARE complex disassembly / anchored component of presynaptic membrane / growth hormone secretion / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / presynaptic active zone membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptic vesicle priming / intracellular organelle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of synapse assembly / SNARE complex assembly / vesicle-fusing ATPase / vesicle fusion / positive regulation of hormone secretion / SNAP receptor activity / 睡眠 / SNARE complex / positive regulation of receptor recycling / regulation of neuron projection development / synaptic vesicle exocytosis / syntaxin-1 binding / myosin binding / syntaxin binding / voltage-gated potassium channel activity / エキソサイトーシス / ionotropic glutamate receptor binding / long-term memory / positive regulation of insulin secretion / voltage-gated potassium channel complex / SNARE binding / axonal growth cone / 軸索誘導 / filopodium / endosomal transport / potassium ion transport / ATPase activity, coupled / calcium-dependent protein binding / neuron differentiation / PDZ domain binding / positive regulation of protein catabolic process / terminal bouton / intracellular protein transport / マイクロフィラメント / midbody / 成長円錐 / lamellipodium / protein N-terminus binding / ion channel binding / ATPase activity / エンドソーム / protein-containing complex binding / 細胞結合 / 脂質ラフト / neuron projection / 神経繊維 / glutamatergic synapse / protein domain specific binding / neuronal cell body / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 生体膜 / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 / Vesicle-fusing ATPase / Synaptosomal-associated protein 25
機能・相同性情報
試料の由来Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.8 Å 分解能
データ登録者White, K.I. / Zhao, M. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Elife / : 2018
タイトル: Structural principles of SNARE complex recognition by the AAA+ protein NSF.
著者: K Ian White / Minglei Zhao / Ucheor B Choi / Richard A Pfuetzner / Axel T Brunger
要旨: The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive ...The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive factor) and an adaptor protein, SNAP (soluble NSF attachment protein), disassemble the SNARE complex. We report electron-cryomicroscopy structures of the complex of NSF, αSNAP, and the full-length soluble neuronal SNARE complex (composed of syntaxin-1A, synaptobrevin-2, SNAP-25A) in the presence of ATP under non-hydrolyzing conditions at ~3.9 Å resolution. These structures reveal electrostatic interactions by which two αSNAP molecules interface with a specific surface of the SNARE complex. This interaction positions the SNAREs such that the 15 N-terminal residues of SNAP-25A are loaded into the D1 ring pore of NSF via a spiral pattern of interactions between a conserved tyrosine NSF residue and SNAP-25A backbone atoms. This loading process likely precedes ATP hydrolysis. Subsequent ATP hydrolysis then drives complete disassembly.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年9月4日 / 公開: 2018年9月19日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年9月19日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年9月26日Structure modelData collection / Database referencescitation / citation_author_citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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ムービー
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  • マップデータ: EMDB-9103
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-fusing ATPase
B: Vesicle-fusing ATPase
C: Vesicle-fusing ATPase
D: Vesicle-fusing ATPase
E: Vesicle-fusing ATPase
F: Vesicle-fusing ATPase
H: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,98718
ポリマ-536,5687
非ポリマ-5,41911
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
Vesicle-fusing ATPase / / N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein / NEM-sensitive fusion protein / Vesicular-fusion protein NSF


分子量: 85509.227 Da / 分子数: 6
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質・ペプチド Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 23512.387 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / : C10H15N5O10P2 / アデノシン二リン酸 / コメント: ADP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 9 / : C10H16N5O13P3 / アデノシン三リン酸 / コメント: ATP (エネルギー貯蔵分子) *YM

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
120S supercomplex consisting of soluble neuronal SNARE complex, alpha-SNAP, and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF)COMPLEX1, 20MULTIPLE SOURCES
2N-ethylmaleimide sensitive factorCOMPLEX11RECOMBINANT
3Synaptosomal-associated protein 25COMPLEX21RECOMBINANT
分子量
ID構成単位・集合体のID実験値
10.628533 MDa1NO
20.496812 MDa1NO
30.023625 MDa1NO
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
2210116Rattus norvegicus (ドブネズミ)
3310116Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
22562Escherichia coli (大腸菌)
33562Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer ID
10.05 MTris HClC4H11NO31
20.150 MSodium chlorideNaCl1
30.001 MAdenosine triphosphateC10H16N5O13P31
40.001 MEthylenediaminetetraacetic acidC10H16N2O81
50.001 MDithiothreitolC4H10O2S21
60.05 % v/vNonidet P-401
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 kelvins / 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り系: 70 microns / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN
試料ホルダのモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5418
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEMimage acquisition
4RELION2.1CTF correction
7PHENIXmodel fitting
8Cootmodel fitting
10PHENIXmodel refinement
11Cootmodel refinement
12RELION2.1initial Euler assignment
13RELION2.1final Euler assignment
14RELION2.1classification
15RELION2.13D reconstruction
CTF補正詳細: CTF correction was carried out in Relion with reconstruction step.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 475680
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.8 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184555 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3J96

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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