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- EMDB-6489: Cryo-electron microscopy structure of RAG PC (with NBD, no symmetry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6489
タイトルCryo-electron microscopy structure of RAG PC (with NBD, no symmetry)
マップデータReconstruction of RAG PC without symmetry, showing NBD
試料
  • 試料: Paired Complex of RAG1-RAG2
  • タンパク質・ペプチド: Recombination Activating Gene 1 and 2
キーワードRAG1 / RAG2 / V(D)J recombination (V(D)J遺伝子再構成) / Paired complex / Antigen receptor recombination / T and B cell development
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein binding / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J遺伝子再構成 / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding ...somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein binding / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J遺伝子再構成 / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / T cell differentiation / methylated histone binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol binding / B cell differentiation / thymus development / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / T cell differentiation in thymus / chromatin organization / histone binding / endonuclease activity / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / 獲得免疫系 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
RAG nonamer-binding domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase ...RAG nonamer-binding domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase / Recombination activating protein 2 / RAG2 PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Kelch-type beta propeller / Kelch-type beta propeller / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
V(D)J recombination-activating protein 1 / V(D)J recombination-activating protein 2 / V(D)J recombination-activating protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Ru H / Chambers MG / Fu T / Tong AB / Liao M / Wu H
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular Mechanism of V(D)J Recombination from Synaptic RAG1-RAG2 Complex Structures.
著者: Heng Ru / Melissa G Chambers / Tian-Min Fu / Alexander B Tong / Maofu Liao / Hao Wu /
要旨: Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) ...Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) recognizes recombination signal sequences (RSSs) containing a heptamer, a spacer of 12 or 23 base pairs, and a nonamer (12-RSS or 23-RSS) and introduces precise breaks at RSS-coding segment junctions. RAG forms synaptic complexes only with one 12-RSS and one 23-RSS, a dogma known as the 12/23 rule that governs the recombination fidelity. We report cryo-electron microscopy structures of synaptic RAG complexes at up to 3.4 Å resolution, which reveal a closed conformation with base flipping and base-specific recognition of RSSs. Distortion at RSS-coding segment junctions and base flipping in coding segments uncover the two-metal-ion catalytic mechanism. Induced asymmetry involving tilting of the nonamer-binding domain dimer of RAG1 upon binding of HMGB1-bent 12-RSS or 23-RSS underlies the molecular mechanism for the 12/23 rule.
履歴
登録2015年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2015年11月18日-
更新2015年12月9日-
現状2015年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbw
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of RAG PC without symmetry, showing NBD
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.04894459 - 0.09629606
平均 (標準偏差)-0.00006772 (±0.00662534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 236.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z236.160236.160236.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0490.096-0.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: This mask represents the full molecule

注釈This mask represents the full molecule
ファイルemd_6489_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Paired Complex of RAG1-RAG2

全体名称: Paired Complex of RAG1-RAG2
要素
  • 試料: Paired Complex of RAG1-RAG2
  • タンパク質・ペプチド: Recombination Activating Gene 1 and 2

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超分子 #1000: Paired Complex of RAG1-RAG2

超分子名称: Paired Complex of RAG1-RAG2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 binds to nicked 12-RSS and 23-RSS intermediates with HMGB1
Number unique components: 1
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: Recombination Activating Gene 1 and 2

分子名称: Recombination Activating Gene 1 and 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RAG1 and RAG2 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 株: AB / 別称: Zebrafish / 細胞: B and T lymphocytes / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac1
配列UniProtKB: V(D)J recombination-activating protein 1
GO: DNA binding, endonuclease activity, ubiquitin-protein transferase activity, protein binding, zinc ion binding, DNA binding, chromatin binding, protein binding, phosphatidylinositol-4,5- ...GO: DNA binding, endonuclease activity, ubiquitin-protein transferase activity, protein binding, zinc ion binding, DNA binding, chromatin binding, protein binding, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding
InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, Zinc finger, C3HC4 RING-type, Zinc finger, RING-type, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, ...InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, Zinc finger, C3HC4 RING-type, Zinc finger, RING-type, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, conserved site, Galactose oxidase/kelch, beta-propeller, Kelch-type beta propeller, V-D-J recombination activating protein 2, Recombination activating protein 2, PHD domain, Zinc finger, FYVE/PHD-type

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40607 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2015年3月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 550 / 平均電子線量: 41 e/Å2
詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector.
ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, Relion / 使用した粒子像数: 14129
詳細Image processing was carried out using SAMUEL and Relion.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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