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万見
- PDB-5tcp: Near-atomic resolution cryo-EM structure of the periplasmic domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tcp
タイトルNear-atomic resolution cryo-EM structure of the periplasmic domains of PrgH and PrgK
要素
  • Lipoprotein PrgK
  • Protein PrgH
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Bacterial (細菌) / secretion (分泌) / injectisome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PrgH / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Hong, C. / Vuckovic, M. / Bergeron, J.R.C. / Huang, R.K. / Yu, Z. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Near-atomic-resolution cryo-EM analysis of the Salmonella T3S injectisome basal body.
著者: L J Worrall / C Hong / M Vuckovic / W Deng / J R C Bergeron / D D Majewski / R K Huang / T Spreter / B B Finlay / Z Yu / N C J Strynadka /
要旨: The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, ...The type III secretion (T3S) injectisome is a specialized protein nanomachine that is critical for the pathogenicity of many Gram-negative bacteria, including purveyors of plague, typhoid fever, whooping cough, sexually transmitted infections and major nosocomial infections. This syringe-shaped 3.5-MDa macromolecular assembly spans both bacterial membranes and that of the infected host cell. The internal channel formed by the injectisome allows for the direct delivery of partially unfolded virulence effectors into the host cytoplasm. The structural foundation of the injectisome is the basal body, a molecular lock-nut structure composed predominantly of three proteins that form highly oligomerized concentric rings spanning the inner and outer membranes. Here we present the structure of the prototypical Salmonella enterica serovar Typhimurium pathogenicity island 1 basal body, determined using single-particle cryo-electron microscopy, with the inner-membrane-ring and outer-membrane-ring oligomers defined at 4.3 Å and 3.6 Å resolution, respectively. This work presents the first, to our knowledge, high-resolution structural characterization of the major components of the basal body in the assembled state, including that of the widespread class of outer-membrane portals known as secretins.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / Item: _em_sample_support.grid_type
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8398
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8398
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8398
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Lipoprotein PrgK
1: Protein PrgH
2: Lipoprotein PrgK
3: Protein PrgH
4: Lipoprotein PrgK
5: Protein PrgH
6: Lipoprotein PrgK
7: Protein PrgH
8: Lipoprotein PrgK
9: Protein PrgH
A: Protein PrgH
B: Lipoprotein PrgK
C: Protein PrgH
D: Lipoprotein PrgK
E: Protein PrgH
F: Lipoprotein PrgK
G: Protein PrgH
H: Lipoprotein PrgK
I: Protein PrgH
J: Lipoprotein PrgK
K: Protein PrgH
L: Lipoprotein PrgK
M: Protein PrgH
N: Lipoprotein PrgK
O: Protein PrgH
P: Lipoprotein PrgK
Q: Protein PrgH
R: Lipoprotein PrgK
S: Protein PrgH
T: Lipoprotein PrgK
U: Protein PrgH
V: Lipoprotein PrgK
W: Protein PrgH
X: Lipoprotein PrgK
Y: Protein PrgH
Z: Lipoprotein PrgK
a: Lipoprotein PrgK
b: Protein PrgH
c: Lipoprotein PrgK
d: Protein PrgH
e: Lipoprotein PrgK
f: Protein PrgH
g: Lipoprotein PrgK
h: Protein PrgH
i: Lipoprotein PrgK
j: Protein PrgH
k: Lipoprotein PrgK
l: Protein PrgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,357,44648
ポリマ－1,357,44648
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area222330 Å2
ΔGint-427 kcal/mol
Surface area381240 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Lipoprotein PrgK


分子量: 26199.723 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41786
#2: タンパク質 ...
Protein PrgH


分子量: 30360.537 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41783

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type III secretion injectisome basal bodyType three secretion system
タイプ: COMPLEX / 詳細: PrgH130-392 mutant / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
2500 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.2 %LDAO1
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 64000 X / 倍率（補正後）: 29240 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 30 mradians
撮影平均露光時間: 0.375 sec. / 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2515
電子光学装置エネルギーフィルター名称: Gatan GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2RELION粒子像選択
3SerialEM画像取得
5CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11FREALIGN初期オイラー角割当
12FREALIGN最終オイラー角割当
14FREALIGN３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 263900
対称性点対称性: C24 (24回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67800 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Limited frequency refinement in Frealign / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial fitting was carried out with Chimera, followed by rebuilding and refinement in Rosetta, Phenix, and Coot.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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