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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a6u | |||||||||
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タイトル | Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / RIBOSOME (リボソーム) / SEC61 (Sec61) / TRANSLOCON (トランスロコン) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / CRYOELECTRON TOMOGRAPHY / SUBTOMOGRAM ANALYSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / phospholipid binding / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer, S. / Burbaum, L. / Unverdorben, P. / Pech, M. / Chen, Y. / Zimmermann, R. / Beckmann, R. / Foerster, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel. 著者: Stefan Pfeffer / Laura Burbaum / Pia Unverdorben / Markus Pech / Yuxiang Chen / Richard Zimmermann / Roland Beckmann / Friedrich Förster / 要旨: In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, ...In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, which has been structurally studied in isolated, detergent-solubilized states. Here we structurally and functionally characterize native, non-solubilized ribosome-Sec61 complexes on rough ER vesicles using cryo-electron tomography and ribosome profiling. Surprisingly, the 9-Å resolution subtomogram average reveals Sec61 in a laterally open conformation, even though the channel is not in the process of inserting membrane proteins into the lipid bilayer. In contrast to recent mechanistic models for polypeptide translocation and insertion, our results indicate that the laterally open conformation of Sec61 is the only conformation present in the ribosome-bound translocon complex, independent of its functional state. Consistent with earlier functional studies, our structure suggests that the ribosome alone, even without a nascent chain, is sufficient for lateral opening of Sec61 in a lipid environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a6u.cif.gz | 172.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a6u.ent.gz | 134.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/5a6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49321.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-476 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P38377 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3992.791 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 61-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60467 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7-68 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P60058 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ER-DERIVED MICROSOMES / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT |
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緩衝液 | 名称: 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 / pH: 7.6 / 詳細: 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING., |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年6月18日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3000 nm |
試料ホルダ | 傾斜角・最大: 20 ° / 傾斜角・最小: -20 ° |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 2000 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH TILT IMAGE | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 17653 / ピクセルサイズ(公称値): 2.62 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.62 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION WITH RIBOSOME DENSITIES 詳細: WEIGHTED BACKPROJECTION AND CONSTRAINED SUBTOMOGRAM AVERAGING SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3068. (DEPOSITION ID: 13544). 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: PSEUDO-ENERGY / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J7Q Accession code: 3J7Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9 Å | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
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