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- EMDB-4789: The pore structure of Clostridium perfringens epsilon toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4789
タイトルThe pore structure of Clostridium perfringens epsilon toxin
マップデータ
試料
  • 複合体: Epsilon toxin
    • タンパク質・ペプチド: Epsilon-toxin type B
機能・相同性Epsilon toxin / Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / : / toxin activity / Epsilon-toxin type B
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens B (ウェルシュ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Savva CG / Clark AR / Naylor CE / Popoff MR / Moss DS / Basak AK / Titball RW / Bokori-Brown M
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustWT089618MA 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC-A021-53019 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The pore structure of Clostridium perfringens epsilon toxin.
著者: Christos G Savva / Alice R Clark / Claire E Naylor / Michel R Popoff / David S Moss / Ajit K Basak / Richard W Titball / Monika Bokori-Brown /
要旨: Epsilon toxin (Etx), a potent pore forming toxin (PFT) produced by Clostridium perfringens, is responsible for the pathogenesis of enterotoxaemia of ruminants and has been suggested to play a role in ...Epsilon toxin (Etx), a potent pore forming toxin (PFT) produced by Clostridium perfringens, is responsible for the pathogenesis of enterotoxaemia of ruminants and has been suggested to play a role in multiple sclerosis in humans. Etx is a member of the aerolysin family of β-PFTs (aβ-PFTs). While the Etx soluble monomer structure was solved in 2004, Etx pore structure has remained elusive due to the difficulty of isolating the pore complex. Here we show the cryo-electron microscopy structure of Etx pore assembled on the membrane of susceptible cells. The pore structure explains important mutant phenotypes and suggests that the double β-barrel, a common feature of the aβ-PFTs, may be an important structural element in driving efficient pore formation. These insights provide the framework for the development of novel therapeutics to prevent human and animal infections, and are relevant for nano-biotechnology applications.
履歴
登録2019年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rb9
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.13437322 - 0.24674426
平均 (標準偏差)0.00046999514 (±0.0075532333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 235.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.400235.400235.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ858858858
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.1340.2470.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4789_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4789_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Epsilon toxin

全体名称: Epsilon toxin
要素
  • 複合体: Epsilon toxin
    • タンパク質・ペプチド: Epsilon-toxin type B

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超分子 #1: Epsilon toxin

超分子名称: Epsilon toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens B (ウェルシュ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pHis-Parallel1
分子量理論値: 225.4 KDa

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分子 #1: Epsilon-toxin type B

分子名称: Epsilon-toxin type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens B (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 32.234695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMASYD NVDTLIEKGR YNTKYNYLKR MEKYYPNAMA YFDKVTINPQ GNDFYINNPK VELDGEPSM NYLEDVYVGK ALLTNDTQQE QKLKSQSFTC KNTDTVTATT THTVGTSIQA TAKFTVPFNE TGVSLTTSYS F ANTNTNTN ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMASYD NVDTLIEKGR YNTKYNYLKR MEKYYPNAMA YFDKVTINPQ GNDFYINNPK VELDGEPSM NYLEDVYVGK ALLTNDTQQE QKLKSQSFTC KNTDTVTATT THTVGTSIQA TAKFTVPFNE TGVSLTTSYS F ANTNTNTN SKEITHNVPS QDILVPANTT VEVIAYLKKV NVKGNVKLVG QVSGSEWGEI PSYLAFPRDG YKFSLSDTVN KS DLNEDGT ININGKGNYS AVMGDELIVK VRNLNTNNVQ EYVIPVDKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.013 mg/mL
緩衝液pH: 7.1 / 詳細: DPBS containing 20 mM imidazole and 0.02% (w/v) DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 40 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 75000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
色収差補正装置: Volta phase plate was used. Just prior to data collection, the phase plate was inserted and the un-scattered beam was made parallel by observing the Ronchigram in the back ...色収差補正装置: Volta phase plate was used. Just prior to data collection, the phase plate was inserted and the un-scattered beam was made parallel by observing the Ronchigram in the back focal plane of the objective
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細AutoCTF
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 835 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 263672
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ahl


詳細: Atomic model low-pass filtered and scaled to match EM data.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 25525

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原子モデル構築 1

詳細A model was built into the 3.2 A map by initially docking the receptor-binding domain of the wild type Etx crystal structure (PDB: 1UYJ) and then extending this, building ab initio using Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6rb9:
The pore structure of Clostridium perfringens epsilon toxin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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