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- EMDB-33641: Cryo-EM structure of human sodium-chloride cotransporter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33641
タイトルCryo-EM structure of human sodium-chloride cotransporter
マップデータ
試料
  • 複合体: Sodium-chloride cotransporter
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / cellular response to inorganic substance / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / renal sodium ion absorption / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis ...Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / cellular response to inorganic substance / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / renal sodium ion absorption / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / response to aldosterone / sodium ion transport / potassium ion import across plasma membrane / response to dietary excess / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / apical plasma membrane / シグナル伝達 / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thiazide-sensitive Na-K-Cl co-transporter / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Nan J / Yang X / Shan Z / Yuan Y / Zhang YQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human sodium-chloride cotransporter NCC.
著者: Jing Nan / Yafei Yuan / Xuemei Yang / Ziyang Shan / Huihui Liu / Feiwen Wei / Wei Zhang / Yanqing Zhang /
要旨: The sodium-chloride cotransporter NCC mediates the coupled import of sodium and chloride across the plasma membrane, playing vital roles in kidney extracellular fluid volume and blood pressure ...The sodium-chloride cotransporter NCC mediates the coupled import of sodium and chloride across the plasma membrane, playing vital roles in kidney extracellular fluid volume and blood pressure control. Here, we present the full-length structure of human NCC, with 2.9 Å for the transmembrane domain and 3.8 Å for the carboxyl-terminal domain. NCC adopts an inward-open conformation and a domain-swap dimeric assembly. Conserved ion binding sites among the cation-chloride cotransporters and the Na2 site are observed in our structure. A unique His residue in the substrate pocket in NCC potentially interacts with Na1 and Cl1 and might also mediate the coordination of Na2 through a Ser residue. Putative observed water molecules are indicated to participate in the coordination of ions and TM coupling. Together with transport activity assays, our structure provides the first glimpse of NCC and defines ion binding sites, promoting drug development for hypertension targeting on NCC.
履歴
登録2022年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.282
最小 - 最大-3.7315001 - 5.3066893
平均 (標準偏差)-7.349115e-05 (±0.10244622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.776 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33641_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33641_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sodium-chloride cotransporter

全体名称: Sodium-chloride cotransporter
要素
  • 複合体: Sodium-chloride cotransporter
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 3
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Sodium-chloride cotransporter

超分子名称: Sodium-chloride cotransporter / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 3

分子名称: Solute carrier family 12 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 116.921461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRTFGYNT IDVVPTYEHY ANSTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLNI WGVILYLRLP W ITAQAGIV ...文字列:
MAELPTTETP GDATLCSGRF TISTLLSSDE PSPPAAYDSS HPSHLTHSST FCMRTFGYNT IDVVPTYEHY ANSTQPGEPR KVRPTLADL HSFLKEGRHL HALAFDSRPS HEMTDGLVEG EAGTSSEKNP EEPVRFGWVK GVMIRCMLNI WGVILYLRLP W ITAQAGIV LTWIIILLSV TVTSITGLSI SAISTNGKVK SGGTYFLISR SLGPELGGSI GLIFAFANAV GVAMHTVGFA ET VRDLLQE YGAPIVDPIN DIRIIGVVSV TVLLAISLAG MEWESKAQVL FFLVIMVSFA NYLVGTLIPP SEDKASKGFF SYR ADIFVQ NLVPDWRGPD GTFFGMFSIF FPSATGILAG ANISGDLKDP AIAIPKGTLM AIFWTTISYL AISATIGSCV VRDA SGVLN DTVTPGWGAC EGLACSYGWN FTECTQQHSC HYGLINYYQT MSMVSGFAPL ITAGIFGATL SSALACLVSA AKVFQ CLCE DQLYPLIGFF GKGYGKNKEP VRGYLLAYAI AVAFIIIAEL NTIAPIISNF FLCSYALINF SCFHASITNS PGWRPS FQY YNKWAALFGA IISVVIMFLL TWWAALIAIG VVLFLLLYVI YKKPEVNWGS SVQAGSYNLA LSYSVGLNEV EDHIKNY RP QCLVLTGPPN FRPALVDFVG TFTRNLSLMI CGHVLIGPHK QRMPELQLIA NGHTKWLNKR KIKAFYSDVI AEDLRRGV Q ILMQAAGLGR MKPNILVVGF KKNWQSAHPA TVEDYIGILH DAFDFNYGVC VMRMREGLNV SKMMQAHINP VFDPAEDGK EASARVDPKA LVKEEQATTI FQSEQGKKTI DIYWLFDDGG LTLLIPYLLG RKRRWSKCKI RVFVGGQINR MDQERKAIIS LLSKFRLGF HEVHILPDIN QNPRAEHTKR FEDMIAPFRL NDGFKDEATV NEMRRDCPWK ISDEEITKNR VKSLRQVRLN E IVLDYSRD AALIVITLPI GRKGKCPSSL YMAWLETLSQ DLRPPVILIR GNQENVLTFY CQLEGSDEVD AGSHHHHHHH HH HGSVEDY KDDDDK

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

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分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 382235
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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