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- EMDB-27339: cryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the absence of PIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27339
タイトルcryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the absence of PIP2
マップデータsharpened map with a B-factor of 13.2
試料
  • 複合体: TRPM3
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
    • タンパク質・ペプチド: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / protein tetramerization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhao C / MacKinnon R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analyses of a GPCR-inhibited ion channel TRPM3.
著者: Chen Zhao / Roderick MacKinnon /
要旨: G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs ...G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs through direct interaction with G protein (Gβγ) released upon their activation. This GPCR-TRPM3 signaling pathway contributes to the analgesic effect of morphine. Here, we characterized Gβγ inhibition of TRPM3 using electrophysiology and single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). From electrophysiology, we obtained a half inhibition constant (IC50) of ∼240 nM. Using cryo-EM, we determined structures of mouse TRPM3 expressed in human cells with and without Gβγ and with and without PIP, a lipid required for TRPM3 activity, at resolutions of 2.7-4.7 Å. Gβγ-TRPM3 interfaces vary depending on PIP occupancy; however, in all cases, Gβγ appears loosely attached to TRPM3. The IC50 in electrophysiology experiments raises the possibility that additional unknown factors may stabilize the TRPM3-Gβγ complex.
履歴
登録2022年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2023年1月18日-
現状2023年1月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27339.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map with a B-factor of 13.2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.058442943 - 0.13023022
平均 (標準偏差)0.00013531462 (±0.0022588077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 460.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_27339_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_27339_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPM3

全体名称: TRPM3
要素
  • 複合体: TRPM3
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
    • タンパク質・ペプチド: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム

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超分子 #1: TRPM3

超分子名称: TRPM3 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3

分子名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 154.649328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL ...文字列:
GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL LHLMTKEWQL ELPKLLISVH GGLQNFELQP KLKQVFGKGL IKAAMTTGAW IFTGGVNTGV IRHVGDALKD HA SKSRGKI CTIGIAPWGI VENQEDLIGR DVVRPYQTMS NPMSKLTVLN SMHSHFILAD NGTTGKYGAE VKLRRQLEKH ISL QKINTR IGQGVPVVAL IVEGGPNVIS IVLEYLRDTP PVPVVVCDGS GRASDILAFG HKYSEEGGLI NESLRDQLLV TIQK TFTYT RTQAQHLFII LMECMKKKEL ITVFRMGSEG HQDIDLAILT ALLKGANASA PDQLSLALAW NRVDIARSQI FIYGQ QWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIG LVI EYLMGGAYRC NYTRKRFRTL YHNLFGPKRP KALKLLGMED DIPLRRGRKT TKKREEEVDI DLDDPEINHF PFPFHEL MV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLA M KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYM TQAQEIHLQE KEPEEPEKPT KEKDEEDMEL TAMLGRSNGE SSRKKDEEEV QSRHRLIPVG RKIYEFYNAP IVKFWFYTLA YIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL R LQDQPFRS DGRVIYCVNI IYWYIRLLDI FGVNKYLGPY VMMIGKMMID MMYFVIIMLV VLMSFGVARQ AILFPNEEPS WK LAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKT IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEV KSISNQ VWKFQRYQLI MTFHERPVLP PPLIIFSHMT MIFQHVCCRW RKHESDQDER DYGLKLFITD DELKKVHDFE EQCI EEYFR EKDDRFNSSN DERIRVTSER VENMSMRLEE VNEREHSMKA SLQTVDIRLA QLEDLIGRMA TALERLTGLE RAESN KIRS RTSSDCTDAA YIVRQSSFNS QEGNTFKLQE SIDPAGEETI SPTSPTLMPR MRSHSFYSV

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分子 #2: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3

分子名称: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: a segment at the N-terminus of TRPM3 whose sequence cannot be identified from the cryo-EM density
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 1.464797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #3: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

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分子 #4: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 73.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32631
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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