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- EMDB-22165: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22165
タイトルAssembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell
マップデータSLP
試料
  • 複合体: reovirus SLP
    • タンパク質・ペプチド: Lambda 1 proteinΛ
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Lambda-1 / Lambda 1 protein / Inner capsid protein lambda-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) / Mammalian orthoreovirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Sutton G / Sun DP
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)GM082251 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell.
著者: Geoff Sutton / Dapeng Sun / Xiaofeng Fu / Abhay Kotecha / Corey W Hecksel / Daniel K Clare / Peijun Zhang / David I Stuart / Mark Boyce /
要旨: Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. ...Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. Here, we directly visualise an unsuspected 'single shelled' intermediate for a mammalian orthoreovirus in cryo-preserved infected cells, by cryo-electron tomography of cellular lamellae. Particle classification and averaging yields structures to 5.6 Å resolution, sufficient to identify secondary structural elements and produce an atomic model of the intermediate, comprising 120 copies each of protein λ1 and σ2. This λ1 shell is 'collapsed' compared to the mature virions, with molecules pushed inwards at the icosahedral fivefolds by ~100 Å, reminiscent of the first assembly intermediate of certain prokaryotic dsRNA viruses. This supports the supposition that these viruses share a common ancestor, and suggests mechanisms for the assembly of viruses of the Reoviridae. Such methodology holds promise for dissecting the replication cycle of many viruses.
履歴
登録2020年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xf7
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zts
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6xf7
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zts
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 221.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SLP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-5.906315 - 10.926515999999999
平均 (標準偏差)0.05899449 (±0.49774188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ387387387
Spacing387387387
セルA=B=C: 696.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z387387387
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z696.600696.600696.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS387387387
D min/max/mean-5.90610.9270.059

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : reovirus SLP

全体名称: reovirus SLP
要素
  • 複合体: reovirus SLP
    • タンパク質・ペプチド: Lambda 1 proteinΛ

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超分子 #1: reovirus SLP

超分子名称: reovirus SLP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)

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分子 #1: Lambda 1 protein

分子名称: Lambda 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus (ウイルス)
分子量理論値: 119.020562 KDa
配列文字列: QRHITEFISS WQNHPIVQVS ADVENKKTAQ LLHADTPRLV TWDAGLCTSF KIVPIVPAQV PQDVLAYTFF TSSYAIQSPF PEAAVSRIV VHTRWASNVD FDRDSSVIMA PPTENNIHLF KQLLNTETLS VRGANPLMFR ANVLHMLLEF VLDNLYLNRH T GFSQDHTP ...文字列:
QRHITEFISS WQNHPIVQVS ADVENKKTAQ LLHADTPRLV TWDAGLCTSF KIVPIVPAQV PQDVLAYTFF TSSYAIQSPF PEAAVSRIV VHTRWASNVD FDRDSSVIMA PPTENNIHLF KQLLNTETLS VRGANPLMFR ANVLHMLLEF VLDNLYLNRH T GFSQDHTP FTEGANLRSL PGPDAEKWYS IMYPTRMGTP NVSKICNFVA SCVRNRVGRF DRAQMMNGAM SEWVDVFETS DA LTVSIRG RWMARLARMN INPTEIEWAL TECAQGYVTV TSPYAPSVNR LMPYRISNAE RQISQIIRIM NIGNNATVIQ PVL QDISVL LQRISPLQID PTIISNTMST VSESTTQTLS PASSILGKLR PSNSDFSSFR VALAGWLYNG VVTTVIDDSS YPKD GGSVT SLENLWDFFI LALALPLTTD PCAPVKAFMT LANMMVGFET IPMDNQIYTQ SRRASAFSTP HTWPRCFMNI QLISP IDAP ILRQWAEIIH RYWPNPSQIR YGAPNVFGSA NLFTPPEVLL LPIDHQPANV TTPTLDFTNE LTNWRARVCE LMKNLV DNQ RYQPGWTQSL VSSMRGTLDK LKLIKSMTPM YLQQLAPVEL AVIAPMLPFP PFQVPYVRLD RDRVPTMVGV TRQSRDT IT QPALSLSTTN TTVGVPLALD ARAITVALLS GKYPPDLVTN VWYADAIYPM YADTEVFSNL QRDMITCEAV QTLVTLVA Q ISETQYPVDR YLDWIPSLRA SAATAATFAE WVNTSMKTAF DLSDMLLEPL LSGDPRMTQL AIQYQQYNGR TFNVIPEMP GSVIADCVQL TAEVFNHEYN LFGIARGDII IGRVQSTHLW SPLAPPPDLV FDRDTPGVHI FGRDCRISFG MNGAAPMIRD ETGMMVPFE GNWIFPLALW QMNTRYFNQQ FDAWIKTGEL RIRIEMGAYP YMLHYYDPRQ YANAWNLTSA WLEEITPTSI P SVPFMVPI SSDHDISSAP AVQYIISTEY NDRSLFCTNS SSPQTIAGPD KHIPVERYNI LTNPDAPPTQ IQLPEVVDLY NV VTRYAYE TPPITAVVMG VP

UniProtKB: Lambda 1 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 2683
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity / 使用したサブトモグラム数: 2683

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6xf7:
SLP

PDB-6zts:
Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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