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万見
- EMDB-21657: BatAAV-10HB - empty particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21657
タイトルBatAAV-10HB - empty particles
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 capsid
キーワードIcosahedral Capsid (カプシド) / AAV / Gene Therapy (遺伝子治療) / non-primate / Bat (コウモリ) / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1 capsid
機能・相同性情報
生物種Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Mietzsch M / Agbandje-McKenna M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of a bat Adeno-associated virus capsid.
著者: Mario Mietzsch / Ya Li / Justin Kurian / James Kennon Smith / Paul Chipman / Robert McKenna / Lin Yang / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are widespread among vertebrates. AAVs isolated from bats display low capsid protein sequence identities (<60%) to AAV2, AAV5, and other primate AAVs. Here we report the first capsid structure of a non-primate AAV which was isolated from bats. The capsid structure of BtAAV-10HB (10HB) was determined by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction to 3.03 Å resolution. Comparison of empty and genome-containing capsids showed that the capsid structures are almost identical except for an ordered nucleotide in a previously described nucleotide-binding pocket, the density in the 5-fold channel, and several amino acids with altered side chain conformations. Compared to other dependoparvoviruses, for example AAV2 and AAV5, 10HB displays unique structural features including insertions and deletions in capsid surface loops. Overall, the 10HB capsid structure superposes with an RMSD of 1.7 Å and 1.8 Å to AAV2 and AAV5, respectively. Currently all approved AAV human gene therapy biologics and vectors in clinical trials are based on primate isolates. However, pre-existing neutralizing antibodies in the human population represents a hurdle to their use. 10HB capsids are capable of packaging AAV2 vector genomes and thus have potential as gene delivery vectors. Significantly, a screen with human sera showed lack of recognition by the 10HB capsid. Thus, the different capsid surface of 10HB vectors likely renders it "invisible" to potential pre-existing neutralizing human anti-AAV antibodies especially because this virus or similar variants do not exist in primate populations.
履歴
登録2020年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wfu
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6wfu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-7.34782 - 13.278
平均 (標準偏差)0.000000001500447 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 425.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z425.200425.200425.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-7.34813.2780.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 capsid

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VP1 capsid

分子名称: VP1 capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 57.741039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DGVGQSSGNW HCDSVWMGDR VLTKSTRTWS LPTYNNHLYK QINGSGTGDA VYFGYSTPWG YFDFNRFHCH FSPRDWQRLV NNHWGIRPR RLNFKLFNIQ VKEVTTTDGT KTIANNLTST VQVFADTEHQ LPYILGSAHE GCMPPFPADV FMLPQYGYLT L NGPGSNNN ...文字列:
DGVGQSSGNW HCDSVWMGDR VLTKSTRTWS LPTYNNHLYK QINGSGTGDA VYFGYSTPWG YFDFNRFHCH FSPRDWQRLV NNHWGIRPR RLNFKLFNIQ VKEVTTTDGT KTIANNLTST VQVFADTEHQ LPYILGSAHE GCMPPFPADV FMLPQYGYLT L NGPGSNNN NLSTPSSAFY CLEYFPSQML RTGNNFVFTY EFEKVPFHSM FMHNQALDRL MNPLVDQYLW YLDATSGNNL TF RKAGAKN FPEYFRNWIP GPGCRNQQWN KVGTKNNPQT GTWASANKWR LQGRLNKYAP GQPNAPAEGF LTNAGDLAFA NAK ATGATT AAGTVPADIL LTSESETTTT NMMSNNGWGA IASNNQNASV APTVQYEDSA HVLPGMVWQD RDIYLQGPIW AKIP ETDGH FHPSPLMGGF GLKNPPPQIL IKNTPVPADP PTQFSSQKIN SFITQYSTGQ MTVEIEWELR KENSKRWNPE IQYTA NFNN SANAQFSVNN NGLYIEDRTI GTRYLTHTL

UniProtKB: VP1 capsid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 75.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 4088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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