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- EMDB-21030: Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21030
タイトルCryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S with P-site tRNA
マップデータComplete map of Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site bound tRNA created by combining three separate focused refinements (50S, 30S core and 30S head)
試料
  • 複合体: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL35 ...Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL20
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア) / Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア) / Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) / Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア) / Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (バクテリア) / Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア) / Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア) / Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア) / Acinetobacter sp. ANC 5600 (バクテリア) / Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア) / Acinetobacter venetianus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Morgan CE / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structure of the Acinetobacter baumannii 70S Ribosome and Implications for New Antibiotic Development.
著者: Christopher E Morgan / Wei Huang / Susan D Rudin / Derek J Taylor / James E Kirby / Robert A Bonomo / Edward W Yu /
要旨: Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the ...Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the remarkable ability to resist antibiotics through multiple mechanisms. As bacterial ribosomes represent a target for multiple distinct classes of existing antimicrobial agents, we here use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to elucidate five different structural states of the ribosome, including the 70S, 50S, and 30S forms. We also determined interparticle motions of the 70S ribosome in different tRNA bound states using three-dimensional (3D) variability analysis. Together, our structural data further our understanding of the ribosome from and other Gram-negative pathogens and will enable structure-based drug discovery to combat antibiotic-resistant bacterial infections. is a severe nosocomial threat largely due to its intrinsic antibiotic resistance and remarkable ability to acquire new resistance determinants. The bacterial ribosome serves as a major target for modern antibiotics and the design of new therapeutics. Here, we present cryo-EM structures of the 70S ribosome, revealing several unique species-specific structural features that may facilitate future drug development to combat this recalcitrant bacterial pathogen.
履歴
登録2019年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v39
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complete map of Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site bound tRNA created by combining three separate focused refinements (50S, 30S core and 30S head)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-1.6323706 - 4.511605
平均 (標準偏差)0.006775898 (±0.091348335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 544.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z544.768544.768544.768
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29921935
NX/NY/NZ271234450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.6324.5120.007

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添付データ

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追加マップ: Complete map of Acinetobacter baumannii 70S ribosome with...

ファイルemd_21030_additional_1.map
注釈Complete map of Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site bound tRNA created by combining three separate focused refinements (50S, 30S core and 30S head); local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focused refinement of 30S head

ファイルemd_21030_additional_2.map
注釈Focused refinement of 30S head
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of 50S ribosomal subunit

ファイルemd_21030_additional_3.map
注釈Focused refinement of 50S ribosomal subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of 30S core

ファイルemd_21030_additional_4.map
注釈Focused refinement of 30S core
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA

全体名称: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA
要素
  • 複合体: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23s ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5s ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • RNA: 16s Ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • RNA: tRNA-met
    • RNA: mRNA 5'-AUG-3'
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINEN-ホルミルメチオニン
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA

超分子名称: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#53
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 2.3 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア)
分子量理論値: 6.10531 KDa
配列文字列:
MRDKIRLVSS AGTGYFYTTT KNKRTMPEKM EIKKFDPKIR QHVIFKEAKI K

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア)
分子量理論値: 5.192247 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSEL KRKRVHGFRA RMATKAGRQV LARRRAKGRH SLTV

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.424098 KDa
配列文字列:
MAKLKTRRGA AKRFKATANG FKRKQAFKRH ILTKKSAKRI RQLRGCVMVH VSDVASVRRM CPYI

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア)
分子量理論値: 4.276201 KDa
配列文字列:
MKVQASVKKI CGSCKVIRRN GVIRVICSAE PRHKQRQG

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 30.346115 KDa
配列文字列: MPIQKCKPTS PGRRFVEKVV HDHLHKGAPY APLVEAKKRT GGRNNNGHIT TRHVGGGHKQ HYRIVDFKRN KDGVPAVVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG LRAGDKVQSG NDAPIRPGNC LPLRNMPIGS TLHNVELKIG KGAQLARSAG A SVQLLGRD ...文字列:
MPIQKCKPTS PGRRFVEKVV HDHLHKGAPY APLVEAKKRT GGRNNNGHIT TRHVGGGHKQ HYRIVDFKRN KDGVPAVVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG LRAGDKVQSG NDAPIRPGNC LPLRNMPIGS TLHNVELKIG KGAQLARSAG A SVQLLGRD GSYAIIRLRS GEMRKVHVEC RAVIGEVSNQ ENNLRSLGKA GAARWRGVRP TVRGMAMNPI DHPHGGGEGR NK GIQPVSP WGQKAKGYKT RTNKRTTKMI IRDRRVK

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 22.512639 KDa
配列文字列: MAIGLVGRKC GMTRIFTDAG VSVPVTVIEV DPNRITQIKT LETDGYQAVQ VTTGERRESR VTNAQKGHFA KAGVAAGRLV KEFRVTEAE LEGREVGGTI GVDLFTVGQI VDVTGQSKGK GFQGGVKRWN FRTQDATHGN SVSHRVLGST GQNQTPGRVF K GKKMAGHL ...文字列:
MAIGLVGRKC GMTRIFTDAG VSVPVTVIEV DPNRITQIKT LETDGYQAVQ VTTGERRESR VTNAQKGHFA KAGVAAGRLV KEFRVTEAE LEGREVGGTI GVDLFTVGQI VDVTGQSKGK GFQGGVKRWN FRTQDATHGN SVSHRVLGST GQNQTPGRVF K GKKMAGHL GDERVTVQGL EIVSVDTERS VLVVKGAIPG ATGGDVIVRP TIKA

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 21.583904 KDa
配列文字列: MNLKTVSGSA VELSEVAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAHKSRAD VSGGGKKPFR QKGTGRARAG SIRSPIWVGG GKTFAARPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELVRQDRLVL VEEFAVAAPK TKELLAKLND LNAARALIVT DAVDENLYLA A RNLPHVDV ...文字列:
MNLKTVSGSA VELSEVAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAHKSRAD VSGGGKKPFR QKGTGRARAG SIRSPIWVGG GKTFAARPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELVRQDRLVL VEEFAVAAPK TKELLAKLND LNAARALIVT DAVDENLYLA A RNLPHVDV VDATAIDPVS LIAFDKVVMS VAAAKKIEVE LG

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 20.051471 KDa
配列文字列:
MARLKARYND ELKAKLQEEL SIKNVMEIPR ITKITLNMGV GAAATDKKLL DGAVADMQLI AGQKPVVTLA RKSIAGFKIR DGWPIGCKV TLRGDQMYEF LDRLISIAIP RIRDFRGFSA KSFDGRGNYS MGLKEQIVFP EIDFDKIDRI RGMDITITTT A RTDDEGRA LMRAFGFPFK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 19.126047 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVT VPNGVTVTQN GRQVEVKGSK GTLSFNLHAL VELKQEEGKL QLAPAKESKD AWMQAGTARA VLNNLVKGVS EGFERKLQL VGVGYKAAVK GTVVNLNLGY SHPIDYALPE GVTAETPTAT EIILKSANKQ LLGQVAAEIR AYRSPEPYKG K GVRYSDEV ILRKEAKKK

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.800955 KDa
配列文字列:
MDVILLQRIK NLGKLGDKVS VKAGYGRNFL IPQGKAVAAT EANTAAFEAR RAELEKQEAE VLAAAQARAE QLNEVNIVIT AKAGDEGKL FGSIGTRDIA DALTNAGLTV DRAEVRLPNG ALRHTGEFNI AIQLHHDVVA EVLVTIVSE

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.981466 KDa
配列文字列:
MKTLSAKPAE VQHDWFVVDA TGKTLGRLAT EIARRLRGKH KTSYTPHVDT GDYIIVINAE QVQVTGNKAL DKKYYRHTEF PGGLKETNF EKLVAHKPEE IFERAVKGML PKGPLGYAMI KKMKVYAGSE HPHAAQQPQV LDI

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア)
分子量理論値: 13.523863 KDa
配列文字列:
MIQTETMLDV ADNSGARRVQ CIKVLGGSHR RYASVGDIIK VTVKEAIPRA RVKKGDVMNA VVVRTKFGIR RPDGSVIRFD DNAAVILNN NKAPIATRIF GPVTRELRTE QFMKIISLAP EVL

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.509915 KDa
配列文字列:
MTLRLNELAP AEGAKREHRR LGRGIGSGVG KTGGRGIKGQ KSRKSGGVRP GFEGGQTAIY RRLPKFGFTS QIALKTAEVR LSELSKVEG DIVSLETLKA ANVVRRDQIR ARIVLSGEIT RAFTVQGVAL TKGAKAAIEA AGGKVEE

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.498312 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KVHKGRNTGL AHRGSTVSFG SIAIKATERG RMTARQIEAA RRTISRRIKR GGKIFIRVFP DKPITEKPLE VRMGNGKGN VEYWVCEIKP GKILYEIEGV NEDLAREAFA LAAAKLPFKT TIVTRTVM

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 14.022215 KDa
配列文字列:
MRHRNSGVKL GRTSSHRKAM FENLANSLFE HELIKTTLPK AKELRRVAEP LITLAKNDTV ANRRLAFART RNAATVGKLF TVLGPRYKE RNGGYLRVLK AGFRAGDAAP MAYVELVDRE VNTSAE

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 12.443341 KDa
配列文字列:
MNEKKQSRLR RAKSTRLHIR ALGATRLCVN RTPRHIYAQV ISADGGKVLA QASTLDASLR SGTTGNIEAA TKVGALIAER AKAAGVTKV AFDRSGFKYH GRIKALADAA REGGLEF

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 13.619865 KDa
配列文字列:
MSGKHPLVQA IENSQLKTDL PEFAPGDTVV VQVKVKEGDR ERLQAFEGVV IAKKNRGLNS AFTVRKISSG VGVERVFQTH SPVVAKIEV KRRGDVRRAK LYYLRDLSGK AARIREKLPA RKA

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 13.468946 KDa
配列文字列:
MARVKRGVVA HRRHKKILAR AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQKKRQFRAL WIARINAGAR QNGLSYSRMI DGLKKAQVI IDRRVLADIA MHDAVAFAAL AEKAKGALAA

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.496364 KDa
配列文字列:
MYAVIQSGGK QHRVVEGETL KVELLKAESG ATITFDDVLM VVNGDNIQIG APVVAGAKVT AEVIGHGRHD KIRIIKMRRR KHYRKQQGH RQWFTELKIT GISG

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア)
分子量理論値: 11.828931 KDa
配列文字列:
MEVTAKLRGA AISAQKARLV ADLIRGKSVA HALNILNFSN KKAAVLVKKA LESAIANAEH NNSLDVDDLK VSTIYVDEGM SLKRIMPRA KGRADRITKR TCHITVKVGV

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.607392 KDa
配列文字列:
MNNERIYQVL KGPVFSEKAQ VLGDTAGVQV FKVDINATKL EIKKAVEKLF GVEVVKVNTT ITKGKTKRFG RTLGRRSDVK KAYVTLKAG QDVEMADLGD TAESAAE

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.187929 KDa
配列文字列:
MAKIKKGDQV IVIAGKEKGK QGTVLSVSED RVKVEGLNLV KKHQKPNRVT GAEGGIVTQE ASLHISNVAI LNATTQKADR VGYQVIDGV KTRVYKSTGE SVAVAK

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 10.942593 KDa
配列文字列:
MANFVLNAQA RAEDKQGKGA SRRLRRESLV PAIIYGGNAE PVAVTLELRE LVKALESNVF FEEVVEIKVG DKVENVKIQA LQRHPAKNT PMHADFKRA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 9.072387 KDa
配列文字列:
MATKKAGGST KNGRDSNPKM LGVKVYGGQT VTAGNIIVRQ RGTEFHAGAN VGMGRDHTLF ATADGVVKFE VKGQFGRRYV KVETV

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア)
分子量理論値: 9.125756 KDa
配列文字列:
MSKVCQVTGK RPVVGNNVSH ANNKTKRRFE PNLHHHRFWL ESEKRFVRLR LTTKGMRIID KLGIEKVVAD LRAQGQKI

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.449678 KDa
配列文字列:
MKTKDLREKS VEELKALLDE QQLNQFRLRM AKATGQLGKS HEVQVARKTI ARIKTLLTEK QGNGQ

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア)
分子量理論値: 6.654788 KDa
配列文字列:
MKTIKVTQTK SSSHRLKNHK LCLQGLGLRR IGHTVEVQDT PSNRGMINKV YYMVSVEE

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.096888 KDa
配列文字列:
MAVQQNRKSR SRRDMRRSHD ALTENALTVD QATGETHRRH HVTKDGFYRG RQLFAKAADA E

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 27.680357 KDa
配列文字列: MADYNVSMRD LLQAGAHFGH QTRFWNPKMR QYIFGARNKI HIINLEHTVP ALNDALNFAN QLASKKNKVL FVGTKRAASN IIREQAQRA GQPYVDHRWL GGMLTNWKTL RQSINRLKDL QTQSQDGTFA KLTKREALER TREMEKLERS LGGVKNMGGL P DALFVIDV ...文字列:
MADYNVSMRD LLQAGAHFGH QTRFWNPKMR QYIFGARNKI HIINLEHTVP ALNDALNFAN QLASKKNKVL FVGTKRAASN IIREQAQRA GQPYVDHRWL GGMLTNWKTL RQSINRLKDL QTQSQDGTFA KLTKREALER TREMEKLERS LGGVKNMGGL P DALFVIDV DHEAIAIKEA KNLGIPVIGI VDTNSNPDNV DYVIPGNDDA IRAVTLYASA MADAILAGKE YAQSQANAQA KG DDAAKDA SEA

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 27.972461 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGI RLGVVKRHNA NWYANPKQYA EYLLKDLQVR EFLTKKLKNA MVSNILIERP SGAAKVTIST ARPGIVIGKK GEDIEKLQR ELTNIMGVPA QVSINEIDRP DLDARLVAEA IASQLEKRVM FRRAMKRAVQ NTMRAGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPIGI RLGVVKRHNA NWYANPKQYA EYLLKDLQVR EFLTKKLKNA MVSNILIERP SGAAKVTIST ARPGIVIGKK GEDIEKLQR ELTNIMGVPA QVSINEIDRP DLDARLVAEA IASQLEKRVM FRRAMKRAVQ NTMRAGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYATMR AETTYGTIGV KVWIFRGEIL GGMKQVMNPA PAEERPAKRG RGRGEGQERR GR RGDRAAD KGE

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 23.311818 KDa
配列文字列: MARYIGPKCK LSRREGTDLQ LKSGVKPFDV KTKKANKAPG QHGQARGGKQ SEYSLQLREK QKVRRIYGVL ERQFSNYYKE AARVKGATG ENLLKLLESR LDNVVYRMGF GSTRAEARQL VSHRSITLNG RRVNIASIQV KAGDVIAVHE GAKQQLRIKN A IELAAQRG ...文字列:
MARYIGPKCK LSRREGTDLQ LKSGVKPFDV KTKKANKAPG QHGQARGGKQ SEYSLQLREK QKVRRIYGVL ERQFSNYYKE AARVKGATG ENLLKLLESR LDNVVYRMGF GSTRAEARQL VSHRSITLNG RRVNIASIQV KAGDVIAVHE GAKQQLRIKN A IELAAQRG IPAWIEVDHS KLEGTFKAAP DRSDLPAEIN ESLIVELYSK

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 17.181766 KDa
配列文字列:
MAKVEQNEGL VEKLVAVDRV AKVVKGGRIF SFTALTVVGD GNGRVGFGRG KAREVPAAIS KALEAARRNM ITVDLAGTTL QHPVNARHG ASRVYMQPAS EGTGVIAGGA MRAVLEAAGV HNVLAKCYGS TNAANVVNAT FKGLRDMTSP EKVAAKRGKS V EEIQG

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 14.986952 KDa
配列文字列:
MRHYEIVLLV HPDQSDQVVG MVERYISQIK EADGQIHRLE DWGRRQLAYP INKIHKAHYI LMNVECGQST LDELEELFRY NDAIIRNLI IRREHAITEE SLLAKSAEEK RARKAQREEA QQVAQEAE

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 17.733699 KDa
配列文字列:
MPRRRVVAAR EILPDPKFSS QTIAKFMNHV MQDGKKSIAE SIVYGALERV QEKNKVDPVE FFETTLEKVR PMVEVKARRV GGATYQVPM EVRPSRRTAL AMRWLVDAAA KRSEKTMALR LAGELLDAAE GKGAAIKKRE DVHRMAEANK AFSHYRF

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 14.250667 KDa
配列文字列:
MSMQDTVADM LTRVRNAQMA KKQTVSMPSS KLKVAIANVL QQEGYISNVE VAQEETKSTL TITLKYFEGK PVIEMVKRVS RPGLRQYRG KDKLPSVKQG LGIAIVSTSK GIMTDRAARA AGIGGEVIAF VS

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 14.28761 KDa
配列文字列:
MATNYGTGRR KTATARVFLS AGTGKLVINN RTLEQYFGRE TARMVVRQPL ELLEATEKYD LYITVKGGGI GGQAGAIRHG ITRALIAAD ETLKPVLRQA GFVTRDAREV ERKKLGLRKA RKRPQFSKR

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. ANC 5600 (バクテリア)
分子量理論値: 11.718531 KDa
配列文字列:
MSNQRIRIRL KSFDHRLIDQ SAQEIVETAK RTGAQVCGPI PMPTRIERFN VLTSPHVNKD ARDQYEIRTY KRLIDIVQPT DKTVDALMK LDLAAGVDVQ IALG

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
分子量理論値: 13.558512 KDa
配列文字列:
MAKDTRTRKK VTRTVSEGVA HIHASFNNTI VTITDRQGNA LAWATSGGQG FRGSRKSTPF AAQVAAEVAG KAALDYGLKN LDVLVKGPG PGRESAVRAL GAVGYKINSI TDVTPIPHNG CRPPKKRRV

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 13.797134 KDa
配列文字列:
MATTNQLIRK GRTTLVEKSK VPALKACPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSAMR KVCRVRLTSG FEVSSYIGGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GSLDCAGVKD RNQSRSKYGA KRPKK

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 13.295635 KDa
配列文字列:
MARIAGVNIP DNKHAVISLT YIFGIGRHTA KNILAAVGIT ETTKIRELDD AQLDAIRAEV AKVPTEGDLR REISMNIKRL MDLGCYRGL RHRRSLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.438427 KDa
配列文字列:
MAKKGMINRE LKREKTVAKY AAKRAELKAT IANVNASDEE RFEAMLKLQA LPRNASPVRL RNRCGLTGRP HGYFRKFGLS RNKLRDTVM QGDVPGVVKA SW

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 10.1456 KDa
配列文字列:
MALTNADRAE IIAKFARAEN DTGSPEVQVA LLTAQINDLQ GHFKAHKHDH HSRRGLIRMV NQRRKLLDYL NGKDHERYTA LIGALGLRR

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 11.22306 KDa
配列文字列:
MLPMVGAGII RKNYKAFIMV VIRLARGGAK KRPFYQIVVT DSRNARDGRF IERIGFFNPT AQGQAEKLRL DADRFAHWVS QGAQPSERV ASLAAQAKKA TA

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 9.543101 KDa
配列文字列:
MSEKTVRTLT GKVVSDKMDK SIVVLIERRV QHPLYGKSIR RSTKLHAHDE NNVAKIGDVV TIKESRPISK TKAWTLVEVV EAAAE

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter venetianus (バクテリア)
分子量理論値: 9.009452 KDa
配列文字列:
MARFYRRRKF CRFTAENVAY IDYKDIDTLK QYITENGKIV PSRITGTKAR YQRQLALAIK QARYLSLIPY TDNHK

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 10.206957 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDAHLFAKVE AAVASNSRKP IKTWSRRSMI LPDFVGLTIS VHNGRNHVPV IVTEHMVGHK LGEFAPTRTY RGHGVDKKS KR

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 9.72342 KDa
配列文字列:
MANSAQAKKR ARQNVKARKH NASLRSMVRT YIKRTLSAIA GGDYAVATEA YKKAVPVIDR MADKGIIHKN KAARHKSRLN AQVKALAN

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
分子量理論値: 8.474033 KDa
配列文字列:
MPQVKLKEGE PVDVAIRRFK RSCEKAGVLA DVRKREFYEK PTQERKRKKA AAVKRYQKKL ARESVRTTRL Y

+
分子 #5: 23s ribosomal RNA

分子名称: 23s ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 945.29925 KDa
配列文字列: GUUGUAUAGU CAAGUAAUUA AGUGCAUGUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGAUA GCCUGCGAAA AGCUCCGGG GAGGCGGCAA AUAUCCUUUG AUCCGGAGAU GUCUGAAUGG GGGAACCCAC CUACUUUAAG GUAGGUAUUG C AACAUGAA ...文字列:
GUUGUAUAGU CAAGUAAUUA AGUGCAUGUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGAUA GCCUGCGAAA AGCUCCGGG GAGGCGGCAA AUAUCCUUUG AUCCGGAGAU GUCUGAAUGG GGGAACCCAC CUACUUUAAG GUAGGUAUUG C AACAUGAA UACAUAGUGU UGCAAGGCGA ACGAGGGGAA GUGAAACAUC UCAGUACCCU UAGGAAAAGA AAUCAAUUGA GA UUCCCUC AGUAGCGGCG AGCGAACGGG GAUCAGCCCA UUAAGUUAUG UGUGUUUUAG UGGAACGCUC UGGGAAGUGC GAA CGUAGA GGGUGAUAUU CCCGUACACG AAAGGGCACA CAUAAUGAUG ACGAGUAGGG CGAGGCACGU GAAACCUUGU CUGA AUAUG GGGGGACCAU CCUCCAAGGC UAAAUACUCC UGACUGACCG AUAGUGAACC AGUACCGUGA GGGAAAGGCG AAAAG AACC CCUGUGAGGG GAGUGAAAUA GAUCCUGAAA CCGCAUGCAU ACAAGCAGUG GGAGCACCUU CGUGGUGUGA CUGCGU ACC UUUUGUAUAA UGGGUCAGCG ACUUAUAUUC AGUAGCGAGG UUAACCGUAU AGGGGAGCCG UAGAGAAAUC GAGUCUU AA UAGGGCGUUU AGUUGCUGGG UAUAGACCCG AAACCAGGCG AUCUAUCCAU GAGCAGGUUG AAGGUUGGGU AACACUAA C UGGAGGACCG AACCCACUGU CGUUGAAAAG CCAGGGGAUG ACUUGUGGAU AGGGGUGAAA GGCUAAUCAA GCCUGGUGA UAGCUGGUUC UCCCCGAAAG CUAUUUAGGU AGCGCCUCGG ACGAAUACCA UAGGGGGUAG AGCACUGUUU CGGCUAGGGG GUCAUCCCG ACUUACCAAA CCGAUGCAAA CUCCGAAUAC CUAUGAGUAC UAUCCGGGAG ACAGACUGCG GG(PSU)GCUA AC GUCCGUAGUC AAGAGGAAAA CAAUCCAGAC CGCCAGCUAA GGCCCCAAAA UCAUAGUUAA GUGGGAAACG AUGUGGGA A GGCAUAGACA GCUAGGAGGU UGGCUUAGAA GCAGCCACCC UUUAAAGAAA GCGUAAUAGC UCACUAGUCG AGUCGGCCU GCGCGGAAGA UGUAACGGGG CUAAAACUAU GUGCCGAAGC UGCGGAUGUA UACUUUGUAU ACGUGGUAGG GGAGCGUUCU GUAAGCCGA UGAAGGUGUG UUGAGAAGCA UGCUGGAGGU AUCAGAAGUG CGAAUGCUGA CGUGAGUAAC GACAAAACGG G UGAAAAAC CCGUUCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCAGUC CAACGUUAAU CGGGGCUGGG UGAGUCGACC CCUAAGGCGA GG CCGAAAG GCGUAGUCGA UGGGAAAAUG GUUAAUAUUC CAUUACUUCU GUGUAAUGCG AUGAGAGGAC GGAGAAGGCU AAA UCAGCC UGGCGUUGGU UGUCCAGGUG AAAGGAUGUA GGCAUGUAUC UUAGGCAAAU CCGGGGUACU CUAUGCUGAG AUCU GAUAG CAAGCUGUAC UUGUACAGCG AAGUGGUUGA UGCCAUGCUU CCAGGAAAAG UCUCUAAGCU UCAGUUACAC AGGAA UCGU ACCCGAAACC GACACAGGUG GUCAGGUCGA GUAGACCAAG GCGCUUGAGA GAACUCUGCU GAAGGAACUA GGCAAA AUG GUACCGUAAC UUCGGGAGAA GGUACGCUGU UGUUGGUGAU GGAACUCGCU UCCUGAGCUG ACGACAGCCG CAGAAAC CA GGCCGCUGCA ACUGUUUAUU AAAAACAUAG CACUCUGCAA ACACGAAAGU GGACGUAUAG GGUGUGAUGC CUGCCCGG U GCUGGAAGGU UAAUUGAUGG GGUUAGCGUA AGCGAAGCUC UUGAUCGAAG CCCCAGUAAA CGGCGGCCG(PSU) AAC (3TD)A(PSU)AAC GGUCCUAAGG UAGCGAAA(5MU)U CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCAUAAUG AU GGCGGCG CUGUCUCCAG CAGAGGCUCA GUGAAAUCGA AAUCGCUGUG (6MZ)AGAUGCAGU GUACCCGCGG CUAGACGGA AAGACCCCGU (7MG)AACCUUUAC UGCAGCUUGA CACUGAACUU UGACCUUACU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGG CUUUGA AGC UGGAACGCUA GUUCCAGUGG AGCCGUCCUU GAAAUACCAC CCUGGUAAUG UUGAGGUUCU AACUCUGUCC CGUGAUC CG GGACGAGGAC CGUGUCUGGU GGGUAGUUUG ACUG(OMG)GGCGG UCUCCUCCUA AAGAGUAACG GAGGAGUACG AAGG UGCGC UCAGCGUGGU CGGAAAUCAC GCGUAGAGUA UAAAGGCAAA AGCGCGCUUA ACUGCGAGAC CCACAAGUCG AGCAG GUAC GAAAGUAGGU CUUAGUGAUC CGGUGGUUCU GUAUGGAAGG GCCAUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACUCUG (2MG)G GAUAACA GGC(PSU)GAUACC GCCCAAGAGU UCAUAUCGAC GGCGGUGUUU GGCACCUCG(2MA) (PSU)GUCGGCUCA U CUCAUCCU GGGGCUGAAG CAGGUCCCAA GGGUAUGGC(OMU) GUUCGCCAUU UAAAGAGGUA CGCGAGC(PSU)GG GUUU AGAAC GUCGUGAGAC AGU(PSU)CGGUCC CUAUCUACCG UGGGCGCUGG AAAUUUGAGA GGAUCUGCUC CUAGUACGAG A GGACCAGA GUGGACGAAC CUCUGGUGUA CCGGUUGUGA CGCCAGUCGC AUCGCCGGGU AGCUAUGUUC GGAAGGGAUA AC CGCUGAA AGCAUCUAAG CGGGAAGCCU ACCUCAAGAU AAGAUUUCCC UAGGACUUUA UGUCCUCUAA AGAGCCGUUC GAG ACUAGG ACGUUGAUAG GUUGGAUGUG GAAGCAUAGU GAUAUGUGAA GCUGACCAAU ACUAAUUGCU CGUGAGGCUU GACU AUACA ACACCCAAGC AGUUG

+
分子 #6: 5s ribosomal RNA

分子名称: 5s ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 36.996992 KDa
配列文字列:
GCUGGCGACC AUAGCAAGAG UGAACCACCU GAUCCCUUCC CGAACUCAGA AGUGAAACCU CUUAGCGCUG AUGGUAGUGU GGGAUUACC CAUGUGAGAG UAAGUCAUCG CCAGCU

+
分子 #31: 16s Ribosomal RNA

分子名称: 16s Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 500.297531 KDa
配列文字列: UUUAACUGAA GAGUUUGAUC AUGGCUCAGA UUGAACGCUG GCGGCAGGCU UAACACAUGC AAGUCGAGCG GGGGAAGGUA GCUUGCUAC CGGACCUAGC GGCGGACGGG UGAGUAAUGC UUAGGAAUCU GCCUAUUAGU GGGGGACAAC AUCUCGAAAG G GAUGCUAA ...文字列:
UUUAACUGAA GAGUUUGAUC AUGGCUCAGA UUGAACGCUG GCGGCAGGCU UAACACAUGC AAGUCGAGCG GGGGAAGGUA GCUUGCUAC CGGACCUAGC GGCGGACGGG UGAGUAAUGC UUAGGAAUCU GCCUAUUAGU GGGGGACAAC AUCUCGAAAG G GAUGCUAA UACCGCAUAC GUCCUACGGG AGAAAGCAGG GGAUCUUCGG ACCUUGCGCU AAUAGAUGAG CCUAAGUCGG AU UAGCUAG UUGGUGGGGU AAAGGCCUAC CAAGGCGACG AUCUGUAGCG GGUCUGAGAG GAUGAUCCGC CACACUGGGA CUG AGACAC GGCCCAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGG GGAAUAUUGG ACAAUGGGGG GAACCCUGAU CCAGCCAUGC CGCG UGUGU GAAGAAGGCC UUAUGGUUGU AAAGCACUUU AAGCGAGGAG GAGGCUACUC UAGUUAAUAC CUAGGGAUAG UGGAC GUUA CUCGCAGAAU AAGCACCGGC UAACUCUG(PSU)G CCAGCAGCC(7MG) CGGUAAUACA GAGGGUGCGA GCGUUAAU C GGAUUUACUG GGCGUAAAGC GUGCGUAGGC GGCUUAUUAA GUCGGAUGUG AAAUCCCCGA GCUUAACUUG GGAAUUGCA UUCGAUACUG GUGAGCUAGA GUAUGGGAGA GGAUGGUAGA AUUCCAGGUG UAGCGGUGAA AUGCGUAGAG AUCUGGAGGA AUACCGAUG GCGAAGGCAG CCAUCUGGCC UAAUACUGAC GCUGAGGUAC GAAAGCAUGG GGAGCAAACA GGAUUAGAUA C CCUGGUAG UCCAUGCCGU AAACGAUGUC UACUAGCCGU UGGGGCCUUU GAGGCUUUAG UGGCGCAGCU AACGCGAUAA GU AGACCGC CUGGGGAGUA CGGUCGCAAG ACUAAAACUC AAAUGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGU UUAAUU CGAU(2MG)(5MC)AACG CGAAGAACCU UACCUGGCCU UGACAUACUA GAAACUUUCC AGAGAUGGAU UGGUGC CUU CGGGAAUCUA GAUACAGGUG CUGCAUGGCU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGC GC AACCCUUUUC CUUACUUGCC AGCAUUUCGG AUGGGAACUU UAAGGAUACU GCCAGUGACA AACUGGAGGA AGGCGGGG A CGACGUCAAG UCAUCAUG(2MG)C CCUUACGGCC AGGGCUACAC ACGUGCUACA AUGGUCGGUA CAAAGGGUUG CUACA CAGC GAUGUGAUGC UAAUCUCAAA AAGCCGAUCG UAGUCCGGAU UGGAGUCUGC AACUCGACUC CAUGAAGUCG GAAUCG CUA GUAAUCGCGG AUCAGAAUGC CGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GCCUUGUACA CACCG(4OC)CCGU CACACCAUGG GAG UUUGUU GCACCAGAAG UAGCUAGCCU AACUGCAAAG AGGGCGGUUA CCACGGUGUG GCCGAUGACU GGGGUGAAGU CG (UR3)AACAAG GUAGCCGUAG GGG(MA6)(MA6)CCUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUAAC GAA

+
分子 #52: tRNA-met

分子名称: tRNA-met / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 24.760799 KDa
配列文字列:
GGCUAUG(4SU)AG CUCAGUUGG(H2U) UAGAGCACCG CACUCAUAAU GCGGGGGUCA CAAG(5MU)(PSU)CAAG UCUC GUCAU AGCCACCA

+
分子 #53: mRNA 5'-AUG-3'

分子名称: mRNA 5'-AUG-3' / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 935.62 Da
配列文字列:
AUG

+
分子 #54: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #55: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 1 / 式: FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

+
分子 #56: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 114 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #57: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #58: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 273 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: Focused classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 24306

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5afi

得られたモデル

PDB-6v39:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S with P-site tRNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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