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- PDB-1a9z: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE MUTANT S124A/Y149F COMPLEXED WITH UDP-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a9z
タイトルUDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE MUTANT S124A/Y149F COMPLEXED WITH UDP-GALACTOSE
要素UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
キーワードEPIMERASE / GALACTOSE METABOLISM (ガラクトース) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


colanic acid biosynthetic process / UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ / UDP-glucose 4-epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / galactose catabolic process via UDP-galactose / galactose metabolic process / NAD+ binding / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / FOURIER DIFFERENCE / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Dramatic differences in the binding of UDP-galactose and UDP-glucose to UDP-galactose 4-epimerase from Escherichia coli.
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録1998年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02021年11月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7117
ポリマ－37,2621
非ポリマー1,4496
水9,746541
1
A: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子

A: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,42214
ポリマ－74,5242
非ポリマー2,89812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area7280 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.900, 83.900, 108.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

21A-494-

HOH

31A-502-

HOH

41A-719-

HOH

51A-853-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE


分子量: 37262.016 Da / 分子数: 1 / 変異: S124A, Y149F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09147, UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ

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非ポリマー , 5種, 547分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス / ウリジン二リン酸グルコース


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細NAD IS THE COFACTOR UDP IS THE SUBSTRATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 9
詳細: CRYSTALLIZED FROM 18% PEG8000, 500MM NACL, 20MM UDP-GALACTOSE THEN SOAKED IN 25% PEG8000, 750MM NACL, 20MM UDP-GALACTOSE, 20% ETHYLENE GLYCOL, pH 9.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135 mg/mlprotein1drop
218-25 %(w/v)PEG80001reservoir
3400-800 mM1reservoirNaCl
450 mMCHES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: GOEBEL FOCUSING OPTICS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 32710 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 74
反射
*PLUS
Num. measured all: 112562
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74 % / Num. unique obs: 3288 / Num. measured obs: 5712

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5E精密化
SAINTデータ削減
XCALIBREデータスケーリング
精密化構造決定の手法: FOURIER DIFFERENCE / 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rwork0.188 --
all0.188 32710 -
obs0.188 32710 91 %
Rfree-0 -
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 906.6 Å2 / ksol: 1.236 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2623 0 93 541 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00741365
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.52654583
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.04825880
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006748
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01373710
X-RAY DIFFRACTIONt_it032570
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.079613
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg15.0480
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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