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万見
- EMDB-14679: Tribolium castaneum hexamerin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14679
タイトルTribolium castaneum hexamerin 2
マップデータhexamerin main map
試料
  • 複合体: Hexamerin 2
    • タンパク質・ペプチド: Larval serum protein 1 gamma chain-like Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Larval serum protein 1 gamma chain-like Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) / red flour beetle (コクヌストモドキ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Valentova L / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Czech Science FoundationGX19-25982X チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070European Union
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2011033 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2015043 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Polyelectrolyte coating of cryo-EM grids improves lateral distribution and prevents aggregation of macromolecules.
著者: Dominik Hrebík / Mária Gondová / Lucie Valentová / Tibor Füzik / Antonín Přidal / Jiří Nováček / Pavel Plevka /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is one of the primary methods used to determine the structures of macromolecules and their complexes. With the increased availability of cryo-electron microscopes, ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is one of the primary methods used to determine the structures of macromolecules and their complexes. With the increased availability of cryo-electron microscopes, the preparation of high-quality samples has become a bottleneck in the cryo-EM structure-determination pipeline. Macromolecules can be damaged during the purification or preparation of vitrified samples for cryo-EM, making them prone to binding to the grid support, to aggregation or to the adoption of preferential orientations at the air-water interface. Here, it is shown that coating cryo-EM grids with a negatively charged polyelectrolyte, such as single-stranded DNA, before applying the sample reduces the aggregation of macromolecules and improves their distribution. The single-stranded DNA-coated grids enabled the determination of high-resolution structures from samples that aggregated on conventional grids. The polyelectrolyte coating reduces the diffusion of macromolecules and thus may limit the negative effects of the contact of macromolecules with the grid support and blotting paper, as well as of the shear forces on macromolecules during grid blotting. Coating grids with polyelectrolytes can readily be employed in any laboratory dealing with cryo-EM sample preparation, since it is fast, simple, inexpensive and does not require specialized equipment.
履歴
登録2022年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14679.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hexamerin main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 182 pix.
= 149.604 Å		0.82 Å/pix.
x 182 pix.
= 149.604 Å		0.82 Å/pix.
x 182 pix.
= 149.604 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.4
最小 - 最大-7.518139 - 11.22593
平均 (標準偏差)-2.9057543e-09 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-91-91-91
サイズ182182182
Spacing182182182
セルA=B=C: 149.604 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: mask of the half maps

ファイルemd_14679_additional_1.map
注釈mask of the half maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14679_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14679_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexamerin 2

全体名称: Hexamerin 2
要素
  • 複合体: Hexamerin 2
    • タンパク質・ペプチド: Larval serum protein 1 gamma chain-like Protein

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超分子 #1: Hexamerin 2

超分子名称: Hexamerin 2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: hexamerin isolated from Tribolium castaneum pupae
由来(天然)生物種: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
分子量理論値: 520 KDa

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分子 #1: Larval serum protein 1 gamma chain-like Protein

分子名称: Larval serum protein 1 gamma chain-like Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: red flour beetle (コクヌストモドキ)
分子量理論値: 84.656922 KDa
配列文字列: MRFILVAVLA GLCAVSAIST SESSNYSQQQ RDVWRLFKYI NQPSYYKDHV EIAHSYYFYD HASNYAKHEV VEEFYRYFKY DTFLQRGEI FSVFHGEHLK QAIALFKLFY YANDFDTFYK TAVWARQHVN EGMFLYAFSV ALIHRPDTYY FSLPPIYEIY P HYFYNYEV ...文字列:
MRFILVAVLA GLCAVSAIST SESSNYSQQQ RDVWRLFKYI NQPSYYKDHV EIAHSYYFYD HASNYAKHEV VEEFYRYFKY DTFLQRGEI FSVFHGEHLK QAIALFKLFY YANDFDTFYK TAVWARQHVN EGMFLYAFSV ALIHRPDTYY FSLPPIYEIY P HYFYNYEV IQKAQHYKQM YYGQDGAHYN DRTIYANYSG YYVNVYPEQA LAYFTEDVGV NSFYYYYNLY YPYWMSGEEF NL KYDNRGE IFYYMYQQIL ARYYLERLSH GFGEIDHFDW EVPFESGYYP SMCYPNGLYF PTRHAYAHLY EYFYNYGQHY GFN KYAHSY THISDYERRI HDVIDSGYVH THSGQKVDLF SHEGLDILGN LIEGNPESPY YHYYGAYQVF ARHLLGYSHQ PLTF HKLHP SALEHFETSM RDPAFYQLYK KLLGFFFRYK SQHYHYYDEH DLAYHGVHVK HVEVDPLVTY FDYFYADLSN AVYVT PEEF VHDSFKVHVA QERLNHKPFT YKIYIDSDKD TEAVVKVFLG PKYDEYGRYI NLTENWMNFV QFDHFVYKLK SGENVI SRN SHEIYNYIHD RTSYYELYQK AFGVYNKDQH FQFHDNQFFF GFPQRYMLPR GSPEGMTYQF YVFVTKYHPY KAHASVP MV GSGMHYVDAY PMGYPFDRPV YYEELFYALP NSYFQDVRIY YQGHNYEHHA NHLIEM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMKClpotassium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1711 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16616
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) / ソフトウェア - 詳細: ctf estimation
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: stochastic gradient descent
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 3106
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細real space refine
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 45.57 / 当てはまり具合の基準: corelation coefficient
得られたモデル

PDB-7ze1:
Tribolium castaneum hexamerin 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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