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- EMDB-0899: High resolution structure of FANCA C-terminal domain (CTD) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0899
タイトルHigh resolution structure of FANCA C-terminal domain (CTD)
マップデータ
試料
  • 複合体: FANCA
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group A
キーワードnuclear localization (核局在化シグナル) / fanconi anemia core protein / fanconi anemia complementation group a / interstrand crosslink repair / DNA REPAIR (DNA修復)
機能・相同性Fanconi anaemia group A protein / Fanconi anaemia group A protein, N-terminal domain / Fanconi anaemia group A protein / Fanconi anaemia group A protein N terminus / Fanconi anaemia nuclear complex / interstrand cross-link repair / 生体膜 / FA complementation group A L homeolog
機能・相同性情報
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Jeong E / Lee S
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2A1A19021035 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017M3A9F6029733 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the fanconi anemia-associated mutations within the FANCA and FANCG complex.
著者: Eunyoung Jeong / Seong-Gyu Lee / Hyun-Suk Kim / Jihyeon Yang / Jinwoo Shin / Youngran Kim / Jihan Kim / Orlando D Schärer / Youngjin Kim / Jung-Eun Yeo / Ho Min Kim / Yunje Cho /
要旨: Monoubiquitination of the Fanconi anemia complementation group D2 (FANCD2) protein by the FA core ubiquitin ligase complex is the central event in the FA pathway. FANCA and FANCG play major roles in ...Monoubiquitination of the Fanconi anemia complementation group D2 (FANCD2) protein by the FA core ubiquitin ligase complex is the central event in the FA pathway. FANCA and FANCG play major roles in the nuclear localization of the FA core complex. Mutations of these two genes are the most frequently observed genetic alterations in FA patients, and most point mutations in FANCA are clustered in the C-terminal domain (CTD). To understand the basis of the FA-associated FANCA mutations, we determined the cryo-electron microscopy (EM) structures of Xenopus laevis FANCA alone at 3.35 Å and 3.46 Å resolution and two distinct FANCA-FANCG complexes at 4.59 and 4.84 Å resolution, respectively. The FANCA CTD adopts an arc-shaped solenoid structure that forms a pseudo-symmetric dimer through its outer surface. FA- and cancer-associated point mutations are widely distributed over the CTD. The two different complex structures capture independent interactions of FANCG with either FANCA C-terminal HEAT repeats, or the N-terminal region. We show that mutations that disturb either of these two interactions prevent the nuclear localization of FANCA, thereby leading to an FA pathway defect. The structure provides insights into the function of FANCA CTD, and provides a framework for understanding FA- and cancer-associated mutations.
履歴
登録2019年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lhu
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0899.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.02 / ムービー #1: 1.02
最小 - 最大-3.4176133 - 6.4868164
平均 (標準偏差)-0.00028581926 (±0.11877703)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-3.4186.487-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FANCA

全体名称: FANCA
要素
  • 複合体: FANCA
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group A

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超分子 #1: FANCA

超分子名称: FANCA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: homo dimer
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 500 kDa/nm

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分子 #1: Fanconi anemia complementation group A

分子名称: Fanconi anemia complementation group A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 163.009344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWSHPQFEKG SGGSGMSAVS GFTPSGQKRS LAELLDGRVK RLDRKSNNSV LQEAALYLLS CNQDVSQFLS EVEAPPYKKT CNPENPVSI KSRMPSAAFV GSTLKDQASC LKISPGILTA KAAVANIQQI CQACGDSSAV LNPEQREKLC SLLKTLKILL A ENCFCRSL ...文字列:
MWSHPQFEKG SGGSGMSAVS GFTPSGQKRS LAELLDGRVK RLDRKSNNSV LQEAALYLLS CNQDVSQFLS EVEAPPYKKT CNPENPVSI KSRMPSAAFV GSTLKDQASC LKISPGILTA KAAVANIQQI CQACGDSSAV LNPEQREKLC SLLKTLKILL A ENCFCRSL FCKEIWIHRP PLVFEAVWHL HNEGIVCLDE ILESCKDTIS AVDWLFSEMC SLCLYIDNSS LAGDLAEKMI SD FQALLVE NSFRRSSATE RILEQHKTEE ICLSILDKLL SWLLDAVSVE KSDKSSAEQH WLSAFEVHRY RARVVPESIE QFF IHTLTQ VLTFKPKLKV SDAIQCQANW SFVKTSTLLT DLYRKLFVAL SAEKLIAHIQ LVLDTQEVNW HHVLTCVSCL VICL PEAQQ LIKDLLCRLL THAFESYELE GMITAFLIVR QAALEGPAAF VSYTEWFKCT FGAANSYHGN SKKSLVFLLK FLSDI VPFE APQYLKVHVL HPPFVPTKYR PLLMEYISLA KTRLTDMKVS IEDMGLYEDL SARSNKVQPE SQAHQDVEKA LNIFEN TGK IPASVMEASI FRRPYFTSRF LPALLTPRVL PAAPDALMLL IDSMKRADKI PTNMFNAYIE ACEQEKLRKQ KGRQQMD QS LPDEPLGILQ SALSDLRPLV TDANKYEDVS AQVAVISEKL IAVMGEQKVD DDQVAAKFLK LEDGAQLDIQ EQTVADLL L TCFCQCLIAA SGTNPPDRQG QWPTLYVKML CGHQWAFAAV LRRMLQLLRF QAPFLKDSHI VGLAAFSIHL HECQPSLQF LITGVQNLEH YWENLLNLLC SDSVGVCLKL CTAAISYAFC RFSELHQDIF SGCVPPLFLR KLQYLVPRLI WETRGEVIRD DEEADSPLN WNLYALAGWK EAALSLWNQN RLQGLLREKS FQVTFMDWLL WEMTLKSNND VLCDTDRQEY QRWAVNHYLS E SSVVGGCN GDLERGCITI AEAVLQFSNR HIQHSEWESR NISMLKSHTG LGDILCRLQE LICDIVTSHH QKGRRHFFFA IF YQRLELH KGKKELSNHL SKQGVLEMCC RILLGLPPLF LINTPSEKGI RTLGSEDFWQ FVNKELKNLG PRGYALPYNI TAH FFRGVI SASVQCKDSS EAVNSILSAT YSTCPALLIS AAVGWPQLDP VLRSQWCSLF GVDLPKELRT LREQQASVDS CLSQ GEKLS LSCTPWLSAA FLYSTVQRKK LPCSRMLEIL DGLSSNFSMV LISLLFFSVM DIIYMFLKDG RKHKDLLENC VHIIH CLEQ KGETWVWLFQ MTDERKPELG LHLHRAASDV FLNLMPFAFF WLVPSLQLEQ VVQQQDFLVI ALDMYHKFLQ LFVDGS PLS SLSAKSHHLD SHDVFTCGRQ FLLCCVPKCQ KPNSAILKKM LESWEEHDPE LAAVLTRSFK APDDYDDLFF EPVF

UniProtKB: FA complementation group A L homeolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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