+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0044 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24. | |||||||||
マップデータ | Map sharpened with B-factor -350 and locally filtered with LocRes in RELION. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | COPII coat / membrane trafficking / protein transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / signal sequence binding / mitochondrial fission / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / fungal-type vacuole membrane / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hutchings J / Zanetti G | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Subtomogram averaging of COPII assemblies reveals how coat organization dictates membrane shape. 著者: Joshua Hutchings / Viktoriya Stancheva / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti / 要旨: Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo ...Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo capture to membrane deformation. The COPII coat mediates export from the endoplasmic reticulum by assembling in inner and outer layers, yielding carriers of variable shape and size that allow secretion of thousands of diverse cargo. Despite detailed understanding of COPII subunits, the molecular mechanisms of coat assembly and membrane deformation are unclear. Here we present a 4.9 Å cryo-tomography subtomogram averaging structure of in vitro-reconstituted membrane-bound inner coat. We show that the outer coat (Sec13-Sec31) bridges inner coat subunits (Sar1-Sec23-Sec24), promoting their assembly into a tight lattice. We directly visualize the membrane-embedded Sar1 amphipathic helix, revealing that lattice formation induces parallel helix insertions, yielding tubular curvature. We propose that regulators like the procollagen receptor TANGO1 modulate this mechanism to determine vesicle shape and size. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
---|---|
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0044.map.gz | 25.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0044-v30.xml emd-0044.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0044_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0044.png | 518.3 KB | ||
マスクデータ | emd_0044_msk_1.map emd_0044_msk_2.map | 42.9 MB 42.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0044.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_0044_half_map_1.map.gz emd_0044_half_map_2.map.gz | 21.8 MB 21.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0044 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0044_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_0044_full_validation.pdf.gz | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0044_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0044 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0044 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map sharpened with B-factor -350 and locally filtered with LocRes in RELION. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.327 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0044_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_0044_msk_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Average map from independently aligned half dataset 2.
ファイル | emd_0044_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Average map from independently aligned half dataset 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Average map from independently aligned half dataset 1.
ファイル | emd_0044_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Average map from independently aligned half dataset 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : COPII coat assembled on lipid bilayer
全体 | 名称: COPII coat assembled on lipid bilayer |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: COPII coat assembled on lipid bilayer
超分子 | 名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
-分子 #1: Protein transport protein SEC23
分子 | 名称: Protein transport protein SEC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 85.332047 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH ...文字列: DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLP PQYTNLSQEN MPLELQSTTI EYITNKPVTV PPIFFFVVDL TSETENLDSL KESIITSLSL LPPNALIGLI T YGNVVQLH DLSSETIDRC NVFRGDREYQ LEALTEMLTG QKPTGPGGAA SHLPNAMNKV TPFSLNRFFL PLEQVEFKLN QL LENLSPD QWSVPAGHRP LRATGSALNI ASLLLQGCYK NIPARIILFA SGPGTVAPGL IVNSELKDPL RSHHDIDSDH AQH YKKACK FYNQIAQRVA ANGHTVDIFA GCYDQIGMSE MKQLTDSTGG VLLLTDAFST AIFKQSYLRL FAKDEEGYLK MAFN GNMAV KTSKDLKVQG LIGHASAVKK TDANNISESE IGIGATSTWK MASLSPYHSY AIFFEIANTA ANSNPMMSAP GSADR PHLA YTQFITTYQH SSGTNRIRVT TVANQLLPFG TPAIAASFDQ EAAAVLMARI AVHKAETDDG ADVIRWLDRT LIKLCQ KYA DYNKDDPQSF RLAPNFSLYP QFTYYLRRSQ FLSVFNNSPD ETAFYRHIFT REDTTNSLIM IQPTLTSFSM EDDPQPV LL DSISVKPNTI LLLDTFFFIL IYHGEQIAQW RKAGYQDDPQ YADFKALLEE PKLEAAELLV DRFPLPRFID TEAGGSQA R FLLSKLNPSD NYQDMARGGS TIVLTDDVSL QNFMTHLQQV AVSGQA UniProtKB: Protein transport protein SEC23 |
-分子 #2: Protein transport protein SEC24
分子 | 名称: Protein transport protein SEC24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 89.294953 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: RPMNQLYPID LLTELPPPIT DLTLPPPPLV IPPERMLVPS ELSNASPDYI RSTLNAVPKN SSLLKKSKLP FGLVIRPYQH LYDDIDPPP LNEDGLIVRC RRCRSYMNPF VTFIEQGRRW RCNFCRLAND VPMQMDQSDP NDPKSRYDRN EIKCAVMEYM A PKEYTLRQ ...文字列: RPMNQLYPID LLTELPPPIT DLTLPPPPLV IPPERMLVPS ELSNASPDYI RSTLNAVPKN SSLLKKSKLP FGLVIRPYQH LYDDIDPPP LNEDGLIVRC RRCRSYMNPF VTFIEQGRRW RCNFCRLAND VPMQMDQSDP NDPKSRYDRN EIKCAVMEYM A PKEYTLRQ PPPATYCFLI DVSQSSIKSG LLATTINTLL QNLDSIPNHD ERTRISILCV DNAIHYFKIP LDSENNEESA DQ INMMDIA DLEEPFLPRP NSMVVSLKAC RQNIETLLTK IPQIFQSNLI TNFALGPALK SAYHLIGGVG GKIIVVSGTL PNL GIGKLQ RRNESGVVNT SKETAQLLSC QDSFYKNFTI DCSKVQITVD LFLASEDYMD VASLSNLSRF TAGQTHFYPG FSGK NPNDI VKFSTEFAKH ISMDFCMETV MRARGSTGLR MSRFYGHFFN RSSDLCAFST MPRDQSYLFE VNVDESIMAD YCYVQ VAVL LSLNNSQRRI RIITLAMPTT ESLAEVYASA DQLAIASFYN SKAVEKALNS SLDDARVLIN KSVQDILATY KKEIVV SNT AGGAPLRLCA NLRMFPLLMH SLTKHMAFRS GIVPSDHRAS ALNNLESLPL KYLIKNIYPD VYSLHDMADE AGLPVQT ED GEATGTIVLP QPINATSSLF ERYGLYLIDN GNELFLWMGG DAVPALVFDV FGTQDIFDIP IGKQEIPVVE NSEFNQRV R NIINQLRNHD DVITYQSLYI VRGASLSEPV NHASAREVAT LRLWASSTLV EDKILNNESY REFLQIMKAR ISK UniProtKB: Protein transport protein SEC24 |
-分子 #3: Small COPII coat GTPase SAR1
分子 | 名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 18.79242 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: HGKLLFLGLD NAGKTTLLHM LKNDRLATLQ PTWHPTSEEL AIGNIKFTTF DLGGHIQARR LWKDYFPEVN GIVFLVDAAD PERFDEARV ELDALFNIAE LKDVPFVILG NKIDAPNAVS EAELRSALGL LNTTGSQRIE GQRPVEVFMC SVVMRNGYLE A FQWLSQY UniProtKB: Small COPII coat GTPase SAR1 |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GNP |
---|---|
分子量 | 理論値: 522.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-GNP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-6gni: |