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Yorodumi- PDB-1uiu: Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1uiu | ||||||
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Title | Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein NikA from Escherichia coli (Nickel unliganded form) | ||||||
Components | Nickel-binding periplasmic protein | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Nickel binding protein / Nickel unliganded form / Crytsal structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / heme binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Heddle, J. / Scott, D.J. / Unzai, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli Authors: Heddle, J. / Scott, D.J. / Unzai, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1uiu.cif.gz | 216 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1uiu.ent.gz | 172 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1uiu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/1uiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/1uiu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56389.801 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q361R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: NikA / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P33590 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44B2 / Wavelength: 0.9793, 0.9797, 0.9824 | ||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jan 20, 2003 / Details: mirrors | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.85→20 Å / Num. all: 206476 / Num. obs: 81622 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.5 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / % possible all: 78.6 | ||||||||||||
Reflection | *PLUS Num. measured all: 206476 | ||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 78.6 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.85→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.027 / SU ML: 0.119 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.154 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.078 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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