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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBY6
試料Leishmania braziliensis Mitochondrial heat shock protein 70 (LbmtHSP70)
  • Mitochondrial heat shock protein 70 (protein), LbmtHsp70, Leishmania braziliensis
生物種Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
引用ジャーナル: Arch Biochem Biophys / : 2017
タイトル: Structural and functional studies of the Leishmania braziliensis mitochondrial Hsp70: Similarities and dissimilarities to human orthologues.
著者: Paulo R Dores-Silva / Letícia S Nishimura / Vanessa T R Kiraly / Júlio C Borges /
要旨: Heat shock protein 70 kDa (Hsp70) is a conserved molecular chaperone family involved in several functions related to protein homeostasis. In eukaryotes, Hsp70 homologues are found in all cell ...Heat shock protein 70 kDa (Hsp70) is a conserved molecular chaperone family involved in several functions related to protein homeostasis. In eukaryotes, Hsp70 homologues are found in all cell compartments. The mitochondrial Hsp70 isoform (mtHsp70) is involved in import of mitochondrial matrix proteins as well as their folding and maturation. Moreover, mtHsp70 has the propensity to self-aggregate, and it depends on the action of the co-chaperone Hsp70-escort protein 1 (Hep1) to be produced functional. Here, we analyze the solution structure and function of mtHsp70 of Leishmania braziliensis (LbmtHsp70). This recombinant protein was obtained folded, in the monomeric state and it has an elongated shape. We observed that LbmtHsp70 suffers thermal aggregation that depends on the protein concentration and is composed of domains with different thermal stabilities. LbmtHsp70 interacted with adenosine nucleotides with a thermodynamic signature different from those reported for human orthologues and interacted, driven by both enthalpy and entropy, with L. braziliensis Hep1 (LbHep1) with a nanomolar dissociation constant. Moreover, LbHep1 stimulated the LbmtHsp70 ATPase activity. Since little is known about mitochondrial Hsp70, particularly in protozoa, we believe that our data are of interest for understanding protozoan Hsp70 machinery.
登録者
  • Júlio Borges (Instituto de Química de São Carlos, São Carlos - SP - Brasil)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #641
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 1.507 / P-value: 0.401000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Leishmania braziliensis Mitochondrial heat shock protein 70 (LbmtHSP70)
試料濃度: 0.50-0.50
バッファ名称: Tris-HCl 25 mM, 50 mM NacL, 5 mM KCl, 5 mM sodium phosphate, 2 mM B-mercaptoethanol
pH: 7.5
要素 #410名称: LbmtHsp70 / タイプ: protein / 記述: Mitochondrial heat shock protein 70 / 分子量: 70.902 / 分子数: 1 / 由来: Leishmania braziliensis
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MESQKVTGDV IGVDLGTTYS CVATMDGDKA RVLENSEGFR TTPSVVAFKG SEKLVGLAAK RQAITNPQST FYAVKRLIGR RFEDEHIQRD IKNVPYKIVR AGNGDAWVQD GNGKQYSPSQ VGAFVLEKMK ETAQNFLGHT VSNAVVTCPA ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MESQKVTGDV IGVDLGTTYS CVATMDGDKA RVLENSEGFR TTPSVVAFKG SEKLVGLAAK RQAITNPQST FYAVKRLIGR RFEDEHIQRD IKNVPYKIVR AGNGDAWVQD GNGKQYSPSQ VGAFVLEKMK ETAQNFLGHT VSNAVVTCPA YFNDAQRQAT KDAGTIAGLN VIRVVNEPTA AALAYGMDKT KDSLIAVYDL GGGTFDISVL EIAGGVFEVK ATNGDTHLGG EDFDLALSDY ILEEFRKTSG IDLSKERMAL QRVREAAEKA KCELSSAMET EVNLPFITAN ADGAQHIQMH ISRSKFEGIT TRLIERSIAP CKQCIKDAGV ELKEINDVVL VGGMTRMPKV VEEVKRFFQK EPFRGVNPDE AVALGAATLG GVLRGDVKGL VLLDVTPLSL GIETLGGVFT RMIPKNTTIP TKKSQTFSTA ADNQTQVGIK VFQGEREMAA DNQMMGQFDL VGIPPAPRGV PQVEVTFDID ANGICHVTAK DKATGKTQNI TITAHGGLSK EQIEQMVRDS EQHAEADRVK RELVEARNNA ETQLTTAERQ LGEWKYVSDA EKENVKTHVA ELRKAMENPN VAKDDLVAAT DKLQKAVMEC GRTEYQQAAA ANSGSSSNSG EQQQQQQQSS EKN

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実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS1 Beamline
地域: Campinas / : Brazil / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1488 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1 mm
検出器名称: Pilatus 300K / タイプ: 20Hz
スキャン
タイトル: Leishmania braziliensis Mitochondrial heat shock p
測定日: 2012年6月22日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 60 sec. / フレーム数: 5 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0193 0.3508
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 265 /
MinMax
Q0.01934 0.3508
P(R) point1 265
R0 140
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardStandard errorPorod
分子量76 kDa76 kDa8 74 kDa
体積---118 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.02592 0.0001413 0.025262101 0.0025
慣性半径, Rg 3.779 nm0.032 3.63 nm0.2

MinMaxError
D-14 1
Guinier point1 14 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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