SASDAE4: C-terminal CtBP3 (C-term part CtBP3, C-term CtBP3)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDAE4

試料

C-terminal CtBP3

• C-term part CtBP3 (protein), C-term CtBP3

• 引用: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2006; タイトル: The C-terminal domain of the transcriptional corepressor CtBP is intrinsically unstructured.; 著者: Marco Nardini / Dmitri Svergun / Peter V Konarev / Stefania Spanò / Mauro Fasano / Chiara Bracco / Alessandra Pesce / Alessandra Donadini / Claudia Cericola / Francesco Secundo / Alberto Luini / Daniela Corda / Martino Bolognesi / ; 要旨: C-terminal binding proteins (CtBPs) are moonlighting proteins involved in nuclear transcriptional corepression and in Golgi membrane tubule fission. Structural information on CtBPs is available for their substrate-binding domain, responsible for transcriptional repressor recognition/binding, and for the nucleotide-binding domain, involved in NAD(H)-binding and dimerization. On the contrary, little is known about the structure of CtBP C-terminal region ( approximately 90 residues), hosting sites for post-translational modifications. In the present communication we apply a combined approach based on bioinformatics, nuclear magnetic resonance, circular dichroism spectroscopy, and small-angle X-ray scattering, and we show that the CtBP C-terminal region is intrinsically unstructured in the full-length CtBP and in constructs lacking the substrate- and/or the nucleotide-binding domains. The flexible nature of this protein region, and its structural transitions, may be instrumental for CtBP recognition and binding to diverse molecular partners.

登録者

• Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #59: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: Dammin / 対称性: P2 / カイ2乗値: 3.2041; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #60: ; タイプ: mix / ソフトウェア: Bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: P2 / カイ2乗値: 2.4025; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: C-terminal CtBP3 / Sample MW: 52 kDa / 試料濃度: 2.00-8.00
• バッファ: 名称: 25 mM Tris/HCl / pH: 8 / 組成: 250 mM NaCl

要素 #54

名称: C-term CtBP3 / タイプ: protein / 記述: C-term part CtBP3 / 分子量: 26.5 / 分子数: 2
配列:

HHHHHHMSGV RPPIMNGPMH PRPLVALLDG RDTVEMPILK DVATVAFCDA QSTQEIHEKV LNEAVGALMY HTITLTREDL EKFKALRIIV RIGSGFDNID IKSAGDLGIA VCNVPAASGS SWYSEQASIE MREEAAREIR RAITGRIPDS LKNCVNKDHL TAATHWASMD PAVVHPELNG AAYSRYPPGV VSVAPTGIPA AVEGIVPSAM SLSHGLPPVA HPPHAPSPGQ TVKPEADRDH TTDQL

実験情報

• ビーム: 設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン
• 検出器: 名称: MAR 345 Image Plate

スキャン

タイトル: C-terminal part CtBP3 / 測定日: 2004年11月18日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1608	4.485

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 498 /

	Min	Max
Q	0.1411	4.483
P(R) point	1	498
R	0	20

結果

カーブのタイプ: single_conc /

	実験値	Porod
分子量	56 kDa	-
体積	-	126 nm3

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	101	10500
慣性半径, Rg	5.6 nm	5.5 nm

	Min	Max
D	-	20
Guinier point	1	18