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万見
- SASDB95: Shigella outer membrane protein IcsA autotransporter -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB95
試料Shigella outer membrane protein IcsA autotransporter
  • Outer membrane protein IcsA (53-758) (protein), IcsA, Shigella flexneri
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cell-to-cell migration in host / cell tip / cell outer membrane / periplasmic space / cell adhesion / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / VirG insertion domain (VID) / Autotransporter-associated beta strand repeat / Autochaperone domain type 1 / Passenger-associated-transport-repeat / Autochaperone Domain Type 1 / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain ...: / VirG insertion domain (VID) / Autotransporter-associated beta strand repeat / Autochaperone domain type 1 / Passenger-associated-transport-repeat / Autochaperone Domain Type 1 / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane autotransporter IcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
引用日付: 2016 Nov 23
タイトル: The Shigella Virulence Factor IcsA Relieves N-WASP Autoinhibition by Displacing the VCA Domain
著者: Mauricio R / Jeffries C / Svergun D
登録者
  • Cy M Jeffries
  • Janet Deane
  • Rui Mauricio

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #558
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 3.40 A / カイ2乗値: 1.858 / P-value: 0.841000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #559
タイプ: dummy / ソフトウェア: GASBOR / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.86 / P-value: 0.841000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Shigella outer membrane protein IcsA autotransporter
バッファ名称: Tris / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 3% v/v glycerol
要素 #385名称: IcsA / タイプ: protein / 記述: Outer membrane protein IcsA (53-758) / 分子量: 72.476 / 分子数: 1 / 由来: Shigella flexneri / 参照: UniProt: Q7BCK4
配列: TPLSGTQELH FSEDNYEKLL TPVDGLSPLG AGEDGMDAWY ITSSNPSHAS RTKLRINSDI MISAGHGGAG DNNDGNSCGG NGGDSITGSD LSIINQGMIL GGSGGSGADH NGDGGEAVTG DNLFIINGEI ISGGHGGDSY SDSDGGNGGD AVTGVNLPII NKGTISGGNG ...配列:
TPLSGTQELH FSEDNYEKLL TPVDGLSPLG AGEDGMDAWY ITSSNPSHAS RTKLRINSDI MISAGHGGAG DNNDGNSCGG NGGDSITGSD LSIINQGMIL GGSGGSGADH NGDGGEAVTG DNLFIINGEI ISGGHGGDSY SDSDGGNGGD AVTGVNLPII NKGTISGGNG GNNYGEGDGG NGGDAITGSS LSVINKGTFA GGNGGAAYGY GYDGYGGNAI TGDNLSVINN GAILGGNGGH WGDAINGSNM TIANSGYIIS GKEDDGTQNV AGNAIHITGG NNSLILHEGS VITGDVQVNN SSILKIINND YTGTTPTIEG DLCAGDCTTV SLSGNKFTVS GDVSFGENSS LNLAGISSLE ASGNMSFGNN VKVEAIINNW AQKDYKLLSA DKGITGFSVS NISIINPLLT TGAIDYTKSY ISDQNKLIYG LSWNDTDGDS HGEFNLKENA ELTVSTILAD NLSHHNINSW DGKSLTKSGE GTLILAEKNT YSGFTNINAG ILKMGTVEAM TRTAGVIVNK GATLNFSGMN QTVNTLLNSG TVLINNINAP FLPDPVIVTG NMTLEKNGHV ILNNSSSNVG QTYVQKGNWH GKGGILSLGA VLGNDNSKTD RLEIAGHASG ITYVAVTNEG GSGDKTLEGV QIISTDSSDK NAFIQKGRIV AGSYDYRLKQ GTVSGLNTNK WYLTSQMDNQ ESKQMSNQES TQMSSR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Outer membrane protein IcsA autotransporter / 測定日: 2016年5月18日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 119 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.076 3.0088
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 932 /
MinMax
Q0.0760164 2.67152
P(R) point1 932
R0 13.22
結果
カーブのタイプ: other
コメント: The bead models displayed for IcsA are individual/representative low-resolution structural examples calculated using DAMMIN or GASBOR. A cohort of individual GASBOR and DAMMIN models ...コメント: The bead models displayed for IcsA are individual/representative low-resolution structural examples calculated using DAMMIN or GASBOR. A cohort of individual GASBOR and DAMMIN models are supplied in the full entry zip archive and include the average DAMMIN-based spatial representation of IcsA in solution (damfilt.pdb; NSD = 0.7). Individual reduced SEC-SAXS data frames/blocks and Rg/I(0) analysis through the IcsA elution peak are included in the full entry zip archive.
実験値Porod
分子量65 kDa65 kDa
体積-103 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.7582 0.0022 0.75 0.0022
慣性半径, Rg 3.76 nm0.02 3.65 nm0.02

MinMax
D-13.22
Guinier point6 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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