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- PDB-2ivd: Structure of protoporphyrinogen oxidase from Myxococcus xanthus w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ivd
タイトルStructure of protoporphyrinogen oxidase from Myxococcus xanthus with acifluorfen
要素PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASEプロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE (プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ) / PORPHYRIN BIOSYNTHESIS / CHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / HAEM BIOSYNTHESIS / HEME BIOSYNTHESIS (ヘム) / FAD / PORPHYRIA (ポルフィリン症) / ACIFLUORFEN (アシフルオルフェン) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ / oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 / Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 / プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ACJ / フラビンアデニンジヌクレオチド / Chem-TWN / プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種MYXOCOCCUS XANTHUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Protoporphyrinogen Oxidase from Myxococcus Xanthus and its Complex with the Inhibitor Acifluorfen.
著者: Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R.
履歴
登録2006年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE
B: PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,90312
ポリマ－100,7932
非ポリマー3,10910
水5,188288
1
A: PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7285
ポリマ－50,3971
非ポリマー1,3314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1757
ポリマ－50,3971
非ポリマー1,7786
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)148.918, 148.918, 131.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.67442, 0.73827, 0.01116), (0.73823, 0.6745, -0.00818), (-0.01357, 0.00272, -0.9999)
ベクター: 124.69347, -54.60908, 112.24957)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE / プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ / PPO / PPOX


分子量: 50396.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MYXOCOCCUS XANTHUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P56601, プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ

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非ポリマー , 5種, 298分子

#2: 化合物 ChemComp-ACJ / 5-[2-CHLORO-4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENOXY]-2-NITROBENZOIC ACID / アシフルオルフェン


分子量: 361.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H7ClF3NO5
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TWN / (3S)-3-[(2S,3S,4R)-3,4-DIMETHYLTETRAHYDROFURAN-2-YL]BUTYL LAURATE


分子量: 354.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYZES THE 6-ELECTRON OXIDATION OF PROTOPORPHYRINOGEN IX TO FORM PROTOPORPHYRIN IX.
配列の詳細THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE ...THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M TRIS/HCL PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULPHATE, 20% GLYCEROL, 1% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.4 Å / Num. obs: 55419 / % possible obs: 75.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 46.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.3→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.202 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 87-93 IN BOTH MOLECULES COULD NOT BE MODELLED VERY ACCURATELY DUE TO LOTS OF NOISE IN THE MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1748 3.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.235 55419 86.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 0 209 288 7129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4872.0069402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5645893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.04121.722273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.733151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5451577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.22968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.24566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.54531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91826975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10332723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8354.52427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.5 94
Rwork0.365 2942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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