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万見
- SASDAC4: FilaminC 23-24 (Filamin C 23-24) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAC4
試料FilaminC 23-24
  • Filamin C 23-24 (protein), FilaminC 23-24, Escherichia coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human filamin C domain 23 and small angle scattering model for filamin C 23-24 dimer.
著者: Ljiljana Sjekloća / Regina Pudas / Björn Sjöblom / Peter Konarev / Oliviero Carugo / Vladimir Rybin / Tiila-Riikka Kiema / Dmitri Svergun / Jari Ylänne / Kristina Djinović Carugo /
要旨: Filamin C is a dimeric, actin-binding protein involved in organization of cortical cytoskeleton and of the sarcomere. We performed crystallographic, small-angle X-ray scattering and analytical ...Filamin C is a dimeric, actin-binding protein involved in organization of cortical cytoskeleton and of the sarcomere. We performed crystallographic, small-angle X-ray scattering and analytical ultracentrifugation experiments on the constructs containing carboxy-terminal domains of the protein (domains 23-24 and 19-21). The crystal structure of domain 23 of filamin C showed that the protein adopts the expected immunoglobulin (Ig)-like fold. Small-angle X-ray scattering experiments performed on filamin C tandem Ig-like domains 23 and 24 reveal a dimer that is formed by domain 24 and that domain 23 has little interactions with itself or with domain 24, while the analytical ultracentrifugation experiments showed that the filamin C domains 19-21 form elongated monomers in diluted solutions.
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #55
タイプ: dummy / ソフトウェア: Dammin / 対称性: P2 / カイ2乗値: 9.972964
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モデル #56
タイプ: mix / ソフトウェア: Bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 19.7136
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: FilaminC 23-24 / Sample MW: 40 kDa / 試料濃度: 5.00-21.00
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl / pH: 8 / 組成: NaCl 50.000 mM
要素 #52名称: FilaminC 23-24 / タイプ: protein / 記述: Filamin C 23-24 / 分子量: 20 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli
配列: AGDPGLVSAY GPGLEGGTTG VSSEFIVNTL NAGSGALSVT IDGPSKVQLD CRECPEGHVV TYTPMAPGNY LIAIKYGGPQ HIVGSPFKAK VTGPRLSGGH SLHETSTVLV ETVTKSSSSR GSSYSSIPKF SAMGSDASKV VTRGPGLSQA FVGQKNSFTV DCSKAGTNMM ...配列:
AGDPGLVSAY GPGLEGGTTG VSSEFIVNTL NAGSGALSVT IDGPSKVQLD CRECPEGHVV TYTPMAPGNY LIAIKYGGPQ HIVGSPFKAK VTGPRLSGGH SLHETSTVLV ETVTKSSSSR GSSYSSIPKF SAMGSDASKV VTRGPGLSQA FVGQKNSFTV DCSKAGTNMM MVGVHGPKTP CEEVYVKHMG NRVYNVTYTV KEKGDYILIV KWGDESVPGS PFKVKVP

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: Filamin C 23-24 / 測定日: 2005年6月17日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1893 4.5815
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 480 /
MinMax
Q0.1916 4.581
P(R) point10 489
R0 13
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量42 kDa-
体積-75 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I0121 122
慣性半径, Rg 3.53 nm3.5 nm

MinMax
D-13
Guinier point1 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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