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- PDB-3r85: Crystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r85
タイトルCrystal structure of human SOUL BH3 domain in complex with Bcl-xL
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Heme-binding protein 2
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2-like protein / Inhibitor of cell death / SOUL protein
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / RAS processing / azurophil granule lumen / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / heme binding / centrosome / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SOUL haem-binding protein / SOUL heme-binding protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. ...SOUL haem-binding protein / SOUL heme-binding protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Heme-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ambrosi, E.K. / Capaldi, S. / Bovi, M. / Saccomani, G. / Perduca, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structural changes in the BH3 domain of SOUL protein upon interaction with the anti-apoptotic protein Bcl-xL.
著者: Ambrosi, E. / Capaldi, S. / Bovi, M. / Saccomani, G. / Perduca, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2-like protein 1
E: Heme-binding protein 2
F: Heme-binding protein 2
G: Heme-binding protein 2
H: Heme-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1129
ポリマ－83,0168
非ポリマー961
水3,099172
1
A: Bcl-2-like protein 1
E: Heme-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8503
ポリマ－20,7542
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
2
B: Bcl-2-like protein 1
F: Heme-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7542
ポリマ－20,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
3
C: Bcl-2-like protein 1
G: Heme-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7542
ポリマ－20,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
4
D: Bcl-2-like protein 1
H: Heme-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7542
ポリマ－20,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.830, 66.830, 175.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17788.781 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-209 with the deletion of residues 27-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド
Heme-binding protein 2 / Placental protein 23 / PP23 / Protein SOUL


分子量: 2965.315 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 147 to 172 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5Z4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium sulphate, 15% PEG 6000, 0.3M 1-butyl-3-methylimidazolium 2-(2-methoxyethoxy)ethyl sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9769 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射モノクロメーター: liquid-nitrogen-cooled channel-cut silicon [111] monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9769 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.503
反射解像度: 1.95→53.1 Å / Num. all: 54709 / Num. obs: 54709 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXJ

2yxj


解像度: 1.95→36.737 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2634 2802 5.12 %Random
Rwork0.211 ---
all0.2143 54709 --
obs0.2143 54700 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.97 Å2 / ksol: 0.421 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3523 Å2-0 Å20 Å2
2---3.3523 Å2-0 Å2
3---6.7046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 5 172 5309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1247095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1871869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98290.32291310.30612519X-RAY DIFFRACTION90
1.9829-2.01890.32451460.28882602X-RAY DIFFRACTION92
2.0189-2.05770.31461310.28172547X-RAY DIFFRACTION93
2.0577-2.09970.31461430.27462607X-RAY DIFFRACTION93
2.0997-2.14530.34631340.28042576X-RAY DIFFRACTION93
2.1453-2.19520.28681440.25922581X-RAY DIFFRACTION93
2.1952-2.250.29491500.25882605X-RAY DIFFRACTION93
2.25-2.31080.25681220.26462605X-RAY DIFFRACTION94
2.3108-2.37870.31281320.25342593X-RAY DIFFRACTION94
2.3787-2.45540.28731510.24472587X-RAY DIFFRACTION93
2.4554-2.54310.33311670.24712556X-RAY DIFFRACTION92
2.5431-2.64480.28091430.24252603X-RAY DIFFRACTION93
2.6448-2.7650.27961330.22632623X-RAY DIFFRACTION94
2.765-2.91050.26591330.21432608X-RAY DIFFRACTION94
2.9105-3.09250.24561480.20722594X-RAY DIFFRACTION93
3.0925-3.33060.23071570.19942624X-RAY DIFFRACTION93
3.3306-3.66470.22771210.16442634X-RAY DIFFRACTION94
3.6647-4.19230.19281350.14932620X-RAY DIFFRACTION94
4.1923-5.2720.23551380.15072607X-RAY DIFFRACTION93
5.272-23.44280.28161290.21852591X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.6976 Å / Origin y: 36.4093 Å / Origin z: 96.1212 Å
111213212223313233
T0.0598 Å2-0.005 Å20.0183 Å2-0.0493 Å20.0206 Å2--0.0633 Å2
L0.0481 °2-0.0047 °2-0.0037 °2-0.0316 °2-0.0162 °2---0.0053 °2
S0.0071 Å °0.0014 Å °0.0153 Å °0.0291 Å °-0.0195 Å °0.0121 Å °-0.0022 Å °0.0028 Å °0.0046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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