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万見
- SASDBQ3: Middle East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus nucleocapsid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBQ3
試料Middle East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus nucleocapsid N-Protein (N-terminal domain 1-164)
  • Middle East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus nucleocapsid N-Protein (N-terminal domain 1-164) (protein), MERS N-Protein, Middle East respiratory syndrome coronavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of the N-terminal part of the MERS-CoV nucleocapsid by X-ray diffraction and small-angle X-ray scattering.
著者: Nicolas Papageorgiou / Julie Lichière / Amal Baklouti / François Ferron / Marion Sévajol / Bruno Canard / Bruno Coutard /
要旨: The N protein of coronaviruses is a multifunctional protein that is organized into several domains. The N-terminal part is composed of an intrinsically disordered region (IDR) followed by a ...The N protein of coronaviruses is a multifunctional protein that is organized into several domains. The N-terminal part is composed of an intrinsically disordered region (IDR) followed by a structured domain called the N-terminal domain (NTD). In this study, the structure determination of the N-terminal region of the MERS-CoV N protein via X-ray diffraction measurements is reported at a resolution of 2.4 Å. Since the first 30 amino acids were not resolved by X-ray diffraction, the structural study was completed by a SAXS experiment to propose a structural model including the IDR. This model presents the N-terminal region of the MERS-CoV as a monomer that displays structural features in common with other coronavirus NTDs.
登録者
  • Nicolas Papageorgiou (CNRS, AFMB UMR 7257, 13288 Marseille, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #453
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF (r4556) / ダミー原子の半径: 1.70 A / カイ2乗値: 0.408 / P-value: 0.015000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #454
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.509
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #455
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.509
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #456
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.509
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試料

試料名称: Middle East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus nucleocapsid N-Protein (N-terminal domain 1-164)
試料濃度: 0.21-3.06
バッファ名称: HEPES / 濃度: 10.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 300 mM NaCl
要素 #303名称: MERS N-Protein / タイプ: protein
記述: Middle East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus nucleocapsid N-Protein (N-terminal domain 1-164)
分子量: 17.788 / 分子数: 1 / 由来: Middle East respiratory syndrome coronavirus / 参照: UniProt: T2B9R0
配列:
MASPAAPRAV SFADNNDITN TNLSRGRGRN PKPRAAPNNT VSWYTGLTQH GKVPLTFPPG QGVPLNANST PAQNAGYWRR QDRKINTGNG IKQLAPRWYF YYTGTGPEAA LPFRAVKDGI VWVHEDGATD APSTFGTRNP NNDSAIVTQF APGTKLPKNF HIEG

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.93 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: MERS N-Protein / 測定日: 2015年10月5日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0364 4.9745
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 974 /
MinMax
Q0.159595 4.77073
P(R) point1 974
R0 8
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量24.1 kDa-
体積-27.5 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I026.8 26.5
慣性半径, Rg 2.04 nm1.95 nm

MinMax
D-8
Guinier point19 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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