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万見
- SASDB72: Death associated protein kinase (Basic Loop mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB72
試料Death associated protein kinase (Basic Loop mutant)
  • Death associated protein kinase (Basic Loop mutant) (protein), hDAPK2 BL mutant, Homo sapiens
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用年: 2016
タイトル: Death-Associated Protein Kinase Activity Is Regulated by Coupled Calcium/Calmodulin Binding to Two Distinct Sites
著者: Simon B / Huart A / Temmerman K / Vahokoski J / Mertens H / Komadina D / Hoffmann J / Yumerefendi H / Svergun D / Kursula P / Schultz C / McCarthy A / Hart D
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #388
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: Dimer component PDB 2A2A:AB / カイ2乗値: 0.97
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #389
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: Monomer component PDB 2A2A:A / カイ2乗値: 0.97
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Death associated protein kinase (Basic Loop mutant) / Dry vol: 45000 / 試料濃度: 2 mg/ml
バッファ名称: 50 mM HEPES 250 mM NaCl 5mM CaCl2 0.25 mM TCEP 5% (v/v) glycerol
濃度: 50.00 mM / pH: 7.5
組成: 250 mM NaCl, 5mM CaCl2, 0.25 mM TCEP, 5% [v/v] glycerol
要素 #253名称: hDAPK2 BL mutant / タイプ: protein / 記述: Death associated protein kinase (Basic Loop mutant) / 分子量: 37.3 / 由来: Homo sapiens
配列: GPMSEPFKQQ KVEDFYDIGE ELGSGQFAIV KKCREKSTGL EYAAKFIKKE QSEASEEGVS REEIEREVSI LRQVLHHNVI TLHDVYENRT DVVLILELVS GGELFDFLAQ KESLSEEEAT SFIKQILDGV NYLHTKKIAH FDLKPENIML LDKNIPIPHI KLIDFGLAHE ...配列:
GPMSEPFKQQ KVEDFYDIGE ELGSGQFAIV KKCREKSTGL EYAAKFIKKE QSEASEEGVS REEIEREVSI LRQVLHHNVI TLHDVYENRT DVVLILELVS GGELFDFLAQ KESLSEEEAT SFIKQILDGV NYLHTKKIAH FDLKPENIML LDKNIPIPHI KLIDFGLAHE IEDGVEFKNI FGTPEFVAPE IVNYEPLGLE ADMWSIGVIT YILLSGASPF LGDTKQETLA NITSVSYDFD EEFFSHTSEL AKDFIRKLLV KETRKRLTIQ EALRHPWITP VDNQQAMVRR ESVVNLENFR KQYVRRRWKL SFSIVSLCNH LTR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: hDAPK2 Basic Loop mutant / 測定日: 2013年12月18日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0275 4.4504
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1153 /
MinMax
Q0.151205 3.18224
P(R) point1 1153
R0 7.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Characterisation of mutation of basic loop residues (R47E, R50E, R53E, R54E) on dimer formation of hDAPK2
実験値PorodEstimated
分子量32 kDa46 kDa-
体積-78 nm345000

P(R)Guinier
前方散乱 I0617 623
慣性半径, Rg 2.3 nm2.4 nm

MinMax
D-75
Guinier point48 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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