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万見
- SASDG26: Wild type 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG26
試料Wild type 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
  • 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (protein), HTPA synthase, Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
登録者
  • Trushar Patel (University of Lethbridge, Lethbridge, AB, Canada)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3806
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r9678)) / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 1.884
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #3850
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.884
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Wild type 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 試料濃度: 10 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl / pH: 8
要素 #1896名称: HTPA synthase / タイプ: protein / 記述: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 分子量: 32.67 / 分子数: 4
由来: Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168)
参照: UniProt: Q9PPB4
配列: MDKNIIIGAM TALITPFKNG KVDEQSYARL IKRQIENGID AVVPVGTTGE SATLTHEEHR TCIEIAVETC KGTKVKVLAG AGSNATHEAV GLAKFAKEHG ADGILSVAPY YNKPTQQGLY EHYKAIAQSV DIPVLLYNVP GRTGCEISTD TIIKLFRDCE NIYGVKEASG ...配列:
MDKNIIIGAM TALITPFKNG KVDEQSYARL IKRQIENGID AVVPVGTTGE SATLTHEEHR TCIEIAVETC KGTKVKVLAG AGSNATHEAV GLAKFAKEHG ADGILSVAPY YNKPTQQGLY EHYKAIAQSV DIPVLLYNVP GRTGCEISTD TIIKLFRDCE NIYGVKEASG NIDKCVDLLA HEPRMMLISG EDAINYPILS NGGKGVISVT SNLLPDMISA LTHFALDENY KEAKKINDEL YNINKILFCE SNPIPIKTAM YLAGLIESLE FRLPLCSPSK ENFAKIEEVM KKYKIKGF

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Didcot / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Wild type 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
測定日: 2017年8月2日 / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 619 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0062 0.3898
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1442 /
MinMax
Q0.0193168 0.348511
P(R) point1 1442
R0 90
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The models displayed in this entry represent: Top, the averaged (DAMFILT) model obtained from the spatial alignment of several individual DAMMIF models (volume and bead occupancy ...コメント: The models displayed in this entry represent: Top, the averaged (DAMFILT) model obtained from the spatial alignment of several individual DAMMIF models (volume and bead occupancy corrected) and; Bottom, an individual DAMMIF model representative and corresponding fit. Additional individual DAMMIF models (in P1 symmetry) are provided in the full entry zip archive.
実験値Porod
分子量124 kDa120 kDa
体積-188 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.06733 4.0E-5 0.068 5.0E-5
慣性半径, Rg 3.28 nm0.06 3.37 nm0.01

MinMax
D-9
Guinier point22 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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