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万見
- SASDGW4: Model of the LZ1 domain of C-Jun-amino-terminal kinase-interactin... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGW4
試料Model of the LZ1 domain of C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 (JIP3)
  • C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 (protein), JIP3, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / axon regeneration / axon development / kinesin binding / regulation of JNK cascade / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / positive regulation of JNK cascade ...anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / axon regeneration / axon development / kinesin binding / regulation of JNK cascade / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / positive regulation of JNK cascade / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / growth cone / cytoplasmic vesicle / protein stabilization / Golgi membrane / axon / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD40 repeated domain / JNK-interacting protein, leucine zipper II / JNK-interacting protein 3/4 / JNK-interacting protein leucine zipper II / JNK/Rab-associated protein-1, N-terminal / RILP homology 1 domain / RH1 domain / RH2 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. ...WD40 repeated domain / JNK-interacting protein, leucine zipper II / JNK-interacting protein 3/4 / JNK-interacting protein leucine zipper II / JNK/Rab-associated protein-1, N-terminal / RILP homology 1 domain / RH1 domain / RH2 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Paola Llinas (I2BC-CNRS, Paris, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2988
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.543
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Model of the LZ1 domain of C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 (JIP3)
試料濃度: 6 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP / pH: 7.1
要素 #1617名称: JIP3 / タイプ: protein / 記述: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 / 分子量: 20.016 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UPT6
配列:
GSVMSERVSG LAGSIYREFE RLIHCYDEEV VKELMPLVVN VLENLDSVLS ENQEHEVELE LLREDNEQLL TQYEREKALR RQAEEKFIEF EDALEQEKKE LQIQVEHYEF QTRQLELKAK NYADQISRLE ERESEMKKEY NALHQRHTEM IQTYVEHIER SKMQQV

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: Model of the LZ1 domain of C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 (JIP3)
測定日: 2018年9月22日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 0.99 sec. / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0049 0.8167
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1194 /
MinMax
Q0.00851413 0.730068
P(R) point1 1194
R0 198
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量33.4 kDa-
体積-84 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.03848 0.038 0.00013
慣性半径, Rg 5.39 nm5.01 nm0.32

MinMax
D-19.8
Guinier point11 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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