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万見
- SASDF94: Insulin glulisine (Apidra), oligomeric composition -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF94
試料Insulin glulisine (Apidra), oligomeric composition
  • Insulin glulisine (protein)
引用日付: 2019 Jul
タイトル: The quaternary structure of insulin glargine and glulisine under formulation conditions
著者: Nagel N / Graewert M / Gao M / Heyse W / Jeffries C / Svergun D
登録者
  • Melissa Graewert (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2919
タイプ: atomic / コメント: monomeric unit / カイ2乗値: 1.03 / P-value: 0.574548
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モデル #2920
タイプ: atomic / コメント: dimeric unit / カイ2乗値: 1.03 / P-value: 0.574548
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モデル #2921
タイプ: atomic / コメント: hexameric unit / カイ2乗値: 1.03 / P-value: 0.574548
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モデル #2922
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.03 / P-value: 0.574548
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試料

試料名称: Insulin glulisine (Apidra), oligomeric composition / 試料濃度: 3.49 mg/ml
バッファ名称: Apidra formulation (per ml: 5 mg Sodium chloride, 3.15 mg m-Cresol, 6 mg Trometamol, 0.01 mg Polysorbate 20)
pH: 7.3
要素 #1567タイプ: protein / 記述: Insulin glulisine / 分子量: 5.811 / 分子数: 6
配列:
GIVEQCCTSI CSLYQLENYC NFVKQHLCGS HLVEALYLVC GERGFFYTPE T

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1241 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Insulin glulisine (Apidra), oligomeric composition
測定日: 2017年4月20日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0095 0.5034
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1225 /
MinMax
Q0.0097679 0.346554
P(R) point1 1225
R0 76.22
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Here, Apidra measured at 3.49 mg/ml is displayed (formulation concentration). Measurements from 2 dilutions in placebo have been deposited in addition. Mixture analysis of the ...コメント: Here, Apidra measured at 3.49 mg/ml is displayed (formulation concentration). Measurements from 2 dilutions in placebo have been deposited in addition. Mixture analysis of the scattering profiles was performed with the program Oligomer. The SAXS data show that Apidra® primarily consists of hexamers, which dissociate into monomers upon dilution. The presence of dimers was not required to fit the experimental data, and their volume fraction was always essentially zero. A small volume fraction is, however, also made up by larger dodecameric species. The distribution between monomer, dimer, hexamer and dodecamer is documented in the logfile. Calculation of the form factors is based on an internal model (Apidra.pdb) for hexamers and 3W80.pdb for dodecamers.
実験値StandardStandard error
分子量34 kDa34 kDa5

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I062680 62549.3 147.88
慣性半径, Rg 2.33 nm2.31 nm0.2

MinMax
D-7.62
Guinier point2 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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