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万見
- SASDED9: Relaxase domain of TraI (Relaxase (Tra_2) domain of TraI, Tra_2) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDED9
試料Relaxase domain of TraI
  • Relaxase (Tra_2) domain of TraI (protein), Tra_2, Neisseria gonorrhoeae
機能・相同性Uncharacterised domain, helicase/relaxase, putative / Putative helicase / Putative conjugal transfer nickase/helicase TraI, C-terminal / Putative conjugal transfer nickase/helicase TraI C-term / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / TraI
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
引用日付: 2019 Jul 5
タイトル: DNA processing by the MOBH family relaxase TraI encoded within the gonococcal genetic island
著者: Heilers J / Reiners J / Heller E / Golzer A / Smits S
登録者
  • Jens Reiners (Heinrich Heine University Düsseldorf, Düsseldorf, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2744
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 3.12 / P-value: 0.000001
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2745
タイプ: atomic / 対称性: P1 / カイ2乗値: 91.005
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Relaxase domain of TraI / 試料濃度: 19.7 mg/ml
バッファ名称: 50 mM TRIS-HCl 100 mM NaCl / pH: 8
要素 #1426名称: Tra_2 / タイプ: protein / 記述: Relaxase (Tra_2) domain of TraI / 分子量: 46.027 / 分子数: 1 / 由来: Neisseria gonorrhoeae / 参照: UniProt: Q5EPC7
配列: MHHHHHHSTD SVSHNDEVAH INQNIVNDRF RILNAHELIQ VLDLSPQISG IKMNLGLSDE NWSKDALPFL EKYIAFVQRL PASESHHHAG DGGLVRHTLD VAALALVAST SQSWPPNAKT EEIAKKTAVW RYGIMCAALL HDVGKTVTGF QVELFDSAIS LEKLLWLPDT ...配列:
MHHHHHHSTD SVSHNDEVAH INQNIVNDRF RILNAHELIQ VLDLSPQISG IKMNLGLSDE NWSKDALPFL EKYIAFVQRL PASESHHHAG DGGLVRHTLD VAALALVAST SQSWPPNAKT EEIAKKTAVW RYGIMCAALL HDVGKTVTGF QVELFDSAIS LEKLLWLPDT GSMAESGKLY YRVEFPDAKS AYSTHAEIAW TFFQALVPSH VRQWLATTDP NLMITLRNYL SGKKDGSPLE QLIKNADMTS VSRDLRSGSR QRFSTAKRKP FIETIMETLK EMLSDRGVHF SIATTAGGDL FRKGDRIYLM SKNVPDYIRQ YLRKNQHPAA GSFPADNQRI FDTLFEYRAV IPPENDPHRA INHIEVEFTR MDGEKVRNIF SVLCFNAKTL YPDGDYPTEF LGNLSEV

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Relaxase domain of TraI / 測定日: 2018年7月11日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 1500 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0349 4.9595
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 596 /
MinMax
Q0.214518 3.02656
P(R) point1 596
R0 8.25
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: Please note: The protein contains unstructured regions that impart a level of flexibility to the overall structure in solution. As a consequence, the conformational state(s) sampled by ...コメント: Please note: The protein contains unstructured regions that impart a level of flexibility to the overall structure in solution. As a consequence, the conformational state(s) sampled by the protein differs from - and cannot be captured by - the single predicted PHYRE2 atomistic model/representation displayed in this entry (as evidenced by the poor fit of the model to the SAXS data; bottom).
実験値Porod
分子量42.07 kDa47.44 kDa
体積-60.74 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I075.59 74.67 0.07
慣性半径, Rg 2.711 nm2.64 nm0.07

MinMax
D-8.25
Guinier point39 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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