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- SASDEH3: TubR protein of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEH3
試料TubR protein of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc-TubR) bound to S48 DNA (Bc-TubR : S48 DNA complex)
  • S48 DNA strand 1 (DNA)
  • S48 DNA strand 2 (DNA)
  • TubR of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc-TubR) (protein), Bc-TubR
機能・相同性Tubulin/FtsZ family, GTPase domain protein
機能・相同性情報
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cooperative DNA Binding of the Plasmid Partitioning Protein TubR from the Bacillus cereus pXO1 Plasmid.
著者: Ikuko Hayashi / Takashi Oda / Mamoru Sato / Sotaro Fuchigami /
要旨: Tubulin/FtsZ-like GTPase TubZ is responsible for maintaining the stability of pXO1-like plasmids in virulent Bacilli. TubZ forms a filament in a GTP-dependent manner, and like other partitioning ...Tubulin/FtsZ-like GTPase TubZ is responsible for maintaining the stability of pXO1-like plasmids in virulent Bacilli. TubZ forms a filament in a GTP-dependent manner, and like other partitioning systems of low-copy-number plasmids, it requires the centromere-binding protein TubR that connects the plasmid to the TubZ filament. Systems regulating TubZ partitioning have been identified in Clostridium prophages as well as virulent Bacillus species, in which TubZ facilitates partitioning by binding and towing the segrosome: the nucleoprotein complex composed of TubR and the centromere. However, the molecular mechanisms of segrosome assembly and the transient on-off interactions between the segrosome and the TubZ filament remain poorly understood. Here, we determined the crystal structure of TubR from Bacillus cereus at 2.0-Å resolution and investigated the DNA-binding ability of TubR using hydroxyl radical footprinting and electrophoretic mobility shift assays. The TubR dimer possesses 2-fold symmetry and binds to a 15-bp palindromic consensus sequence in the tubRZ promoter region. Continuous TubR-binding sites overlap each other, which enables efficient binding of TubR in a cooperative manner. Interestingly, the segrosome adopts an extended DNA-protein filament structure and likely gains conformational flexibility by introducing non-consensus residues into the palindromes in an asymmetric manner. Together, our experimental results and structural model indicate that the unique centromere recognition mechanism of TubR allows transient complex formation between the segrosome and the dynamic polymer of TubZ.
登録者
  • Takashi Oda (Yokohama City University)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2304
タイプ: atomic
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モデル #2305
タイプ: atomic
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モデル #2307
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.) / ダミー原子の半径: 4.50 A / カイ2乗値: 0.907
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試料

試料名称: TubR protein of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc-TubR) bound to S48 DNA (Bc-TubR : S48 DNA complex)
Entity id: 1257 / 1258 / 1259
バッファ名称: 0.1 M NaCl, 10 mM Tris / pH: 8
要素 #1257タイプ: DNA / 記述: S48 DNA strand 1 / 分子量: 21.324 / 分子数: 1
配列:
ATCATACTTC GGAAATATAT ACCGAAGTAT TTACGGCTTT TATAACGGTA TTAAATTCCG TATAATGAT
要素 #1258タイプ: DNA / 記述: S48 DNA strand 2 / 分子量: 21.324 / 分子数: 1
配列:
ATCATACTTC GGAAATATAT ACCGAAGTAT TTACGGCTTT TATAACGGTA TTAAATTCCG TATAATGAT
要素 #1259名称: Bc-TubR / タイプ: protein
記述: TubR of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc-TubR)
分子量: 13.685 / 分子数: 10 / 参照: UniProt: B7JTH0
配列:
GSHMSNISMS SSEIIDVLCE NLNDGIWALR VLYAEGAMNK EKLWDYINQY HKDYQIENEK DYEGKKILPS RYALDIMTAR LEGAGLISFK AIGRVRIYDV TDLGNVLIKE LEKRVEKNN

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実験情報

ビーム設備名称: Photon Factory (PF), High Energy Accelerator Research Organization (KEK) BL-10C
地域: Tsukuba / 国: Japan / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.012 mm
検出器名称: Pilatus3 2M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: TubR protein of the pXO1-like plasmid pBc10987 from B. cereus (Bc-TubR) bound to S48 DNA (Bc-TubR : S48 DNA complex)
測定日: 2017年11月28日 / 保管温度: 8 °C / セル温度: 8 °C / 照射時間: 20 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0079 0.2781
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 757 /
MinMax
Q0.00787803 0.278135
P(R) point1 757
R0 230
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The molecular weight (MW) of the Bc-TubR : S48 DNA complex was estimated from the macromolecular volume using the method of Fischer et al. (J. Appl. Crystallogr. 43, 101–109, 2010; ...コメント: The molecular weight (MW) of the Bc-TubR : S48 DNA complex was estimated from the macromolecular volume using the method of Fischer et al. (J. Appl. Crystallogr. 43, 101–109, 2010; SAXMow program). However, the MW estimate is likely not an accurate value because the sample is a complex of protein and DNA. The theoretical SAXS curve of the molecular dynamics model was calculated as the mixture of the two models (one model contains four TubR dimers plus DNA, another model contains five TubR dimers plus DNA). For the mixed model, the fractions of each are 0.4 and 0.6, respectively. A low resolution dummy atom model was built by DAMMIF. Ten independently built models were generated, spatially aligned and then bead-occupancy and volume corrected using DAMAVER to generate an averaged spatial representation of the complex (damfilt). The the fit to the SAXS data from an individual dummy atom model from the cohort of models used to obtain the average representation is shown, specifically that with the smallest chi-square value. Sample concentration: UNKNOWN
実験値Porod
分子量249 kDa-
体積-305 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.08148 0.07952 0.0003
慣性半径, Rg 6.57 nm6.11 nm0.04

MinMax
D-23
Guinier point1 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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