SASDAJ6: WbdD(1-556) (bifunctional kinase- methyltransferase WbdD, WbdD)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDAJ6

試料

WbdD(1-556)

• bifunctional kinase- methyltransferase WbdD (protein), WbdD

• 引用: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015; タイトル: A coiled-coil domain acts as a molecular ruler to regulate O-antigen chain length in lipopolysaccharide.; 著者: Gregor Hagelueken / Bradley R Clarke / Hexian Huang / Anne Tuukkanen / Iulia Danciu / Dmitri I Svergun / Rohanah Hussain / Huanting Liu / Chris Whitfield / James H Naismith / ; 要旨: Long-chain bacterial polysaccharides have important roles in pathogenicity. In Escherichia coli O9a, a model for ABC transporter-dependent polysaccharide assembly, a large extracellular carbohydrate with a narrow size distribution is polymerized from monosaccharides by a complex of two proteins, WbdA (polymerase) and WbdD (terminating protein). Combining crystallography and small-angle X-ray scattering, we found that the C-terminal domain of WbdD contains an extended coiled-coil that physically separates WbdA from the catalytic domain of WbdD. The effects of insertions and deletions in the coiled-coil region were analyzed in vivo, revealing that polymer size is controlled by varying the length of the coiled-coil domain. Thus, the coiled-coil domain of WbdD functions as a molecular ruler that, along with WbdA:WbdD stoichiometry, controls the chain length of a model bacterial polysaccharide.

登録者

• Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #190: ; タイプ: atomic / ソフトウェア: CORAL / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.0816; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #191: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 1.90 A; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: WbdD(1-556) / Contrast: 3.047 / Dry vol: 76600 / 試料濃度: 1.00-10.00 / 濃度測定法: Nanodrop
• バッファ: 名称: BisTris / 濃度: 20.00 mM / pH: 7 / 組成: 50 mM NaCl, 5 mM DTT
• 要素 #127: 名称: WbdD / タイプ: protein / 記述: bifunctional kinase- methyltransferase WbdD / 分子量: 63.3 / 分子数: 3

実験情報

• ビーム: 設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm

スキャン

タイトル: WbdD(1-556) / 測定日: 2011年12月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1513	2.275

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 388 /

	Min	Max
Q	0.1526	2.275
P(R) point	1	388
R	0	18

結果

D max: 17 / カーブのタイプ: merged

	実験値	Standard	Porod
分子量	220 kDa	165 kDa	220 kDa
体積	-	-	380 nm3

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	144.9	144
慣性半径, Rg	5.3 nm	5.2 nm