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万見
- SASDD75: 'TG'-interacting factor homeodomain in solution (Homeobox protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD75
試料'TG'-interacting factor homeodomain in solution (Homeobox protein TGIF1)
  • Homeobox protein TGIF1 (protein), TGIF, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amacrine cell differentiation / regulation of gastrulation / amacrine cell differentiation / nodal signaling pathway / co-SMAD binding / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / neural tube closure / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity ...positive regulation of amacrine cell differentiation / regulation of gastrulation / amacrine cell differentiation / nodal signaling pathway / co-SMAD binding / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / neural tube closure / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / cellular response to growth factor stimulus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein TGIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Ewelina Guca (Institute for Research in Biomedicine in Barcelona)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1826
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.25 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.123 / P-value: 0.657170
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1828
タイプ: atomic / 対称性: P1
コメント: Two monomers (B) and (D) have been used as rigid bodies and N- and C-terminal loops were modelled.
カイ2乗値: 1.721
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モデル #1833
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.116 / P-value: 0.198541
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モデル #1835
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.116 / P-value: 0.198541
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1836
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.116 / P-value: 0.198541
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試料

試料名称: 'TG'-interacting factor homeodomain in solution (Homeobox protein TGIF1)
試料濃度: 6 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl / pH: 7.4
要素 #986名称: TGIF / タイプ: protein / 記述: Homeobox protein TGIF1 / 分子量: 10.68 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15583
配列:
GPDIPLDLSS SAGSGKRRRR GNLPKESVQI LRDWLYEHRY NAYPSEQEKA LLSQQTHLST LQVCNWFINA RRRLLPDMLR KDGKDPNQFT IS

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: 'TG'-interacting factor homeodomain in solution (Homeobox protein TGIF1)
測定日: 2016年10月18日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 120 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.095 7.9013
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 545 /
MinMax
Q0.0950367 2.95664
P(R) point1 545
R0 9.21
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量25.5 kDa26 kDa
体積-42 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I011350 11423.2 73.9
慣性半径, Rg 2.753 nm2.7 nm0.05

MinMax
D-9.21
Guinier point1 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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