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万見
- SASDAR3: PsrP functional binding region (Functional binding region (187-38... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAR3
試料PsrP functional binding region
  • Functional binding region (187-385) of the pneumococcal serine-rich repeat protein (protein), PsrP BR(187-385), Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-positive-bacterium-type cell wall / symbiont-mediated perturbation of host defense response / single-species biofilm formation / cell adhesion / cell surface / DNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pneumococcal serine-rich repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2014
タイトル: The basic keratin 10-binding domain of the virulence-associated pneumococcal serine-rich protein PsrP adopts a novel MSCRAMM fold.
著者: Tim Schulte / Jonas Löfling / Cecilia Mikaelsson / Alexey Kikhney / Karina Hentrich / Aurora Diamante / Christine Ebel / Staffan Normark / Dmitri Svergun / Birgitta Henriques-Normark / Adnane Achour /
要旨: Streptococcus pneumoniae is a major human pathogen, and a leading cause of disease and death worldwide. Pneumococcal invasive disease is triggered by initial asymptomatic colonization of the human ...Streptococcus pneumoniae is a major human pathogen, and a leading cause of disease and death worldwide. Pneumococcal invasive disease is triggered by initial asymptomatic colonization of the human upper respiratory tract. The pneumococcal serine-rich repeat protein (PsrP) is a lung-specific virulence factor whose functional binding region (BR) binds to keratin-10 (KRT10) and promotes pneumococcal biofilm formation through self-oligomerization. We present the crystal structure of the KRT10-binding domain of PsrP (BR187-385) determined to 2.0 Å resolution. BR187-385 adopts a novel variant of the DEv-IgG fold, typical for microbial surface components recognizing adhesive matrix molecules adhesins, despite very low sequence identity. An extended β-sheet on one side of the compressed, two-sided barrel presents a basic groove that possibly binds to the acidic helical rod domain of KRT10. Our study also demonstrates the importance of the other side of the barrel, formed by extensive well-ordered loops and stabilized by short β-strands, for interaction with KRT10.
登録者
  • Al Kikhney (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #180
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.582169
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モデル #181
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.582169
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モデル #182
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.582169
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モデル #183
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.582169
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モデル #184
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (1.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.582169
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試料

試料名称: PsrP functional binding region / 試料濃度: 1.10-8.70
バッファ名称: sodium citrate / 濃度: 20.00 mM / pH: 5.5 / コメント: buffer for BR(187-385) / 組成: NaCl 250.000 mM, glycerol 2.500 %
要素 #37名称: PsrP BR(187-385) / タイプ: protein
記述: Functional binding region (187-385) of the pneumococcal serine-rich repeat protein
分子量: 22.12 / 分子数: 1 / 由来: Streptococcus pneumoniae / 参照: UniProt: A0A0H2URK1
配列: HHHHHHSGNT IVNGAPAINA SLNIAKSETK VYTGEGVDSV YRVPIYYKLK VTNDGSKLTF TYTVTYVNPK TNDLGNISSM RPGYSIYNSG TSTQTMLTLG SDLGKPSGVK NYITDKNGRQ VLSYNTSTMT TQGSGYTWGN GAQMNGFFAK KGYGLTSSWT VPITGTDTSF ...配列:
HHHHHHSGNT IVNGAPAINA SLNIAKSETK VYTGEGVDSV YRVPIYYKLK VTNDGSKLTF TYTVTYVNPK TNDLGNISSM RPGYSIYNSG TSTQTMLTLG SDLGKPSGVK NYITDKNGRQ VLSYNTSTMT TQGSGYTWGN GAQMNGFFAK KGYGLTSSWT VPITGTDTSF TFTPYAARTD RIGINYFNGG GKVVESSTTS QSLSQ

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: PsrP functional binding region / 測定日: 2011年7月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1984 6.0214
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 404 /
MinMax
Q0.2476 3.554
P(R) point18 421
R0 7.706
結果
D max: 7.7 / カーブのタイプ: merged / Standard: BSA /
実験値Porod
分子量18 kDa23 kDa
体積-37 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I016.34 16.7
慣性半径, Rg 2.25 nm2.27 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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