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万見
- SASDDP3: N-propargyl glycine-Inactivated Proline utilization A from Bradyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDP3
試料N-propargyl glycine-Inactivated Proline utilization A from Bradyrhizobium diazoefficiens (formerly Bradyrhizobium japonicum) collected by SEC-SAXS
  • Bifunctional protein PutA (protein), BjPutA, Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110)
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2018
タイトル: Redox Modulation of Oligomeric State in Proline Utilization A.
著者: David A Korasick / Ashley C Campbell / Shelbi L Christgen / Srinivas Chakravarthy / Tommi A White / Donald F Becker / John J Tanner /
要旨: Homooligomerization of proline utilization A (PutA) bifunctional flavoenzymes is intimately tied to catalytic function and substrate channeling. PutA from Bradyrhizobium japonicum (BjPutA) is unique ...Homooligomerization of proline utilization A (PutA) bifunctional flavoenzymes is intimately tied to catalytic function and substrate channeling. PutA from Bradyrhizobium japonicum (BjPutA) is unique among PutAs in that it forms a tetramer in solution. Curiously, a dimeric BjPutA hot spot mutant was previously shown to display wild-type catalytic activity despite lacking the tetrameric structure. These observations raised the question of what is the active oligomeric state of BjPutA. Herein, we investigate the factors that contribute to tetramerization of BjPutA in vitro. Negative-stain electron microscopy indicates that BjPutA is primarily dimeric at nanomolar concentrations, suggesting concentration-dependent tetramerization. Further, sedimentation-velocity analysis of BjPutA at high (micromolar) concentration reveals that although the binding of active-site ligands does not alter oligomeric state, reduction of the flavin adenine dinucleotide cofactor results in dimeric protein. Size-exclusion chromatography coupled with multiangle light scattering and small-angle x-ray scattering analysis also reveals that reduced BjPutA is dimeric. Taken together, these results suggest that the BjPutA oligomeric state is dependent upon both enzyme concentration and the redox state of the flavin cofactor. This is the first report, to our knowledge, of redox-linked oligomerization in the PutA family.
登録者
  • David Korasick (Mizzou, University of Missouri-Columbia, Columbia, MO, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1805
タイプ: atomic / カイ2乗値: 2.9816132533
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モデル #1795
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.64908802698
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モデル #1796
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.64908802698
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試料

試料名称: N-propargyl glycine-Inactivated Proline utilization A from Bradyrhizobium diazoefficiens (formerly Bradyrhizobium japonicum) collected by SEC-SAXS
バッファ名称: 50 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 5% (v/v) glycerol
pH: 7.8
要素 #976名称: BjPutA / タイプ: protein / 記述: Bifunctional protein PutA / 分子量: 107.558 / 分子数: 2
由来: Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110)
参照: UniProt: Q89E26
配列: GHMPNIPPPF TAPYAPDDAE IAARLLPASH LSPPQEARIH RTATRLIEAI RKRDDRLGGV EDMLREFALS TKEGLALMVL AEALLRVPDA RTADQFIEDK LGEGDFIHHE TKSTAFLVNA SAWALGLSAR VIQPGETPDG TIGRLVKRLG APAVRTATRQ AMRLMGNHFV ...配列:
GHMPNIPPPF TAPYAPDDAE IAARLLPASH LSPPQEARIH RTATRLIEAI RKRDDRLGGV EDMLREFALS TKEGLALMVL AEALLRVPDA RTADQFIEDK LGEGDFIHHE TKSTAFLVNA SAWALGLSAR VIQPGETPDG TIGRLVKRLG APAVRTATRQ AMRLMGNHFV LGETIEQALE RGKPRSGQKT RYSFDMLGEG ARTAADARRY FDAYASAIET IGKAAGNHAL PDRPGISVKL SALHPRFEAI SRARVMVELV PQLLDLAQRA KAHDLNFTVD AEEADRLELS LDVIAATLAD PSLKGWDGFG LAIQAYQKRA SAVIDYVDAL ARAHDRKLMV RLVKGAYWDT EIKRAQERGL DGYPVFTRKA MTDLNYVACA SKLLALRPRI FPQFATHNAL TVATVLEMAE GSSGFEFQRL HGMGEALYEQ LAKDHADIAY RTYAPVGSHR DLLAYLVRRL LENGANSSFV AQAADYRVPV PALLQRPADA IVRPQAAAHP RIPLPCDLFA PERRNSRGVE FGARTALDQL LTDVKAETGD LKPIADATPD QAHAAVAAAR AGFAGWSRTP AGIRAAALEQ AAHLLESRSA HFIALLQREG GKTLDDALSE LREAADFCRY YAAQGRKLFG SETAMPGPTG ESNALTMRGR GVFVAISPWN FPLAIFLGQV TAALMAGNSV VAKPAEQTPR IAREAVALLH EAGIPKSALY LVTGDGRIGA ALTAHPDIAG VVFTGSTEVA RSINRALAAK DGPIVPLIAE TGGINAMIAD ATALPEQVAD DVVTSAFRSA GQRCSALRLL FVQEDVADRM IEMVAGAARE LKIGDPSDVA THVGPVIDVE AKQRLDAHIA RMKTEARLHF AGPAPEGCFV APHIFELTEA GQLTEEVFGP ILHVVRYRPE NLERVLRAIE RTGYGLTLGV HSRIDDSIEA IIDRVQVGNI YVNRNMIGAV VGVQPFGGNG LSGTGPKAGG PHYLARFATE QTVTINTAAA GGNAALLAGE E

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS) BioCAT 18ID / 地域: Argonne, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: N-propargyl glycine-Inactivated Proline utilization A from Bradyrhizobium diazoefficiens (formerly Bradyrhizobium japonicum) collected by SEC-SAXS
測定日: 2017年7月16日 / セル温度: 22 °C / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0057 0.3826
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1264 /
MinMax
Q0.00569995 0.382606
P(R) point1 1264
R0 144.2
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量249.7 kDa-
体積-324 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0380.4 377.5 0.9
慣性半径, Rg 4.7 nm4.63 nm0.02

MinMax
D-14.42
Guinier point1 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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