SASDA26: DCC56 (Deleted in Colorectal Cancer (FN5 & FN6), dcc56)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDA26

試料

DCC56

• Deleted in Colorectal Cancer (FN5 & FN6) (protein), dcc56, Homo sapiens

• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 引用: ジャーナル: Neuron / 年: 2014; タイトル: The crystal structure of netrin-1 in complex with DCC reveals the bifunctionality of netrin-1 as a guidance cue.; 著者: Lorenzo I Finci / Nina Krüger / Xiaqin Sun / Jie Zhang / Magda Chegkazi / Yu Wu / Gundolf Schenk / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Yan Zhang / Jia-Huai Wang / Rob Meijers / ; 要旨: Netrin-1 is a guidance cue that can trigger either attraction or repulsion effects on migrating axons of neurons, depending on the repertoire of receptors available on the growth cone. How a single chemotropic molecule can act in such contradictory ways has long been a puzzle at the molecular level. Here we present the crystal structure of netrin-1 in complex with the Deleted in Colorectal Cancer (DCC) receptor. We show that one netrin-1 molecule can simultaneously bind to two DCC molecules through a DCC-specific site and through a unique generic receptor binding site, where sulfate ions staple together positively charged patches on both DCC and netrin-1. Furthermore, we demonstrate that UNC5A can replace DCC on the generic receptor binding site to switch the response from attraction to repulsion. We propose that the modularity of binding allows for the association of other netrin receptors at the generic binding site, eliciting alternative turning responses.

登録者

• Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #166: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: dammin (5.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.442401; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: DCC56 / 試料濃度: 0.80-9.90
• バッファ: 名称: MES / 濃度: 25.00 mM / pH: 7 / コメント: MES/TRIS; 組成: NaCl 200.000 mM, Tris 50.000 mM, (NH4)2(SO4) 0.200 M ammonium sulfate, CaCl2 1.000 mM calcium chloride

要素 #114

名称: dcc56 / タイプ: protein / 記述: Deleted in Colorectal Cancer (FN5 & FN6) / 分子量: 25.5 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列:

MLPPVGVQAV ALTHDAVRVS WADNSVPKNQ KTSEVRLYTV RWRTSFSASA KYKSEDTTSL SYTATGLKPN TMYEFSVMVT KNRRSSTWSM TAHATTYEAA PTSAPKDLTV ITREGKPRAV IVSWQPPLEA NGKITAYILF YTLDKNIPID DWIMETISGD RLTHQIMDLN LDTMYYFRIQ ARNSKGVGPL SDPILFRTLK LEVLFQGPGG HHHHHHGGWS HPQFEK

実験情報

• ビーム: 設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 2M

スキャン

タイトル: DCC56 / 測定日: 2013年8月26日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.0768	4.5832

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1658 /

	Min	Max
Q	0.187251	4.54641
P(R) point	1	1658
R	0	11

結果

カーブのタイプ: extrapolated

	実験値	Porod	Estimated
分子量	27 kDa	24 kDa	-
体積	-	38 nm3	31

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	1300	1284
慣性半径, Rg	3.4 nm	3.2 nm

	Min	Max
D	-	11
Guinier point	43	128