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万見
- SASDCY6: T2 in b-DDM micelle (SEC-SAXS) (Mechanosensitive channel T2, T2 +... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCY6
試料T2 in b-DDM micelle (SEC-SAXS)
  • Mechanosensitive channel T2 (protein), T2, Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1)
  • n-Dodecyl-β-D-Maltopyranoside (other), b-DDM, Synthetic compound
機能・相同性Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / LSM domain superfamily / membrane => GO:0016020 / transmembrane transport / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1) (古細菌)
Synthetic compound (人工物)
引用日付: 2018 Feb
タイトル: Saposin Lipid Nanoparticles: A Highly Versatile and Modular Tool for Membrane Protein Research
著者: Flayhan A / Mertens H / Ural-Blimke Y / Martinez Molledo M / Svergun D
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1498
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 3.50 A / 対称性: P7 / カイ2乗値: 3.360
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: T2 in b-DDM micelle (SEC-SAXS) / Entity id: 786 / 789
バッファ名称: 20 mM Tris 150 mM NaCl 5 % glycerol 0.03 % DDM / pH: 7.5
要素 #786名称: T2 / タイプ: protein / 記述: Mechanosensitive channel T2 / 分子量: 32.887 / 分子数: 7
由来: Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1)
参照: UniProt: Q97AH5
配列: MDRAKGKSIA VYVGSMIVLI IVLLALLYVL SLFHIVPIKF SRILYAVVIG LVIYAIVRIV TKYVERFISL HSEFKHLKYI VFIISLLGYF IISLAVLAAL GIDVSSVILG SAFLSAIIGL AAQSVLANVF GGLFLSIVRP FKLGDHIVVN TWQFPVSFPS YPPKYFSRDF ...配列:
MDRAKGKSIA VYVGSMIVLI IVLLALLYVL SLFHIVPIKF SRILYAVVIG LVIYAIVRIV TKYVERFISL HSEFKHLKYI VFIISLLGYF IISLAVLAAL GIDVSSVILG SAFLSAIIGL AAQSVLANVF GGLFLSIVRP FKLGDHIVVN TWQFPVSFPS YPPKYFSRDF IEGSIYRGIV SDISINYTSI ALESGDVVKI PNNIMIQAAI TLRHGSVTVQ ARYEVPKYIN FNDIYNKIVD EVGTLPGARN IGVMIDETTV NTYIILVRGD FQGEDADLVR SQILQKVIGI VEPLKKQ
要素 #789名称: b-DDM / タイプ: other / 記述: n-Dodecyl-β-D-Maltopyranoside / 分子量: 0.511 / 由来: Synthetic compound

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: T2_DDM / 測定日: 2016年5月29日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0778 4.607
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1000 /
MinMax
Q0.0778114 2.80185
P(R) point1 1000
R0 16.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値Experimental errorPorodPorod error
分子量355 kDa40 560 kDa60
体積--896 nm390

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0250 5 251 5
慣性半径, Rg 5.6 nm0.2 5.6 nm0.1

MinMaxError
D-16.5 0.5
Guinier point1 30 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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