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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDCY4 |
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試料 | RNase E 603-850
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機能・相同性 | RNase E 機能・相同性情報 |
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018 タイトル: Analysis of the natively unstructured RNA/protein-recognition core in the Escherichia coli RNA degradosome and its interactions with regulatory RNA/Hfq complexes. 著者: Heather A Bruce / Dijun Du / Dijana Matak-Vinkovic / Katarzyna J Bandyra / R William Broadhurst / Esther Martin / Frank Sobott / Alexander V Shkumatov / Ben F Luisi / 要旨: The RNA degradosome is a multi-enzyme assembly that plays a central role in the RNA metabolism of Escherichia coli and numerous other bacterial species including pathogens. At the core of the ...The RNA degradosome is a multi-enzyme assembly that plays a central role in the RNA metabolism of Escherichia coli and numerous other bacterial species including pathogens. At the core of the assembly is the endoribonuclease RNase E, one of the largest E. coli proteins and also one that bears the greatest region predicted to be natively unstructured. This extensive unstructured region, situated in the C-terminal half of RNase E, is punctuated with conserved short linear motifs that recruit partner proteins, direct RNA interactions, and enable association with the cytoplasmic membrane. We have structurally characterized a subassembly of the degradosome-comprising a 248-residue segment of the natively unstructured part of RNase E, the DEAD-box helicase RhlB and the glycolytic enzyme enolase, and provide evidence that it serves as a flexible recognition centre that can co-recruit small regulatory RNA and the RNA chaperone Hfq. Our results support a model in which the degradosome captures substrates and regulatory RNAs through the recognition centre, facilitates pairing to cognate transcripts and presents the target to the ribonuclease active sites of the greater assembly for cooperative degradation or processing. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #1299 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #1300 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #1309 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1310 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1311 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1312 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: RNase E 603-850 / 試料濃度: 12 mg/ml |
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バッファ | 名称: 50 mM Tris HCl, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 10 mM DTT and 5 % glycerol (v/v) pH: 7.5 |
要素 #697 | 名称: RNase E 603-850 / タイプ: protein / 記述: RNase E 603-850 / 分子量: 30.127 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: Q46977 配列: ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV ...配列: ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV VAQTAPEQQE ENNADNRDNG GMPRRSRRSP RHLRVSGQRR RRYRDERYPT QSPMPLTVAC ASPELASGKV WIRYPIVRHH HHHH |
-実験情報
ビーム | 設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1022 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.79 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: RNase E 603-850 / 測定日: 2014年12月5日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.5 sec. / フレーム数: 250 / 単位: 1/A /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 427 /
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結果 | カーブのタイプ: other /
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