SASDB89: Telomeric DNA duplex (telomere DNA duplex)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDB89

試料

Telomeric DNA duplex

• telomere DNA duplex (DNA)

• 引用: 日付: 2017 Sep 13; タイトル: Basic domain of telomere guardian TRF2 reduces D-loop unwinding whereas Rap1 restores it; 著者: Nečasová I / Janoušková E / Klumpler T

登録者

• Tomas Klumpler (CEITEC - Central European Institute of Technology, Masaryk University)

モデル

• モデル #1105: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: (145) / ダミー原子の半径: 2.25 A / カイ2乗値: 1.218 / P-value: 0.002600; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: Telomeric DNA duplex / 試料濃度: 1.4 mg/ml
• バッファ: 名称: 20 mM Tris-HCl, 50 mM LiCl / pH: 7.5

要素 #570

タイプ: DNA / 記述: telomere DNA duplex / 分子量: 10.522 / 分子数: 1
配列:

GTTAGGGTTA GGGTTAGCAA TCCCAATCCC AATC

実験情報

• ビーム: 設備名称: CEITEC Rigaku BioSAXS-1000 / 地域: Brno / 国: Czech Republic / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.4791 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm

スキャン

タイトル: Telomeric DNA duplex / 測定日: 2016年5月3日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 60 sec. / フレーム数: 6 / 単位: 1/A /

	Min	Max
Q	0.034	0.3004

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 185 /

	Min	Max
Q	0.0354019	0.300378
P(R) point	1	185
R	0	57.1

結果

カーブのタイプ: single_conc
コメント: Refer to the related SASBDB entries SASDB79 and SASDC62.

	実験値	Porod
分子量	10.5 kDa	-
体積	-	11.9 nm3

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	0.09753	0.001077	0.094	0.001
慣性半径, Rg	1.709 nm	0.024	1.588 nm	0.035

	Min	Max
D	-	5.71
Guinier point	2	34