PDB-9zc8: 5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle type-1 dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9zc8

タイトル

5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle type-1 dimer

要素

5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle

キーワード

RNA / origami / 5mC / 5-methyl-cytidine / modified base / homodimer / dimer

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.1 Å

データ登録者

McRae, E.K.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Base modifications reshape RNA folding landscapes and structure function relationships in synthetic and natural RNAs
著者: Kumar, D.Y. / Yang, H. / Lee, S. / McRae, E.K.S.

履歴

登録	2025年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9zc8.cif.gz	756.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9zc8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9zc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9zc8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9zc8_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9zc8_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	9zc8_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70036M 73997C 73998C 9zbqC 9zbrC 9zc6C 9zc7C 9zc9C 9zccC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: 5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle

A: 5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle

469 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	5-methyl-cytidine RNA origami 6-helix bundle 分子量: 234468.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Type-1 homodimeric form of the 5mC-6HBC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.464 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCL, 5mM MgCl2
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 12.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2616 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 1048.74 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0019	34638
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5394	54148
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0242	6842
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1440
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	19.9321	26608

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関連情報:EMDBヘッダ

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