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- PDB-9yoq: Core module of ctSAGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yoq
タイトルCore module of ctSAGA
要素
  • (Putative transcriptional ...) x 2
  • (Transcription initiation factor TFIID subunit ...) x 4
  • Non-specific serine/threonine protein kinase
  • Putative transcription initiation factor
  • SCA7 domain-containing protein
  • Spt20-like SEP domain-containing protein
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSCRIPTION / ctSAGA complex / Histone Acetyl Transferase (HAT) Module / Tra1 module and Core module
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor activity / TBP-class protein binding ...RITS complex assembly / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor activity / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / promoter-specific chromatin binding / chromatin organization / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Spt20 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / SAGA-associated factor 73 / LisH / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. ...Transcription factor Spt20 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / SAGA-associated factor 73 / LisH / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TATA box binding protein associated factor (TAF) / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spt20-like SEP domain-containing protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain-containing protein / Uncharacterized protein / SCA7 domain-containing protein / TBP-associated factor 6 / Non-specific serine/threonine protein kinase / Putative transcriptional coactivator HFI1 protein / Transcription initiation factor TFIID subunit-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mattoo, R.U.H. / Chen, D.H. / Bushnell, D.A. / Tamir, S. / Kornberg, R.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049985 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Structure of the transcriptional co-activator SAGA complex, including the histone acetyltransferase module.
著者: Rayees U H Mattoo / Dong-Hua Chen / David A Bushnell / Sagi Tamir / Roger D Kornberg /
要旨: The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex, a 1.8 MDa multi-subunit assembly comprising 19 subunits, is required for RNA polymerase II transcription in eukaryotes. The complex consists of four ...The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex, a 1.8 MDa multi-subunit assembly comprising 19 subunits, is required for RNA polymerase II transcription in eukaryotes. The complex consists of four modules: transcription-associated protein 1 (Tra1), core, deubiquitination (DUB), and histone acetyltransferase (HAT). Although the structures of the Tra1, core, and DUB modules have been determined, the overall architecture of the HAT module remained elusive due to its inherent flexibility. To address this, we conducted cryo-electron microscopy (cryo-EM) analyses on SAGA purified from the thermophilic fungus Chaetomium thermophilum, yielding structures of Tra1 and core modules at 2.6 Å and three of the four HAT subunits at 3.7 Å. The structure of the HAT module was informative about the aspects of histone acetylation and the interface of HAT-core modules, contradicting earlier AlphaFold predictions. Our structure-guided genetic and biochemical analyses confirmed the roles of Ada1 and Spt7 in anchoring the HAT module within the SAGA complex.
履歴
登録2025年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific serine/threonine protein kinase
B: Spt20-like SEP domain-containing protein
C: Uncharacterized protein
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
H: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein
I: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
K: Putative transcriptional activator protein
Q: SCA7 domain-containing protein
F: Putative transcription initiation factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,230,76611
ポリマ－1,230,76611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCQF

#1: タンパク質 Non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 444670.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S842
#2: タンパク質 Spt20-like SEP domain-containing protein


分子量: 128449.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYM2
#3: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 48541.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S660
#10: タンパク質 SCA7 domain-containing protein


分子量: 137082.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6A1
#11: タンパク質 Putative transcription initiation factor


分子量: 28834.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)

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Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 4種, 4分子 DEGI

#4: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5


分子量: 83784.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SH10
#5: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TBP-associated factor 6


分子量: 52463.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S770
#6: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10


分子量: 21417.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYR4
#8: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12


分子量: 83091.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S2A1

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Putative transcriptional ... , 2種, 2分子 HK

#7: タンパク質 Putative transcriptional coactivator HFI1 protein


分子量: 52133.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SED0
#9: タンパク質 Putative transcriptional activator protein


分子量: 150297.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Core module of ctSAGA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: HEPES buffer
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 68.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419+SVNモデル精密化
5CTFFINDCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1734991 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 32.54 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002421609
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.468929242
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03733212
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00433827
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.82052936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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