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- PDB-9y6v: attPsym bound large serine integrase and RDF complex in the dimer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y6v
タイトルattPsym bound large serine integrase and RDF complex in the dimeric state
要素
  • (attPsym) x 2
  • Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
キーワードRECOMBINATION / Site-specific DNA Recombinase / Large serine integrase / DNA binding domains / Recombinase / Resolvase / Zinc ribbon recombinase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombinase / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Resolvase homolog YokA / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
類似検索 - 構成要素
生物種Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Shin, H. / Olorunniji, F.J. / Rice, P.A.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2223480 米国
UK Research and Innovation (UKRI)2223480 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2223480 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of directionality control in large serine integrases.
著者: Heewhan Shin / Ying Pigli / Tania Peña Reyes / James R Fuller / Femi J Olorunniji / Phoebe A Rice /
要旨: Large serine integrases (LSIs) catalyze unidirectional site-specific DNA recombination reactions, yet those reactions are reversed by the presence of a cognate recombination directionality factor ...Large serine integrases (LSIs) catalyze unidirectional site-specific DNA recombination reactions, yet those reactions are reversed by the presence of a cognate recombination directionality factor (RDF). Mechanistic understanding of directionality control has been hampered by a lack of structural information. Here, we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of six SPbeta integrase-DNA complexes along the integrative (-RDF) and excisive (+RDF) reaction pathways, at 4.16-7.18Å resolution. Our findings reveal how RDF-mediated repositioning of an integrase subdomain (1) dictates which pairs of DNA sites can be assembled into a synaptic complex to initiate recombination and (2) dictates which product complexes will be conformationally locked, preventing the back reaction. These mechanistic insights provide a conceptual framework for engineering efficient and versatile genome editing tools.
履歴
登録2025年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
B: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
C: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
D: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
E: attPsym
F: attPsym
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,6618
ポリマ－327,5306
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN


分子量: 71560.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spbetavirus SPbeta (ウイルス) / 遺伝子: yokA, BSU21660, yotN, yokJ, BSU19820
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O32006, UniProt: O34850
#2: DNA鎖 attPsym


分子量: 20761.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA duplex / 由来: (合成) Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
#3: DNA鎖 attPsym


分子量: 20528.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA duplex / 由来: (合成) Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / 詳細: DNA duplex / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF fusion proteins.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTrisC4H11NO31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.0粒子像選択
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24616 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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